Тщательное изучение этих сектантских фрагментов убедило Шехтера в том, что в них излагается религиозное учение некой древней еврейской секты. Разнообразные упоминания в тексте как будто бы исторических событий делают весьма вероятным, что данная секта обрекла себя на добровольное изгнание в Дамаск; здесь ее члены, по-видимому, вступили в "Новый Союз" с Богом. Все это было в высшей степени загадочным и, очевидно, беспрецедентным явлением для иудейской религиозной традиции. Кем могли быть эти странные раскольники? Когда процветала их община? Шехтер вначале занялся поисками внутренних свидетельств в самом тексте. Для его опытного глаза было очевидно, что обнаруженные в генизе тексты двух отдельных частей "Дамасского документа" относились примерно к периоду между X и XII в. Но как только он проанализировал древнееврейский язык текста, квазиисторические ссылки и содержание обеих частей, то убедился, что оригинал необходимо было отнести к гораздо более древнему времени, начиная примерно с 100 г. до н. э. Что же касается общего характера раскольнической группы, то Шехтер в предисловии к опубликованной версии текста заявлял: "Одно очевидно: в данном случае мы имеем дело с сектой, решительно враждебной большинству иудеев, представленному фарисеями. Эта секта имела свои законы, свой календарь, причем такой свод законов, который непосредственно отражал различные заповеди Священного Писания".
Тем временем Шехтер уже подбирал другие ключи к разгадке тайны. Он снова не просто обнаружил неизвестную рукопись, но и оказался единственным человеком, вполне подготовленным к ее опознанию и интерпретации содержания. Его анализ по необходимости в большой мере опирался на проделанное им ранее исследование древнееврейского текста "Премудрости". Еще одним подспорьем явилось сделанное в то же время, и опять самим Шехтером, открытие другого утраченного сочинения — значительной части "Наказов" Анана (на арамейском языке), иудейского реформатора, активно действовавшего в VIII в. в Месопотамии. "Дамасский документ", как заметил Шехтер, имел черты сходства и с "Премудростью", и с "Наказами". Все три произведения связаны с деятельностью двух сект — караимов и цадокитов.
Караимы были раскольнической группой иудеев, которая предположительно была основана или, во всяком случае, организована Ананом бен Давидом в Месопотамии в VIII в. Это были антираввинистски настроенные пуритане, отрицающие талмудическую традицию и экзегетику и отстаивающие право индивидуального истолкования Библии. Таким образом, они напоминали протестантов периода христианской реформации. Цадокиты (или саддукеи) были гораздо более древней жреческой группой, жестоко угнетенной и затем вытесненной фарисеями. Однако представляется сомнительным, что цадокитов, упоминаемых в сектантской литературе из генизы, можно прямо отождествить со священниками-саддукеями Иерусалима новозаветного периода.
Шехтер впервые встретил упоминание о цадокитах ("сынах" или "священниках из дома Цадока") на страницах "Премудрости". С самого начала он был озадачен тем, что в переводной версии о цадокитах не было сказано ни слова. В оригинале, например, имелся утраченный гимн, прославлявший дом Цадока. Одна из его строк гласила: "О, воздай благодарение ему, избравшему на священство сынов Цадока". Довольно странно, что всякое упоминание о цадокитах было опущено, очевидно умышленно, внуком автора, переведшим его сочинение на греческий. Шехтер предложил этому правдоподобное объяснение: за время жизни двух поколений, в пору селевкидского и затем хасмонейского правления, под давлением проэллинистически настроенных фарисеев саддукеи были преданы анафеме, и потомок Бен Сиры осторожно "отредактировал" текст, дабы не навлечь на себя беды. Ссылки Бен Сиры на цадокитов делают вероятным предположение, что сам он принадлежал к антифарисейской саддукейской партии.
Изучая каирские рукописи, Шехтер снова и снова сталкивался с цадокитами. Запретное, чернимое и гонимое имя их красной нитью проходит через несколько отреченных в свое время иудейских сочинений. Как можно объяснить тот факт, что вавилонский талмудист Саадия и другие раввинистские вероучители неизменно обличали врагов своих, сектантов-караимов, как цадокитов? Было ли это просто бранной кличкой? Или хулители основывались на чем-то более конкретном? Но разве цадокиты не сошли со сцены еще за столетия до этого? И как вписывался в эту картину "Дамасский документ"?
Так же как и отрывки, исключенные из греческой версии "Премудрости", новооткрытый "Дамасский документ" содержал явные и благоприятные упоминания о священниках-цадокитах. Ядром его содержания, совершенно очевидно, было описание условий существования и обычаев безымянной древней секты, которую Шехтер теперь чувствовал себя вправе отождествить с цадокитами. Соответствие между двумя сектами, цадокитами и караимами, хоть между ними, очевидно, и пролегли столетия, было найдено поразительное. В том, каким образом они могли оказаться связанными между собой, по-прежнему было что-то загадочное. Однако Шехтер твердо придерживался мнения, что "Дамасский документ" на несколько столетий предшествовал выходу на историческую арену секты караимов.
Противоречия, заключавшиеся во взглядах самого Шехтера, вооружали его оппонентов. Некоторые заявляли, что фрагменты сектантского содержания — безусловные подделки. Некоторые выворачивали наизнанку гипотезу Шехтера о том, что цадокиты оказали влияние на караимов, и утверждали вместо этого, что караимы явились авторами "Дамасского документа", ставя тем самым под сомнение древность книги и сам факт существования секты цадокитов, иудейских инакомыслящих из числа иерусалимского жречества, еще в дохристианскую эпоху основавших свое особое братство.
Луис Гинзберг, коллега Шехтера по Еврейской теологической семинарии, доказывал, и довольно правдоподобно, что, хотя и существовала, несомненно, такая сектантская группа, она имела много общего с фарисеями, но практически ничего с историческими саддукеями. Некоторые ученые приветствовали открытие Шехтером сектантских фрагментов как достижение, имеющее даже большее значение, чем его критический анализ древнееврейского текста "Премудрости". Но лишь немногим удалось до конца постичь все многообразие возможных последствий открытия "Дамасского документа", которое жизнь столь убедительно подтвердила примерно пятьдесят лет спустя, с открытием кумранской общины и ее библиотеки. Согласно талантливому резюме Нормана Бентвича, биографа Шехтера, новооткрытые сектантские фрагменты "показали нам новые аспекты жизни и мышления иудеев в тот критический период, который предшествовал рождению христианства". Еще более решительно высказался в 1911 г. в рецензии на страницах "Америкэн Джорнел оф Тиоледжи" Кауфман Колер: "Документ обнаруживает точки соприкосновения со многими течениями в иудейской и иудео-христианской истории".
Но множество вопросов, поставленных открытием сектантских рукописей и возрождением цадокитов в VIII или IX в., продолжало озадачивать исследователей. Если сами по себе эти документы не караимского происхождения, то как объяснить сходство в их содержании с учением этой секты? Как могло случиться, что после многих столетий забвения цадокиты начали — и, по-видимому, совершенно неожиданно — играть столь важную роль в жизни евреев Ближнего Востока? И как, собственно, могли уцелеть раскольничьи цадокитские фрагменты? Если упоминания о непопулярных и подвергаемых поношению "сынах Цадока" были изъяты из греческого текста "Премудрости", то как могло случиться, что они в ничуть не завуалированных контекстах сохранялись в древнееврейском оригинале — и это несмотря на обычай безжалостного изъятия еретических и апокрифических текстов? Правда, списки текста были заточены в каирской генизе, по всей вероятности, где-то около XII в, н. э. Но как, едва ли не чудом, удалось им до этого избежать захоронения в других генизах или могилах? И удалось ли в действительности? Было ли в самом деле сколь-нибудь убедительное доказательство существования секты цадокитов в дохристианскую эпоху? А если да, то как она соотносилась с другими известными сектами, в частности с фарисеями, саддукеями, ессеями? И существуют ли какие-нибудь доказательства, подтверждающие древность происхождения "Дамасского документа"?
Эти вопросы оставались без ответа в течение нескольких десятилетий. Окончательное их решение стало возможным только после сенсационных открытий рукописей, сделанных в Иудейской пустыне в 40-х — начале 50-х гг. XX в.