Уже через месяц после съезда возник новый муфтият — ДУМ Кабардино-Балкарской республики. Попытавшись спасти от развала ДУМСК, духовное и региональное руководство Дагестана сумели лишь реорганизовать его в Духовное управление мусульман Дагестана, что окончательно зафиксировало развал системы управления и запустило процесс размежевания на Северном Кавказе.
Для Духовного управления мусульман Европейской части и Сибири (ДУМЕС) события в САДУМ и ДУМСК не представляли поначалу значимой угрозы. Позиции руководителя Управления Талгата Таджуддина выглядели вполне прочными, однако на территории, подведомственной ДУМЕС, события стали развиваться не по пути «верхушечных» переворотов, а носили более глубинный, а потому и более катастрофичный характер.
В феврале 1989 года Первый всетатарский съезд учредил «Народное движение в поддержку перестройки — Татарский общественный центр», бывший, по сути, первой этнорелигиозной партией СССР. ТОЦ стал матрицей для большинства радикальных националистических и сепаратистских организаций Татарстана. Вслед за ТОЦ создание этнорелигиозных партий и объединений в национальных автономиях России приняло обвальный характер.
Если в Башкирии, Татарстане, других национальных республиках в идеологии этих партий и движений преобладали националистические мотивы, то созданная в Астрахани Исламская партия возрождения (ИПВ) носила подчеркнуто клерикальный характер. Особого влияния она не имела, просуществовала сравнительно недолго — буквально до распада СССР. ИПВ сумела закрепиться на некоторое время лишь в Таджикистане, где сыграла исключительно негативную роль в развязывании гражданской войны. Тем не менее именно в ИПВ впервые появились в качестве политических деятелей многие из ныне действующих политиков исламского толка с радикальными воззрениями. В частности, идеологом партии был философ Гейдар Джемаль, требовавший создания общесоюзного исламского политического центра, ограждающего умму от демократических западнических тенденций.
Вместе с крахом советской коммунистической идеологии на территории СССР начался мощный подъём религиозного возрождения. Число мусульманских общин стало лавинообразно расти, существующие стремительно наполнялись людьми. Советская система, подчиняющая каждую общину непосредственно председателю ДУМЕС, захлебнулась в управленческом коллапсе, и 15 января 1991 года президиум ДУМЕС принял решение о создании территориальных органов управления — мухтасибатов. Были созданы 25 территориальных управлений, руководство которыми было передано наиболее заслуженным и образованным имам-хатыбам этих территорий. Они получили звание имам-мухтасиба вместе с чрезвычайно широкими полномочиями, фактически переводящими их в автономные центры принятия решений.
Очень высокую степень влияния и широкие полномочия получил бывший ответственный секретарь ДУМЕС, ставший мухтасибом Московского мухтасибата, Равиль Гайнутдинов (Гайнутдин). На него были возложены обязанности по внешнеполитической деятельности ДУМЕС. Он же стоял у истоков Исламского культурного центра, который стал сложным структурным образованием, включавшим в себя черты общественной организации, духовного центра, политического объединения и коммерческой структуры. Довольно быстро ИКЦ стал структурой влияния Саудовской Аравии, а впоследствии и других аравийских монархий, которые через него запустили свои начальные программы финансирования духовного образования в России.
Образование стало ахиллесовой пятой исламского возрождения, так как быстро росшая численность возвращающихся к исламу последователей не была подкреплена адекватным ростом численности образованных священнослужителей, а имевшиеся учебные заведения попросту не могли обеспечить их выпуск. Открывающиеся религиозные учебные заведения не имели качественного преподавательского состава, учебных материалов. Число мечетей также не соответствовало возросшему количеству прихожан.
Весь этот спектр проблем не мог быть разрешен одномоментно, а в условиях нарастающего организационного хаоса, переходящего в коллапс, ни о каком качественном управлении процессами и решением проблем речи уже не шло. Начался период распада.