Наконец все приготовления к плаванию были закончены. Три корабля, готовые к отплытию, стояли в порту Кальяо. Кирос с капитанами двух других судов явился к графу Монтерею. Он извинился перед вице-королем за назойливость, проявленную им при подготовке экспедиции, объяснив ее лишь желанием скорее закончить приготовления. Граф же в ответ поблагодарил Кироса за такую преданность делу и пожелал счастливого плавания, предупредив, что из-за нездоровья не сможет быть в порту при отплытии кораблей. Вице-король вручил Киросу текст своей речи, которую следовало прочитать перед отплытием судов из Кальяо. Граф Монтерей подчеркивал важность предпринимаемой экспедиции для Испании и выражал уверенность, что она будет проведена успешно.
Вернувшись в Кальяо, Кирос распорядился ознакомить экипажи судов с посланием вице-короля. На кораблях были подняты паруса. Верхушки мачт были украшены флагами, развевался королевский штандарт.
Суда экспедиции прошли мимо стоявших в порту кораблей, салютуя из пушек и мушкетов. Те дали ответный залп. Это было в три часа пополудни, 21 декабря 1605 г.
Один за другим три корабля экспедиции покинули порт Кальяо. Впереди шел флагман «Сан-Педро-и-Сан-Пабло», затем вице-адмиральский корабль «Сан-Педро» и замыкал шлюп «Три волхва». Первые два судна были небольшими, водоизмещением 60 и 40 тонн, а последнее — совсем маленькое, всего 12 тонн. В экспедиции принимало участие 300 человек. Кроме матросов и солдат на борту находились шесть священников-францисканцев и врач с четырьмя братьями милосердия. Флагманским кораблем командовал сам Кирос, вице-адмиральским — Луис Ваэс де Торрес, а шлюпом — Бернал Серменто. Главным кормчим экспедиции против желания Кироса вице-король назначил Хуана де Бильбоа. Именно его граф избрал в возможные преемники Кироса, что весьма неприятно поразило последнего и сулило большие осложнения.
Тем не менее общее настроение было превосходным. Один из шкиперов экспедиции, Гонсалес де Леса, говорил впоследствии: «Нас охватило такое горячее желание послужить богу, святой католической церкви и во славу короля, нашего повелителя, что нам казалось все возможным».
Кирос еще в Кальяо почувствовал себя плохо. На корабле болезнь усилилась. Три дня Кирос был в очень плохом состоянии, но затем поправился. «Если богу угодно, то будешь жить», — напишет он позднее, вспоминая начало своего плавания.
Учитывая опыт экспедиции с Менданьей, Кирос, поправившись, написал подробнейшую инструкцию, которую передал 8 января 1606 г. капитанам двух других судов. В инструкции Кирос давал скрупулезные указания не только по части навигации, рациона питания экипажей, но и дисциплины. Все азартные игры были запрещены. Капитанам вменялось в обязанность строго следить за обращением офицеров с матросами и солдатами. Требования соблюдения дисциплины не должны были перерастать в жестокость. Капитану «следует использовать те методы, которые необходимы для поддержания твердой дисциплины, дружелюбия, честности и преданности, помня, как многого может достичь тот, кто добивается повиновения не применением жестоких мер, а добром».
Кирос специально остановился в инструкции на поведении в отношении коренных жителей открываемых земель. «Запомните, что если на кораблях появятся вожди или простые туземцы, то их следует принимать любезно, как гостей, и одаривать подарками, которые им больше всего приглянулись. Такой же линии поведения необходимо придерживаться и на берегу, когда туземцы пожелают войти в сношение и говорить с нами... Узнавайте у туземцев, есть ли поблизости другие острова или обширные земли, и если они населены, то какой цвет кожи у их жителей, едят ли они людей, миролюбиво или воинственно настроены; есть ли у них золото... серебро... жемчуг, специи... как они называются на их языке и запоминайте эти названия. Выясните, где это все добывается. Покажите свою благодарность за все то, что они дали... Крики и шум туземцев на их сборищах, бряцание оружием не должны вызывать у нас тревоги... При нападении туземцев сначала надо дать холостой залп из мушкетов, выстрелить в воздух, а затем уже, сообразуясь с обстановкой, предпринять необходимые меры, чтобы их отогнать или остановить... Мы должны относиться к туземцам как к детям... Всегда быть справедливыми к ним, иметь открытые и честные намерения, и тогда бог поможет нам, как он помогает всем, чьи цели добры». Кирос предусмотрел и случай, если корабли потеряют друг друга: корабль, который первым придет в Санта-Крус, должен ждать остальных три месяца. Если же по истечении этого времени они не появятся, ему следует «плыть в поисках Южной Земли на юго-запад к 20° ю. ш., затем на северо-запад до 4°, оттуда на запад, вдоль северного побережья Новой Гвинеи к Маниле, а потом домой, в Испанию, через мыс Доброй Надежды».