Менданья внял совету Кироса, и больше никто из испанцев казнен не был. Но убийца Малопе, переживая позднее раскаяние, отказался от еды и питья и вскоре умер. «Этим закончилась трагедия на острове», — заключает Кирос соответствующий раздел в своих записках. Но из его же дальнейшего повествования следует, что окончилась лишь часть трагедии.
На следующий день испанцы услышали громкие горестные крики, раздававшиеся со стороны деревни, где находился дом Малопе. Менданья послал туда отряд солдат, захвативших с собой голову офицера, убитого доном Лоренсо. Они должны были показать аборигенам, что покарали одного из своих людей за смерть их вождя. Но, увидев приближавшихся солдат, жители деревни убежали в лес.
Дон Лоренсо, который фактически сосредоточил в своих руках власть и над матросами, и над солдатами, так как Менданья все время болел, послал офицера с 20 солдатами в деревню, приказав захватить нескольких подростков. Дон Лоренсо намеревался обучить их испанскому языку, с тем чтобы они служили переводчиками. Аборигены встретили испанцев градом стрел и камней. Офицер и семь солдат были ранены. Испанцы отступили, и аборигены преследовали их до самого лагеря, осыпая стрелами. Они обстреляли и лагерь, ранив еще семь человек, в том числе дона Лоренсо. В отместку последний послал солдат сжечь жилища и каноэ аборигенов. Но они не подпустили испанцев к своей деревне и ранили еще восьмерых солдат. Три победы в один день так воодушевили местных жителей, что ночью они еще раз напали на испанский лагерь, ранив при этом еще двух солдат, один из которых впоследствии умер.
Положение испанцев серьезно осложнилось тяжелой болезнью, распространившейся среди них. От одного до трех человек умирали ежедневно. Умер и капеллан Антонио де Серпа. Сам же Менданья слабел с каждым днем. В ночь на 18 октября было лунное затмение. Менданье стало так плохо, что он продиктовал свою последнюю волю. Менданья объявил донну Исабель губернатором вместо себя, ибо королевским указом ему было дано право избирать преемника. Он назначил Лоренсо капитан-генералом, то есть руководителем экспедиции. В час дня 18 октября 1595 г. Менданья скончался.
Нападения аборигенов участились. Прячась на деревьях, они стреляли в испанцев, целясь в голову или ноги, не прикрытые щитами, против которых стрелы, как убедились аборигены, были бесполезны.
Лоренсо в отместку послал отряд солдат сжечь деревню, где жил Малопе. Но в то же время, понимая, что положение все ухудшается, старался достичь мира с островитянами. Он убеждал аборигенов в своих дружеских намерениях, но те не понимали, почему же тогда был убит Малопе. Они говорили: «Малопе! Малопе! Почему друзья пу» (так аборигены имитировали выстрел из мушкета). Тем не менее, как отмечал в своих записках Кирос, аборигены совсем не были мстительны, они легко прощали обиды. По его мнению, испанцы сами своими жестокостями возбудили враждебность местных жителей.
Когда Лоренсо попросил снабдить его людей продовольствием, аборигены, забыв вражду, сразу же выполнили его просьбу. Без помощи аборигенов испанцы наверняка погибли бы. В лагере и так оставалось не более полутора десятков здоровых людей.
Лоренсо послал фрегат пол командой Диего де Вера на поиски «Санта-Исабель». Он все еще надеялся, что судно найдется и это укрепит положение экспедиции. Но Диего де Вера вернулся, не найдя исчезнувший корабль. Зато привез с собой жемчужные раковины и несколько взятых в плен аборигенов.
Очевидная безнадежность положения испанцев заставила викария написать петицию к Исабель и Лоренсо, в которой содержалась просьба покинуть остров как можно скорее. Петицию подписали все солдаты. Но решения принято не было: донна Исабель и ее брат все еще колебались.
Болезнь косила людей. Ежедневно кого-то хоронили. Заболел и викарий. Лоренсо, страдавший от раны в ноге, полученной во время стычек с аборигенами, происходивших ранее, совсем обессилел. 2 ноября он умер. Через несколько дней скончался и викарий Хуан Родригес де Эспиноса. «Наше положение, — писал впоследствии Кирос, — достигло такой точки, что и десять туземцев могли убить всех нас и уничтожить поселение».
Наконец донна Исабель сдалась. 7 ноября был спущен флаг и все с берега были переведены на суда. Два отряда солдат отправились за водой и продовольствием. Один из них возглавил Кирос. Когда необходимые запасы были сделаны, начались приготовления к отплытию. Исабель распорядилась вести флотилию к острову Сан-Кристобаль, открытому Менданьей во время первой экспедиции. Она полагала, что «Санта-Исабель» шла именно туда. Если же корабль не будет найден — идти в Манилу, набрать там людей и вернуться для продолжения экспедиции.