Одна из выдумок сексота, по-видимому, особо заинтересовала следствие, так что показание было даже подчеркнуто в протоколе допроса и использовано в «Обвинительном заключении»: «Отт я знаю как озлобленного человека. Она предпочитала германский порядок Советскому правительству, о чем несколько раз говорила мне лично». В мае 1948 года обвиняемой Алисе Отт прочли эти показания, и она гордо ответила на эту мерзость следователю: «Я — француженка. Уже третья война, как большая часть мужчин в моей семье убита и искалечена немцами». «Я желала только одного и с самого начала войны верила в это — победу Советской Армии».
Молодая сексотка заявила, что летом 1947 года она присутствовала при разговоре отца Жана Тома и Алисы Отт и что последняя «вводила Тома в курс советской жизни, при этом высказывала разные клеветнические вещи». А студентка исторического факультета МГУ, также работавшая на чекистов, показала, что в декабре 1945 года в связи с отъездом отца Леопольда Брауна из Советского Союза она «была передана на связь американскому разведчику Лaбержу, а потом и Тома, по заданию которого продолжала вести разведывательную работу против Советского Союза». Так что на настоятеля церкви Святого Людовика, отца Жана Тома компромат уже собирался, хотя он об этом и не подозревал.
15 марта 1948 года следователю пришлось срочно прервать допрос Алисы Отт, дочери заведующей церкви Святого Людовика. На полях протокола причину отсутствия подписи допрашиваемой он пояснил «странным поведением обвиняемой: бессвязными речами и разговором с погибшим ранее отцом». До этого Алиса Отт отказывалась подписывать обвинения, несмотря на угрозы и издевательства, помещение в ледяной карцер и неоднократные инсценировки расстрела. Возможно, начало психического заболевания было связано с обвинениями, подписанными сексотом, «в интимных связях ее со священниками», непереносимыми для глубоко верующей католички, либо инсценировками расстрела. 29 марта 1948 года обвиняемая Алиса Альбертовна Отт была направлена на экспертизу в Институт судебной психиатрии. Заключение медицинской комиссии института гласило о «душевном заболевании в форме шизофрении» и о необходимости направления ее на принудительное лечение в психиатрическую спецбольницу МВД.
Несмотря на постоянное давление, угрозы ареста дочери, конвейер допросов и неоднократные помещения в карцер за отказ от сотрудничества со следствием, Алиса Бенедиктовна Отт не подписала предъявленного ей обвинения в шпионаже. Позднее, из лагеря она в одном из заявлений объяснила это так: «Я не могла фальшивым признанием быть причиной ареста и несчастья сотни людей, которых я встречала за столько лет работы в церкви и во французском посольстве». 28 августа 1948 года Алиса Отт, женщина-инвалид шестидесяти двух лет, была приговорена к 15 годам лагерей. И хотя следствие настаивало на отправке ее в особый каторжный лагерь, она попала сначала в общий, а позднее — в инвалидный лагерь, где и встретилась с прихожанками, подписавшими против нее все обвинения на следствии и также отправленными в лагерь «за шпионаж».
После ареста старосты церкви Алисы Отт с дочерью и других прихожан новая приходская «двадцатка» в основном состояла из одних иностранцев, чего и добивались власти. 23 мая 1950 года, несмотря на дипломатические усилия, церковь Святого Людовика у посольства Франции отняли. Переговоры французского посольства с МИДом СССР ни к чему не привели, протестовать было бесполезно: церковь, настоятель которой и «двадцатка» приходской общины — иностранцы, представлялась властям просто аномалией, и формально это противоречило закону. Отец Жан Тома попытался собрать новую «двадцатку» приходской общины из представителей дипломатического корпуса, но власти не признали ее, требуя собрать «двадцатку» советских граждан.
Затем была организована новая «двадцатка» приходской общины, в нее вошли «проверенные» прихожане. Именно ей и была передана церковь Святого Людовика Французского, новых хозяев, естественно, не устраивал настоятель-иностранец, им вменялось в обязанность просить назначения в приход нового настоятеля, но только у епископа, проживающего на территории страны. Они обратились к архиепископу Рижскому, и с его помощью в храм был приглашен новый священник. У отца Жана Тома отобрали ключи от церкви и исповедальни. 25 августа 1950 года он совершил последнюю торжественную французскую Мессу, а 28 августа он покинул Москву.