На июльском (1919 г.) пленуме ЦК РКП(б) вопрос о принадлежности Главкома Вацетиса к «заговору в Полевом штабе» не поднимался, так как следствие тогда еще продолжалось. Однако предложения о его смещении с занимаемой должности на пленуме все-таки прозвучали. И больше всего в этом преуспел его боевой товарищ по Восточному фронту, член РВСР С.И. Гусев (Я.Д. Драбкин), заявивший, что «Главкома Вацетиса необходимо заменить человеком, способным руководить многочисленными фронтами и понимающим особенности нашей войны».
На защиту Вацетиса встал председатель Реввоенсовета Республики Л.Д. Троцкий. Он, недолюбливавший Гусева, пытался защитить своего (и ленинского тоже) выдвиженца:
«Я против смены Главкома, так как товарищ Вацетис доказал свою преданность идеям революции и умело провел ряд операций против генерала Краснова и адмирала Колчака»{234}.
Спустя десять лет, уже будучи в эмиграции, Л.Д. Троцкий напишет о Вацетисе следующее: «…Вацетиса обвинили в сомнительных замыслах и связях, так что пришлось его сместить. Но ничего серьезного за этими обвинениями не крылось. Возможно, что на сон грядущий он почитывал биографию Наполеона и делился нескромными мыслями с двумятремя молодыми офицерами…»{235}
По итогам обсуждения вопроса о Вацетисе на июльском (1919 г.) пленуме ЦК РКП(б) было решено: 1) перевести Полевой штаб РВСР из Серпухова в Москву; 2) вместо Вацетиса Главкомом назначить командующего Восточным фронтом С.С. Каменева; 3) Вацетису дать другую должность, соответствующую его опыту и знаниям; 4) обновить Реввоенсовет Республики. В обновленный состав вошли: Л.Д. Троцкий, его заместитель Э.М. Склянский, С.И. Гусев, И.Т Смилга, А.И. Рыков, С.С. Каменев (в ранге Главкома).
После завершения работы пленума заступник Вацетиса, Лев Давидович Троцкий, выехал со своим поездом на Южный фронт, где резко обострилась обстановка в связи с наступлением войск генерала Деникина. Уже в пути председатель Реввоенсовета Республики получил телеграмму, подписанную В.И. Лениным, Ф.Э. Дзержинским, Н.Н. Крестинским и Э.М. Склянским. Ее содержание не вызвало радости у Троцкого: «Вполне изобличенный в предательстве и сознавшийся Доможиров дал фактические показания о заговоре, в котором принимал участие Исаев, состоявший для поручений при Главкоме и живший с ним в одной квартире. Много других улик, ряд данных, изобличающих Главкома в том, что он знал об этом заговоре. Пришлось подвергнуть аресту Главкома»{236}.
Под арестом и следствием И.И. Вацетис пробыл чуть более трех месяцев. Как он пишет в своих воспоминаниях (запись от 13 октября 1919 г.): «Сейчас 20 часов 1 минута. Принесли ордер о моем освобождении. Итак, я просидел 97 дней». Несмотря на первоначальные заявления следствия о том, что имеется «много улик и других данных» о том, что Главком знал о готовящемся заговоре, дальнейшее расследование показало, что Вацетис все-таки не виновен в инкриминируемых ему преступлениях. И дело о нем передали во ВЦИК. Президиум ВЦИК, рассмотрев 7 октября 1919 г. дело бывшего Главкома Вацетиса, постановил: «Поведение бывшего Главкома, как оно выяснилось из данных следствия, рисует его как крайне неуравновешенного, неразборчивого в своих связях, несмотря на свое положение. С несомненностью выясняется, что около Главкома находились элементы, его компрометирующие. Но, принимая во внимание, что нет оснований подозревать бывшего Главкома в непосредственной контрреволюционной деятельности, а также принимая во внимание бесспорно крупные его заслуги в прошлом, дело прекратить и передать Вацетиса в распоряжение военного ведомства. Вместе с тем Президиум ВЦИК предлагает ВЧК установить за Вацетисом тщательный надзор»{237}.
Дело по обвинению И.И. Вацетиса было прекращено за недоказанностью его вины. Возникает вопрос — а был ли вообще заговор в Полевом штабе РВСР? Или его надо было придумать, сфабриковать, чтобы опорочить, очернить Главкома Вацетиса? Если последнее предположение верно (освобождение бывшего Главкома из-под стражи говорит за это), то резонно возникает и другой вопрос — а кому тогда это было нужно? Ведь не Ленину же, и не Троцкому! Видимо, «компетентные органы» уже в те годы предпринимали меры, чтобы показать свою полезность делу революции, где надо и не надо размахивая карающим мечом. Можно сказать, что истоки тридцать седьмого года надо искать в революции 1917 года и последовавшей за ней Гражданской войне.
К остальным командирам, арестованным по делу о «заговоре в Полевом штабе», в ноябре 1919 г. была применена амнистия. В тридцать седьмом томе биографической хроники В.И. Ленина говорится, что 6 ноября 1919 г. на заседании Политбюро ЦК РКП(б) наряду с другими вопросами обсуждалось предложение председателя ВЧК Ф.Э. Дзержинского и заместителя начальника Особого отдела ВЧК И.П. Павлуновского о применении к арестованным по делу Полевого штаба генштабистам Н.Н. Доможирову, Ю.И. Григорьеву, Е.И. Исаеву, Б.И. Кузнецову и А.К. Малышеву амнистии, объявленной ВЦИК в связи со второй годовщиной Октябрьской революции{238}.