Кирос высказал мнение, что поскольку людей стало мало, а фрегат и галиот находятся в плачевном состоянии, целесообразно перевести их команды на «Сан-Хиронимо» и плыть на одном корабле, оставив два других. Капитан галиота Фелипе Корсо резко возразил, обвинив Кироса в том, что тот сделал такое предложение лишь потому, что не вложил деньги в эти суда. Кирос объяснил, что на Филиппинах они дешево купят новые и спокойно продолжат экспедицию. Идти же в Манилу на трех кораблях в их теперешнем состоянии значило бы подвергать себя большой опасности. Но с Киросом не согласились.
Вечером Кирос побывал на фрегате и галиоте. Осмотрел имевшиеся на борту запасы воды и продовольствия и проинструктировал относительно предстоявшего плавания. Шкиперу фрегата он дал карту, ибо у того не оказалось ни одной.
Ночью капитан фрегата втайне от донны Исабель сошел на берег с несколькими людьми, вырыл гроб с телом Менданьи и перенес его на корабль.
На следующий день, 18 ноября 1595 г., испанская флотилия покинула остров и отправилась на поиски Сан-Кристобаля. За месяц пребывания на Санта-Крус умерло 47 человек. Остальные почти все были больны, но тем не менее настроение на судах было бодрое. Все радовались, что покинули остров, «это преддверие ада», считая, что несчастья их кончились.
Но это было не так. Болезнь продолжала распространяться среди членов экипажа. Ежедневно в пучинах океана исчезали тела умерших. Опять поднялся ропот, люди требовали идти прямо к Маниле, прекратив поиски Сан-Кристобаля. Донна Исабель настаивала на своем, и флотилия продолжала идти на запад, не встречая никаких признаков суши. Наконец, Исабель согласилась на изменение курса, корабли повернули на северо-запад.
27 ноября с кораблей увидели землю. Кирос считал, что это была Новая Гвинея. Большие волны, шедшие с северо-запада, не позволили судну подойти к земле. Пришлось идти дальше намеченным курсом. А встреченная испанцами земля была не Новой Гвинеей, а Соломоновыми островами, куда они так долго и страстно стремились.
10 декабря, когда суда были уже на полградуса южнее экватора, исчез галиот. Его капитан Фелипе Корсо незаметно отделился от флотилии и повел корабль другим курсом. Озлобленный тем, что Кирос, а не он стал фактическим руководителем экспедиции, он решил поскорее достичь Филиппин и заявить о сделанных открытиях, приписав их только себе. Корсо был убежден, что остальные суда экспедиции погибнут на пути к Маниле.
Действительно, положение и на флагмане, и на фрегате было отчаянным. Воды и продовольствия не хватало, болезнь свирепствовала. Каждый день приносил смерть. Матросы, истощенные до предела, отказывались работать. «Они не хотели работать, — отмечал в своих записках Кирос, — говоря, что ни бог, ни корабль не заставят их делать невозможное... Один из матросов сказал, что устал быть постоянно усталым и предпочел бы умереть один раз, а не многократно, и вообще им всем лучше броситься с борта корабля в морскую пучину». Такое же настроение было и у солдат. Они тоже, по словам Кироса, «предпочли бы смертный приговор или ссылку на турецкие галеры», чем мучительное ожидание на корабле неминуемой смерти.
Экипаж возмущало то, что сама Исабель и ее приближенные не испытывали никаких трудностей и лишений. Исабель имела «свои» запасы продовольствия и воды и не желала ни с кем делиться. Обезумевшие от голода люди, среди них матери с грудными младенцами, видели, как Исабель со своей компанией пьет вино, ест мясо и фрукты. В то время как все молили о глотке воды, она приказывала стирать свои платья только в пресной воде.
Кирос много раз уговаривал Исабель поделиться припасами с экипажем, говорил, что если перемрут матросы, то она все равно не спасется. Исабель советовала Киросу повесить на реях двух-трех матросов, чтобы остальные прикусили язык. «Разве я не могу распоряжаться своей собственностью», — возмущалась она, на что Кирос ей отвечал: «Это принадлежит всем и перейдет всем... Вы слишком долго испытываете терпение тех, кто страдает, и они могут взять силой все на корабле. Голодные люди знают, как помочь себе».
Стоя на своем, Исабель распорядилась забрать ключи от склада у стюарта, человека честного и преданного Киросу, и передать одному из своих слуг. Так продолжалось до 17 декабря, когда с фрегата сообщили, что началась сильная течь и судно едва держится на поверхности. Кирос спросил разрешения Исабель послать на фрегат нескольких матросов, чтобы помочь откачивать воду. Но она отказала, оставляя терпящее бедствие судно на произвол судьбы. Ночью фрегат исчез. С утра до полудня Кирос искал его, но все было напрасно. Солдаты на борту «Сан-Хиронимо» подняли крик, требуя прекратить поиски и плыть своим курсом. Кирос убеждал их, что позорно бросать в беде корабль, где находятся их товарищи, но безуспешно, и «Сан-Хиронимо» продолжил свой путь на северо-запад.