Самой замечательной стороной этой системы было то, что каждый необыкновенно наглядно убеждался в своем полном ничтожестве перед натурой, совершенно ясно видел все ошибки и даже всю бессмыслицу обычного рисования и начинал понимать, что уже одно рисование, без живописи, без композиции и сюжета, есть великое искусство, живое и увлекательное. Сочетание сократовского метода с суворовским чудачеством приводило иной раз к сценам поистине жестоким, и недаром сам Чистяков любил повторять: «Ученики — что котята, брошенные в воду: кто потонет, а кто и выплывет. Выплывают немногие, но уже если выплывут — живучи будут». Вся эта жестокость была направлена только против пагубной художнической спеси и ее обычных спутниц — поверхностности, приблизительности, несерьезности. Ученик приучался к строгому отношению к натуре и привыкал к мысли, что нет ничего легкого, все одинаково трудно, все одинаково интересно, важно и увлекательно. Рисование не есть только развлечение: оно такая же суровая и, главное, точная наука, как математика. Здесь есть свои незыблемые законы, стройные и прекрасные, которые необходимо изучать. И если чистяковская система унижала и оскорбляла, заставляя временами падать духом, то она же впоследствии подымала дух, вселяла бодрость и веру, открывая просветы в некий горний мир. И те, кому удавалось выдержать, «поднять» систему, заглянуть в этот немногим доступный мир, хотя бы слегка отдернув скрывающую его от всех завесу, — те прощали учителю все его жестокие выходки и оскорбления и сохраняли на всю жизнь светлое воспоминание о тесной, душной и фантастически пыльной мастерской мудрого академического Kobold’а..
Сам Павел Петрович Чистяков окончил Академию художеств в 1860 году, еще до появления на свет Валентина Серова. За программную картину «На свадьбе великого князя Василия Васильевича Темного великая княгиня Софья Витовтовна отнимает у князя Василия Косого, брата Шемяки, пояс с драгоценными камнями, принадлежавший некогда Димитрию Донскому, которым Юрьевичи завладели неправильно» ему была присуждена Большая золотая медаль и право шестилетней поездки за границу. Картину Чистякова заметило и оценило не только академическое начальство. Стасов называл ее «блестящей программой», художники считали, что настоящая русская историческая живопись началась только с картины Чистякова. Ее отметили на лондонской выставке в 1862 году. Казалось бы, все улыбалось художнику, впереди — насыщенная творческая жизнь. Но получилось по-иному. Из Италии Павел Петрович действительно привез несколько интересных работ. Но с основной картиной, которая должна была быть отчетом перед советом академии, ему не повезло. Темой он выбрал «Смерть Мессалины». В этом сюжете его, так же как и в первой картине, интересовала психологическая сторона больше даже, чем историческая. Но справиться с этой работой Чистяков не смог. Реалист по натуре, человек, которому, как и передвижникам, чужда была академическая условность, завяз в сюжете, который никак нельзя было решать в бытовом плане, а ложная романтика академического стиля претила художнику. Чистяков писал и переписывал картину десятки лет, все его ученики видали ее, слыхали от него о том, что он ее вот-вот кончит, но картина так и осталась незавершенной.
За работы, привезенные из Италии: «Голова чучары», «Итальянец-каменотес», «Римский нищий», — Павел Петрович получил звание академика живописи.
Любовь Чистякова к преподавательской работе была, пожалуй, не менее сильна, чем жажда собственного творчества. Он был прирожденным учителем. Еще в академические годы он руководил большой рисовальной школой в Петербурге на Бирже.
В Италии продолжал давать уроки. В его мастерской работал будущий кумир русских художников — испанец Мариано Фортуни. Его советов искал талантливый Анри Реньо. А по возвращении в Россию Павел Петрович с радостью пошел преподавателем в Академию художеств и почти совсем оставил живопись.