Арестованный в 1931 году, он пребывает 10 лет в лагерях в Мордовии, в бывшей Саровской Пустыни, причем клуб лагеря, где устраивались часто лагерные суды, находился в соборе Пустыни, где когда-то покоились мощи преподобного Серафима. Здесь отец Ермоген провел страшные 10 лет (включая ежовщину и военные годы). Освобожденный по отбытии десятилетнего срока, он поселяется в Средней Азии; после войны он здесь служит на приходе. Лишь в 1956 году, во время «оттепели», Патриарх Алексий, его старый знакомый, рукополагает его в епископа Ташкентского и Среднеазиатского.
Во время антирелигиозной кампании сразу происходит коллизия. Епископ категорически выступает против закрытия храмов. В его епархии не удалось закрыть ни одного храма. Мало того, Владыка сумел, по существу, построить новый храм, расширив очень скромный кафедральный собор Ташкента. Местные власти ополчились на него по всем правилам хрущевского искусства. В местных газетах появились разгромные статьи, направленные против Владыки, где обычная ругань соединялась с беспардонной клеветой. Однако запугать епископа не удалось. Он направил в газету опровержение, а когда его не напечатали, подал на редакцию в суд за клевету (единственный случай в те годы). Дело замяли, причем местные власти порядком струхнули, и редактор газеты явился лично к Преосвященному (случай небывалый) с объяснением. Объяснение тоже характерное: «Что вы хотите, Владыко, наша задача сейчас во что бы то ни стало отвлечь народ от религии».
Мало того, дело дошло до Хрущева, который изрек: «Не трогайте его. Он колючий старик».
Владыку, однако, отправили на покой, но вскоре назначили его на Омскую кафедру, а в 1969 году оттуда на кафедру Калужскую. Деятельность архиепископа Ермогена показывает, что при наличии смелости возможно было противостояние власти и в те времена.
В народе же личность архиепископа завоевала всеобщее уважение. По общему мнению, его поведение является образом для будущего Патриарха. Это мнение проникло даже в непосредственное окружение Святейшего. Одна престарелая монахиня, которая прислуживала Патриарху, неоднократно ему говорила: «Ваше Святейшество, будете писать завещание, завещайте избрать после вас Владыку Ермогена». Святейший отмалчивался. И лишь раз сказал: «Отстань от меня со своим Ермогеном». Но Владыку Ермогена любил и уважал. И будь его воля, вероятно, последовал бы совету монахини.
Другие архиереи, которые проявляли относительную независимость по отношению к власти, были бывшие эмигранты.
Среди них на первом месте следует поставить Высокопреосвященного Митрополита Нестора (Анисимова). Это был архиерей с очень своеобразной биографией. Он родился в 1883 году в городе Вятке в семье небольшого военного чиновника. Затем Николай Александрович Анисимов (мирское имя Владыки) переезжает с семьей отца в Казань, и здесь происходит его знакомство с архимандритом Андреем Ухтомским (впоследствии архиепископом Уфимским), с одним из интереснейших и талантливейших иерархов, каких имела Русская церковь. Архимандрит Андрей тогда заведовал Духовной миссией среди инородцев. Сам человек не кастовый, не из духовного звания (в миру князь Ухтомский), он охотно сближался с религиозными людьми из мирян. Его сразу заинтересовал интеллигентный юноша из дворян. И он стал готовить его к монашеству и к миссионерской деятельности.
Далее произошел случай, о котором очень красочно рассказывает Владыка в своих, к сожалению, неопубликованных, ходящих в самиздате, воспоминаниях.
Однажды архимандрит получает огромный пакет, запечатанный сургучной печатью. Обратный адрес: Камчатка. Коля заинтересован: «Смотрите, отец архимандрит, откуда пакет — с Камчатки».