Уже на раннем этапе своей кипучей деятельности в Сагреше Энрике проявляет большой и активный интерес к забытым островам восточной части Атлантического океана. Канарские и Азорские острова, а также остров Мадейра были известны еще карафагенянам, а о существовании Канарских островов знали как древние греки, так и римляне. Плиний Старший, например, называл их латинским словом «Canaria» — землями, где было обнаружено много больших собак. В XIV веке эта группа островов была вновь, после многих столетий забвения, открыта генуэзскими мореплавателями, но попытки их заселения итальянцами, норманнами, кастильцами и португальцами оказались безуспешными. И вот уже в который раз европейцы снова забывают о них почти на целую сотню лет до того, как возрожденные сведения привлекают к ним внимание Энрике-Мореплавателя, который именно в это время искал промежуточные базы для своих каравелл в его планах овладения дальним африканским побережьем.
Сначала в 1424-м, а затем и в 1427 году принц Энрике-Мореплаватель, который, кстати, после участия в походах в Северную Африку никогда больше никуда не плавал, направляет свои экспедиции с целью заселения острова Гран (Большая) Канария, чтобы затвердить территориальные претензии на него со стороны Португалии. Однако португальцы и в том и в другом случае столкнулись с таким решительным сопротивлением местных жителей гуанчей, что им пришлось оставить непокорный остров в покое.
Резкие возражения против таких попыток были выражены со стороны Кастилии, которая сама претендовала на Канарские острова и еще до португальцев, начиная с 1402 года, неоднократно пробовала присоединить их к своей короне. На первом этапе это дело было поручено осуществить частным предпринимателям, но преодолеть сопротивление гуанчей им оказалось не под силу. Завоевание Гран Канарии удалось наконец осуществить лишь в 1484 году после почти пятилетней кампании капитану Педро де Вака Но 15 лет до этого Португалия была вынуждена признать суверенитет Испании над Канарскими островами, которые уже очень скоро станут для нее жизненно важным трамплином в открытии и завоевании Нового Света Остальные острова этого архипелага испанцы покорили лишь к 1496 году.
Процесс испанизации Канарских островов проходил довольно быстро, чему способствовало успешное обращение их обитателей в христианство, поощрение смешанных браков между победителями и побежденными, предоставление земель испанским переселенцам, подкупы местных вождей и создание для них привилегированных условий, если они склонялись стать подданными короны Испании. Опыт завоевания и колонизации Канарских островов был затем активно использован испанцами и в неизмеримо больших масштабах в процессе покорения и освоения Западных Индий. Этот прецедент касался даже и тех форм договоров, которые позднее будут заключаться между королями и конкистадорами относительно условий осуществления колонизации огромных территорий Нового Света.
После неудачи с приобретением Канарских островов принц Энрике еще более решительно и энергично осуществляет утверждение прав Португалии на до тех пор необитаемые Мадейру и Азорские острова, которые были успешно и быстро заселены. Продукция поселенцев этих земель — древесина, вина, зерно, шерсть, рыба, скот—имели хороший спрос в странах Европы, что при растущих доходах стимулировало приток населения из Португалии и даже других стран. Азорские острова, как и Канары, вскоре станут той важнейшей базой для кораблей, которая будет их поддерживать в освоении Африки, обеспечении морского пути в Индию и другие страны Востока, а затем и в земли Нового Света. На Азорах и Канарах суда будут пополнять запасы воды, свежих продуктов питания, дров для приготовления пищи в напалубных кухнях, канатов, якорей и всего того, что может быть необходимо для них в длительных плаваниях. Там же утомленные долгим пребыванием в океане их экипажи могли обретать столь нужную для них передышку. Таким образом, освоение Азорских и Канарских островов в Атлантическом океане вместе с новым типом морских судов — каравелл под командованием более подготовленных и опытных капитанов, вооруженных более совершенными навигационными приборами, методами расчетов и картами, теперь открывали путь для длительных плаваний вдоль берегов целого и еще совсем таинственного континента—Африки. Планы Энрике-Мореплавателя наполнялись воплощенными, реальными результатами. Наступал совершенно новый практический этап в достижении поставленных им целей: направить каравеллы на юг вдоль африканского побережья, туда, где еще никогда не бывали европейцы. Теперь, когда огромная подготовительная работа была закончена, принц Энрике приступает к решению своей главной задачи.