Проявляя повседневную заботу о Красной Армии, укрепляя ее мощь, Куйбышев одновременно с этим продолжал руководить всей советской и партийной жизнью в Самарской губернии. Под его председательством проходят съезды Советов и партийные конференции; его назначают председателем ревтрибунала, избирают делегатом на VI Всероссийский съезд Советов, председателем губисполкома и горисполкома. Почти ежедневно он выступал на рабочих собраниях и митингах, всюду вел беспощадную борьбу с врагами революции, мобилизовывал массы, знакомил их с положением на фронте, развертывал плодотворную работу по восстановлению народного хозяйства губернии, разрушенного белогвардейцами.
28 февраля 1919 года Самарская губернская партийная конференция избрала Куйбышева своим делегатом на VIII съезд партии.
По докладу В. И. Ленина партийный съезд утвердил новую программу партии, а также определил новую политику по отношению к среднему крестьянству — политику прочного союза с середняком при сохранении в этом союзе руководящей роли рабочего класса. Это важное решение VIII съезда партии сыграло большую роль в успешной борьбе против интервентов и белогвардейцев.
Такое же значение имело постановление съезда по военному вопросу. Партийный съезд решительно осудил «военную оппозицию», которая защищала пережитки партизанщины в армии, боролась против создания регулярной Красной Армии и против использования старых военных специалистов бывшей русской армии.
Решения съезда по военному вопросу способствовали повышению боеспособности Красной Армии, что было очень важно тогда ввиду смертельной угрозы со стороны колчаковских полчищ. Этими решениями стал руководствоваться и Куйбышев, которого партия вскоре вновь назначила военным комиссаром.
Весною 1919 года снова разгорелась ожесточенная борьба за Среднее Поволжье. Колчак хотел захватить Среднее Поволжье — эту почти единственную в то время житницу Советской республики, зажать пролетариат в тисках голода, прорваться к Москве. Отстоять Среднее Поволжье от белогвардейцев, уничтожить их, дать хлеб Москве и другим важнейшим городам — такие задачи предстояло разрешить Красной Армии.
На захват Среднего Поволжья Колчак бросил три белые армии. Одна из них, так называемая Западная армия, под начальством генерала Ханжина, действовала против нашей 5-й армии в направлении на Уфу. Вторая белая армия, под командованием Дутова, признавшего над собой власть Колчака, действовала против 1-й, 4-й и Туркестанской армий в районе Оренбург — Орск — Актюбинск. Третья колчаковская армия, в состав которой входили уральские казаки, оперировала в районе Уральска.
Части Красной Армии были утомлены постоянными переходами и боями и потому в начале борьбы с Колчаком терпели неудачи. Пользуясь значительным превосходством своих сил, генерал Ханжин 6 марта нанес поражение 5-й армии и заставил ее отступить к Волге. А это, в свою очередь, повлекло за собой отступление 1-й и Туркестанской армий. Одновременно с продвижением белых армий агенты Колчака и эсеры подняли кулацкое восстание, которое охватило почти всю Самарскую и Симбирскую губернии. Колчак захватил ряд городов — Уфу, Белебей, Бугуруслан, Бугульму, Орск и Актюбинск. Белогвардейские полчища двигались уже к Самаре и Симбирску. Они предполагали через Среднюю Волгу прорваться к Москве.
В этот трудный момент, в марте 1919 года, была сформирована Южная группа армий Восточного фронта. Командующим группой был назначен М. В. Фрунзе, а членами Реввоенсовета — В. В. Куйбышев и Ф. Ф. Новицкий. Сначала эта группа состояла из двух армий — 4-й и Туркестанской, а затем, в апреле, в нее дополнительно включили 1-ю и 5-ю армии.
Состояние этих войск было тяжелое. Туркестанскую армию, по существу, приходилось заново формировать в боевой обстановке. В тылу 4-й армии кулаки и белогвардейцы разжигали контрреволюционные мятежи. 1-я и 5-я армии под натиском колчаковцев отступали, порою беспорядочно. Надо было быстро, на ходу, под непрекращающимися ударами врага произвести коренную перестройку войсковых частей, поднять в них боевой дух, укрепить их волю к борьбе и победе. Одновременно с этим нужно было подавлять контрреволюционные восстания в тылу Красной Армии.
Под руководством Фрунзе и Куйбышева закипела работа штаба Южной группы. Была проведена широкая мобилизация для пополнения частей и для создания необходимых резервов. В наиболее уставшие полки вливались свежие роты из рабочих и коммунистов. Из тыла на фронт непрерывным потоком направлялось вооружение — орудия, пулеметы, винтовки, снаряды, патроны. Накапливались запасы продовольствия.
Значительно были усилены оборонительные сооружения Самарского укрепленного района. Строительство этих сооружений непосредственно осуществлял выдающийся инженер Д. М. Карбышев, которого Валериан Владимирович сумел привлечь на сторону советской власти и политически воспитал. В своих воспоминаниях Д. М. Карбышев писал: «Большое внимание укреплению позиций уделял Валериан Владимирович Куйбышев. Перегруженный административной и партийно-политической работой, В. В. Куйбышев объезжал вместе со мною отделы строительства не только днем, но и в ночное время. Ряд ночей ему приходилось работать без сна. Объезжая район, Куйбышев на месте знакомился с состоянием оборонительных работ, делал необходимые замечания, давал указания и санкционировал мои распоряжения». Впоследствии, за подвиги в период Великой Отечественной войны, Д. М. Карбышеву посмертно было присвоено звание Героя Советского Союза.
Воодушевляемые Куйбышевым и Фрунзе, сотрудники Реввоенсовета напряженно работали, сознавая огромную ответственность перед Родиной. Решалась судьба Советской России!
Фрунзе и Куйбышев были всюду вместе. Часто можно было наблюдать, как их головы сближались над одной и той же оперативной картой, утыканной булавками с разноцветными флажками, испещренной карандашными значками. Изучив подробно расположение неприятельских частей, Фрунзе и Куйбышев намечали наиболее верные пути для наступления Красной Армии. Они вместе руководили оперативными совещаниями, диктовали боевые приказы. Здесь, на работе в Реввоенсовете Южной группы, Фрунзе и Куйбышев еще более оценили друг друга, привыкли понимать с полуслова, на ходу советовались и тут же, без промедления, принимали важные решения. Нередко они вместе выезжали на передовые позиции и принимали непосредственное участие в сражениях, поднимая боевой дух красноармейских масс. И каждый из них добивался этого по-своему. Фрунзе был горяч в бою. и своей пылкостью увлекал других. Куйбышев же даже в пылу ожесточенных схваток оставался непоколебимо спокойным. И это спокойствие, разлитое по всей его богатырской фигуре, действовало ободряюще.
Стратегическое руководство разгромом белогвардейцев и интервентов осуществлял Центральный Комитет партии. Из пяти фронтов гражданской войны главным был признан Восточный фронт. Перед его армиями партия поставила боевую задачу — разбить Колчака и отвоевать Заволжье, Урал, Сибирь и Дальний Восток.
На основе директивных указаний Центрального Комитета партии, Реввоенсовет Южной группы разработал оперативный план разгрома Колчака. В то время войска Южной группы на участке между Оренбургом, Самарой и Симбирском образовали выступ в сторону противника, угрожая главным силам Колчака, наступавшим на Самару. В свою очередь, намечавшийся прорыв белых к Волге угрожал разгромом всей Южной группы советских армий.
Учитывая это, Фрунзе и Куйбышев пришли к убеждению, что остановить наступление Колчака можно лишь посредством контрнаступления. Для этого было решено сосредоточить лучшие войска в районе Бузулука и отсюда нанести удар по левому флангу белогвардейской армии Ханжина, наступавшей от Бугуруслана на Самару.
Перед началом боевых операций 10 апреля 1919 года Куйбышев и Фрунзе в обращении к своим войскам писали: