Перво-наперво были Назарием отысканы на островах, сложенных сплошь из диабазов, нужные глины и определены их примерные запасы. Начали ставить кирпичный завод. Выстроили лесопилку, кузницу, литейную, другие мастерские, потребные для масштабного строительства. И, помолясь, принялись за дело, за большое дело и многотрудное: впервые за всю историю монастыря возводились здания каменные. Собственно строить начали только в 1785-м: три года ушло на подготовку, создание строительной базы, начертание планов и проектов. Через год после начала работ нежданно-негаданно пришло подспорье: пятого марта 1786 года императрица (наверное, не без стараний Гавриила на этот счет) издала указ, по которому монастырь включается в число монастырей штатных 3-го класса и, стало быть, теперь ежегодно получает от казны 1524 рубля 93 копейки. Невелик капитал, но как посмотреть, для монастыря в те времена деньги немалые. Трудились и трудились, не покладая рук своих. Использовалась и наемная рабочая сила, когда необходимо было сделать какую-нибудь особую работу, а среди братии умельцев на нее не находилось.
Крестный ход в монастыре на день св. Сергия и Германа. Начало XX в.
Спустя десять лет вступивший на престол император Павел Петрович стремительно отменил все постановления своей царственной матушки относительно монастырского землевладения. Как писали тогда валаамские монахи: «Восшествие на престол этого монарха было величайшей радостью для всего православного духовенства». Монастырю возвращаются рыбные ловли, покосы, угодья, мельницы. Стали сдавать все это в аренду, получая за нее ежегодно три тысячи двадцать рублей серебром. Вряд ли мальтийского рыцаря на российском престоле столь уж сильно волновала судьба православия, просто все делалось вопреки и как бы во вред царствованию предшествовавшему.
К 1801 году в целом монастырский ансамбль был возведен, он и сегодня хранит на себе черты созданного Назарием. Композиционным центром явился Спасо-Преображенский собор, вокруг два четырехугольника, один в другом келейные корпуса, большая трапезная, всевозможные мастерские и службы монастыря. Севернее собора выстроена была еще церковь Успения Богородицы, южнее — Николая Угодника (поздней упраздненная).
В 1801 году Назарий снимает с себя бремя настоятельства. А в 1804 году по его же прошению митрополит Амвросий отпускает его в Саровскую Пустынь, где 44 года назад он принимал пострижение. Скончался этот талантливый русский человек, истинный подвижник, молитвенник и труженик 23 февраля 1809 года и похоронен там же, в Сарове.
Но памятен Назарий на Валааме не только тем, что возвел каменные монастырские строения. Он возвел в монастыре оплот подвижничества истинного: ввел на Валааме строжайший устав Саровской пустыни, по которому и существовал монастырь до 1940 года. Обитель, возрожденная в 1989 году, живет по нему и теперь.
Дело строительное, Назарием начатое, не остановилось. Настоятели Иннокентий, Ионафан I и Варлаам продолжили работы, и к 1838 году монастырский ансамбль был выстроен окончательно. Но не только фундаментальное каменное строительство, явившее собой наиглавнейшую в ту пору стезю хозяйственной деятельности обители, не только строительство духовное, произведенное введением в монастыре Устава Саровской Пустыни, и даже не духовное назидание и завещание отца Назария явились событиями значительнейшими в истории сей обители.
Умный, предприимчивый и отважный рыльский купец, Григорий Иванович Шелехов, один из первопроходцев Русской Америки, основатель знаменитой Русско-Американской Промышленной Компании, в конце 1793 года, собираясь на Аляску в очередной раз, обратился к Святейшему Синоду с прошением «Об отправлении на Алеутские острова и Аляску православной духовной миссии», которая, по замыслу Григория Ивановича, должна была войти в состав его следующей экспедиции. Выбор Святого Синода пал на Валаамскую обитель. Игумену Назарию было поручено собрать для этого необыкновенного мероприятия «иноков духовно зрелых и телом крепких». Выбор отца Назария пал на иеромонаха Иоасафа Болотова, духовного звания, пришедшего на Валаам из Ярославских пределов, «так как в нем замечены были: нрав светлый и приятный, кротость и твердость духа, увлекательный дар слова с силою убеждения и строгая обдуманность в исполнении предприятий». Таковая, если так можно выразиться, характеристика дана была этому человеку самим игуменом Назарием, когда он перед Святым Синодом оправдывал верность своего выбора.