Много времени отнимали у семинаристов молитвы, духовные упражнения, заботы о поддержании порядка и другие обязанности, но большая часть его отводилась на учение. Первокурсники почти не сталкивались со специальными предметами, если не считать некоторых частностей литургики. Самым главным для них было изучить польский и латинский языки.
Уже с первого дня официальным языком в семинарии считался польский, и все предметы преподавались по-польски. В первое полугодие, к рождеству, семинаристы уже все понимали, а к концу учебного года и говорили по-польски. Хуже обстояло дело с латынью. Только после двух лет ежедневных занятий они кое-как начинали разбираться в учебниках философии и богословия, священном писании и текстах из литургики. Однако язык классической латыни так и оставался для них недоступным. На первом курсе юноши изучали еще всеобщую историю и, кроме того, немного занимались литовским языком.
Тогда в семинарии еще не проходили полной гимназической программы, и никаких прав она не давала. Поэтому бросившие семинарию не могли поступить в другое учебное заведение, и для них оставался один путь — в аптекарские ученики. Зато окончившим гимназию в семинарии предоставлялись привилегии и принимали их прямо на третий курс.
Редкий семинарист занимался чем-нибудь сверх программы. Не хватало времени, да и никто не поощрял к этому. Все-таки некоторые учились французскому или немецкому языку, еще больше находилось охотников учиться музыке — игре на скрипке и на фисгармонии.
Жизнь, которую вел в семинарии Людас Васарис со стороны могла бы показаться бесконечно тоскливой и скучной. С раннего утра и до вечера через каждый час, а порою и через полчаса звонил колокол; каждый день медитации длинные молитвы, уроки, silentium'ы… Так проходили неделя за неделей, месяц за месяцем, и это однообразие могло бы надоесть хуже горькой редьки. Но в действительности было не так. Нигде так быстро не бежало время, дробимое ударами колокола, как в семинарии. Скучать было некогда и хотя отдельные части дневной программы приедались, все же день, неделя, месяц проходили непостижимо быстро Первокурсники то и дело сталкивались с чем-нибудь новым, непривычным. Так незаметно прошло рождество с торжественным богослужением, великий пост с длинным покаянным каноном и крестным путем, когда им приходилось по два часа томиться в соборе, прошла страстная неделя с еще более длинными службами, прошел и светлый праздник Христова воскресения. Великим постом у семинаристов была вторая трехдневная реколлекция, которую Людас Васарис соблюдал более сознательно, так как уже понимал по-польски и вникал в смысл духовных бесед.
Однако если бы после всех этих медитаций, бесед, размышлений, испытаний совести, после всех религиозных упражнений, празднеств и торжеств его спросили: «Как сильна теперь твоя вера? Рассеялись ли сомнения, с которыми ты пришел сюда, изменился ли ты?» — вопросы эти поставили бы его в довольно затруднительное положение. Разве он мог ответить на них? Правда, он уже причащался трижды в неделю, но все это делалось само собою, и Людас не знал, достиг ли он большего совершенства или только безотчетно выполнял требования семинарии, понемногу приспособляясь к ним.
Поступая в семинарию, Людас несколько иначе представлял себе приобщение к духовенству. Он довольно наивно воображал, что его прежде всего начнут убеждать, воображал, что ему неопровержимыми аргументами докажут бытие божье, рассеют все сомнения, объяснят противоречия, и тогда вера его укрепится, станет живой. Но ничего похожего не случилось. Никто его не убеждал, не объяснял противоречий, не рассеивал сомнений. Всех их просто усадили за молитвы и реколлекции, словно они были проникнуты глубочайшей верой. Вместо того, чтобы доказать бытие божье, их сразу окунули в ту жизнь, смыслом и оправданием которой является бог. Жизнь эта без веры в него была бы немыслимой, абсурдной и совершенно непосильной для их юной совести. Эта психологическая, практическая аргументация действовала сильней теоретических доказательств и убеждений. Если кто-нибудь не поддавался ее воздействию, он бежал из семинарии с первого либо со второго курса. Теоретические доказательства приходили позже, их следовало просто выучить, «вызубрить». Но тогда они уже большого влияния на веру не оказывали, а может быть, и вообще не могли оказать. В семинарии Васарис постоянно слышал, что живая вера — это божественная благодать, о даровании которой следует молиться, и если согрешишь перед богом, можешь ее потерять.