Кирос изложил королю свой план экспедиции к Южному материку, передал ему памятную записку. Филипп III, внимательно выслушав Кироса, заявил, что его идеи будут подробно рассмотрены. Кирос встретился с ближайшими советниками короля, передал им письма от папы, вице-короля Перу и испанского посла в Риме, а также свои записки о предполагаемом плавании и карты.
Мнения советников разделились. Одни поддержали Кироса, другие отнеслись скептически, говоря, что он предлагает больше, чем сможет дать, третьи считали, что Испания и так владеет огромными заморскими территориями и уж лучше осваивать их, а не искать расположенные далеко новые, управлять которыми будет и трудно и дорого.
Кирос ежедневно передавал на имя короля новые записки, в которых опровергал аргументы, выдвигавшиеся против его проекта, и получал ответные письма от советников короля с противоречивыми мнениями: одни продолжали поддерживать его, другие — едко высмеивали. Наконец 5 апреля 1603 г. Киросу вручили приказ Филиппа III вице-королю Перу от 31 марта организовать экспедицию к Южному материку. Испанский монарх приказывал дону Луису де Веласко по прибытии Кироса в Перу немедленно предоставить в его распоряжение «два хороших корабля, которыми он будет доволен, а также команду и снабдить суда оружием и снаряжением, необходимым для продолжительного плавания. Кроме того, корабли следовало снабдить товаром для обмена с туземцами открываемых земель... Примите во внимание, что я желаю, чтобы означенный капитан Кирос предпринял это плавание без промедления... Первым же кораблем, возвращающимся в Испанию, вы должны сообщить мне о прибытии означенного капитана Кироса и о том, передали ли вы ему указанные выше два судна, снабдив их всем необходимым. Я буду с нетерпением ждать известий о выполнении моего приказа...»
В другом приказе от 9 мая 1603 г. Филипп III писал дону Луису, что если Кирос погибнет от болезни, ранения или по каким-либо другим причинам, то, «чтобы не утратить ожидаемого столь большого успеха от указанных открытий во имя господа бога и нашей святой церкви, я приказываю вам в этом случае назначить другое лицо, равных способностей и знаний... для совершения указанных открытий».
Взяв королевские приказы, Кирос отправился в Севилью, где флотилия из 30 кораблей готовилась к отплытию в Америку. Но, когда Кирос добрался до Севильи, флот уже вышел в море, и с ним отправился новый вице-король Новой Испании. Киросу посчастливилось сесть на фрегат, догонявший ушедшие корабли. 2 августа Кирос был уже у острова Гваделупа. Налетел страшный ураган. Несколько кораблей были выброшены на берег, другим, в том числе фрегату, на котором находился Кирос, удалось выйти в море. Но недалеко от острова Кюрасао фрегат разбился о скалы и его команде и пассажирам, в том числе Киросу, удалось на шлюпке достичь маленького островка Авес и высадиться на нем. На этой же шлюпке были перевезены на остров с тонущего судна продовольствие, снаряжение и инструменты, а также останки разбившегося фрегата. Капитан погибшего корабля приказал команде начать постройку нового фрегата. Он послал на шлюпке Кироса с несколькими людьми в Каракас с тем, чтобы те сообщили местным властям о случившемся и пополнили продовольствие. С величайшими трудностями Киросу удалось привести шлюпку в Каракас. Он сообщил губернатору о гибели фрегата и об оставшихся на острове людях. Губернатор распорядился о выдаче Киросу необходимых продуктов, и тот отправился в обратный путь.
Вернувшись, Кирос передал продовольствие капитану погибшего корабля. Он увидел, что команда почти закончила постройку нового фрегата, на котором ему предложили продолжить плавание. Но Кирос отказался, сославшись на необходимость вернуться в Каракас. С несколькими людьми он опять на шлюпке отправился в Каракас, где пробыл восемь месяцев в ожидании попутного корабля.
К своему великому удивлению, Кирос встретил в Каракасе трех детей своего брата, о котором много лет ничего не слышал. Оказалось, что тот здесь женился и умер, оставив вдову с двумя сыновьями и дочерью. Жена его тоже умерла, и дети воспитывались у бабушки. Кирос попросил ее отпустить с ним двух племянников, оставив девочку у себя. Получив согласие, Кирос с племянниками сел на пришедший в Каракас корабль и отправился в Картахену. Об одном из племянников Кироса, Лукасе де Киросе, сохранились сведения, что он впоследствии стал опытным картографом, составившим по распоряжению вице-короля Перу карту Южной Америки от Картахены до Магелланова пролива.