В успокоенную внешне Москву возвращалась знать, вновь закипели придворные страсти, уезжали в деревни свергнутые временщики, в том числе глава клана Милославских Иван Михайлович, лишь ненадолго получивший изрядную власть, но вскоре «задвинутый» сомкнувшимся за спиной Петра большинством представителей правящей верхушки. 25 июня, когда Иван и Петр были венчаны на царство, Наталия Кирилловна торжествовала, заняв первое место при царях. Имя Софьи даже не всегда упоминалось среди членов царской семьи!
Придворные вели себя по-прежнему, словно не замечая, как «невегласы-мужики» пытались на их глазах «государством управляти», диктуя свою волю Думе и приказам. Между тем система власти трещала по швам в центре и на окраинах, откуда тщетно взывали к Москве воеводы. Софье, В. В. Голицыну, Одоевским и некоторым приказным деятелям (Ф. Л. Шакловитому, Е. И. Украинцеву и др.), понимавшим меру опасности, пришлось спасать самодержавное государство, невзирая на придворные распри.
Виднейший сторонник Петра патриарх Иоаким, дискредитировавший себя в глазах народа участием в придворных интригах, в июле подвергся смертельной опасности. Сторонники сожженных по его настоянию в апреле лидеров старообрядчества (протопопа Аввакума, Епифания и др.), пользуясь сочувствием многих стрельцов, горожан и даже знати (например, нового руководителя Стрелецкого приказа князя Ивана Хованского), двинулись на Кремль, чтобы искоренить «никонианское» духовенство.
Царская семья и двор были уведомлены, что если кто-то из них заступится за церковные власти — то всем, включая юных царей, «от народа не быть живым». Софья запретила патриарху выходить на площадь и приказала расколоучителям явиться на «прение о вере» в Грановитую палату. «Ужаса смертного исполненные» бояре умоляли царевну не ходить, спасти себя и всех «от напрасныя смерти».
— Если и так, — сказала Софья, — то будь воля Божия; однако не оставлю я святой Церкви и ее пастыря, пойду туда!
Она заняла в Грановитой палате Царское место, посадив рядом с собой царевну Татьяну Михайловну. Наталия Кирилловна на этот раз охотно уступила, расположившись в кресле под троном с царевной Марией Алексеевной и патриархом Иоакимом.
В ходе «прений» царевна взяла на себя главную роль, доведя расколоучителей до неистовства и продемонстрировав выборным стрельцам, что их проповедники — враги государственного порядка и буяны. Хитроумнейшими маневрами она избежала вспышки бунта, затянула «прения» до вечера, когда толпы москвичей стали расходиться по домам, привлекла на свою сторону часть стрельцов. Ночью, когда расколоучители остались одни с немногочисленными сторонниками, они были схвачены и вскоре казнены. Церковная иерархия была спасена.[10]
Даже вернейшие сторонники Петра поняли, что, пока восставшие могут вещать от имени царей, ситуация катится к катастрофе. Они доверились Софье — и та смогла, усыпив бдительность восставших, вывезти царскую семью из Москвы и «странным путем», уйдя от стрелецкой охраны и запутав погоню, спрятать ее за стенами Троице-Сергиева монастыря.
Пока царедворцы умирали от страха, готовые разбежаться при очередном ложном известии о походе стрельцов из Москвы (где даже на Новый год, 1 сентября, не осталось ни одного дворянина), назначенный главнокомандующим князь Василий Голицын и думный дьяк Разрядного приказа Федор Шакловитый сумели за месяц собрать армию из более ста тысяч человек, против менее чем 25 тысяч стрельцов и солдат (не считая, правда, «черных людей» Москвы).
Тем временем Софья нанесла свой удар, выманив из Москвы и казнив по ложному доносу князя Ивана Хованского со старшим сыном Андреем (17 сентября). Тем самым она лишала восставших возможности придать своим действиям хоть какую-то видимость одобрения со стороны знати. Стране было объявлено, что все Московское восстание с самого начала — результат заговора Хованских, стремившихся к захвату царской власти.
Официальная пропаганда делала все, чтобы не допустить распространения сведений об истинных причинах и целях восстания. Объявленные по городам и весям грамоты о злохищном умышлении Хованских как бы объясняли, почему с мая по август правительство шло на поводу у бунтовщиков. Ирония истории состояла в том, что несколько лет спустя такое же обвинение было брошено самой премудрой царевне Софье.