Личное свидетельство Бейтса играло не последнюю роль в сдвиге адвентистского мышления в сторону субботы, но еще большее значение в этом смысле имели его книги. В период с лета 1846 по 1849 год Бейтс опубликовал целую серию небольших книжек, в которых не только отстаивалась суббота как день поклонения, но и разрабатывалось богословие, объединявшее в себе ключевые доктрины — небесное святилище, Второе пришествие и субботу. Кроме того, Бейтс встроил эти взаимосвязанные доктрины в последовательность событий, начинающуюся с Откр. 11:19 и простирающуюся вплоть до конца 14–й главы Откровения. Его доктринальные разработки в общем–то и составили то основание, которое стало ядром богословия адвентистов седьмого дня.
Фундаментом для теологии субботы Бейтса послужила его книга The Seventh Day Sabbath: A Perpetual Sign, впервые опубликованная в 1846 году и серьезно пересмотренная в 1847 году. Стоит ли удивляться, что в издании 1846 года Бейтсом была представлена в основном концепция субботы, которой придерживались баптисты седьмого дня. То есть в ней он разъяснял, что днем поклонения должен быть именно седьмой день суббота и что папство попыталось изменить Божий закон (Дан. 7:25). Впрочем, есть в издании 1846 года два интересных момента, которые свидетельствуют о том, что Бейтс уже тогда начал толковать субботу в свете адвентистского богословия. Во–первых, это мысль, высказанная в предисловии, о том, что «седьмой день субботу» надлежит «восстановить до Второго пришествия Иисуса Христа» (с. 1). Эта идея уходит корнями в реставрационистскую платформу, которую Бейтс позаимствовал у «Христианской связи» ( «Christian Connexion»). Другими словами, Реформация не завершена и не завершится, пока все великие библейские истины, отвергнутые или извращенные на протяжении истории, не обретут свое законное место в Божьей Церкви.
Второй чисто адвентистской чертой в издании 1846 года можно считать истолкование субботы в контексте Книги Откровение. В этой маленькой книжке Бейтс увязал субботу с Откр. 14:12: «Здесь терпение святых, соблюдающих заповеди Божий и веру в Иисуса». «Ныне мне представляется, — писал Бейтс, — что седьмой день суббота более четко просматривается в этих заповедях», чем остальные девять (там же, с. 24). Именно этот «чрезмерный» акцент на субботе не устроил и Елену Гармон летом 1846 года, когда она подумала,
«что пресвитер Б. ошибается, обращая на четвертую заповедь внимания больше, чем на остальные»
Но Бейтс не пошел на попятную потому лишь, что столкнулся с известной долей критики. Напротив, он еще более развил реставрационистские аспекты библейской субботы и ее апокалипсическое значение в издании The Seventh Day Sabbath: A Perpetual Sign 1847 года.
Это издание показывает, что между августом 1846 года и январем 1847 года «субботняя» теология Бейтса сделала существенный шаг к зрелости. В предисловии к нему он подчеркнул тот факт, что, согласно Откр. 11:19, Святое святых небесного храма Божьего открылось на всеобщее обозрение, дабы все увидели ковчег завета с его содержимым — Десятью Заповедями. Это должно привести, писал он далее, к тому, что наступит «время, когда заповеди будут исполняться в полном объеме» ( The Seventh Day Sabbath: A Perpetual Sign [1847], iii, iv).
Таким образом, он связал вновь открытое учение о святилище, принятое им после дискуссий с Крозье, Эдсоном и Хааном в конце 1846 года, со своими реставрационистскими взглядами на субботу. Эта связь занимает центральное место не только в предисловии, но и в самой книге. По мнению Бейтса, возрождение интереса к субботе стало следствием того, что во второй половине 1844 года открылось Святое святых небесного святилища. Этот интерес побудил многих сосредоточиться на Откр. 14:12, где говорится, что в последнее время у Бога будет народ, соблюдающий заповеди Божьи. По словам Бейтса, «не вызывает сомнений, что такой народ уже есть на Земле, как он описан в 12–м стихе; он объединяется в группы последние два года на основании заповедей Божьих или свидетельства Иисуса» (там же, с. 58, 59). Таким образом, он считал первые ростки субботничества пророческим движением.