Эвакуация армии Андерса не могла не подорвать доверие Москвы к польскому эмигрантскому правительству, и весной 1942 года в Советском Союзе создаётся Союз польских патриотов (СПП), в который входили коммунисты, левые социалисты, людовцы (т.е. члены Крестьянской партии) и беспартийные. В самой Польше в январе 1942 года под названием Польская рабочая партия (ППР) была по сути дела воссоздана компартия, распущенная Коминтерном в 1938 году.
С начала 1943 года руководство АК стало отстранять от руководства командиров тех своих отрядов, которые хоть как-то сотрудничали с советскими партизанами и развернуло операцию по установлению своего контроля над значительными районами Западной Белоруссии и Юго-Восточной Литвы, а после разрыва дипломатических отношений между СССР и эмигрантским правительством в Лондоне 25.04.1943 г. (после гибели Сикорского в июле 1943 г. правительством Польши возглавил Миколайчик, активно включившийся в начатую гитлеровцами пропагандистскую кампанию по "катынскому делу") конфликт между АК и советскими партизанами перешёл в неприкрытую войну.
Если раньше боевики АК истребляли белорусов, объявляя их перед советскими партизанами пронемецкими коллаборантами, а перед оккупационными властями - просоветскими подпольщиками, то теперь они перенесли свой террор из городов и райцентров в сельскую местность, действуя не только против "партизан и Советов", но и занимаясь уничтожением скрывающихся в лесах евреев, а также поляков и белорусов, подозреваемых в просоветских настроениях. С этого момента соединения АК стали препятствовать передвижениям советских партизан, заготовкам продовольствия, начали устраивать против них засады, а также покушения на их руководителей.
7 июля 1943 г. в дер. Мачульное Волковыского района выстрелом из засады аковцами был убит секретарь подпольного райкома комсомола Климченя. В Щучинском районе засадами на партизан и зверскими убийствами с применением садистских истязаний прославились отряды Яна Борысевича ("Крыся") и Чеслава Зайончковского ("Рагнера"). Они разыскивали лесные стоянки партизан, убивали связных, сжигали хутора и деревни в партизанской зоне. В Виленской зоне в 1943 г. в столкновениях с отрядами АК белорусские партизаны потеряли 150 человек убитыми и 100 пропавшими без вести. В районе действия партизанской бригады им. Щорса в Заславльском и Дзержинском районах отряды АК уничтожили 11 белорусских деревень, убив при этом 200 мирных жителей, включая стариков, женщин и детей. В 1943 г. в Ивенецком районе отряд подхорунжего АК Здислава Нуркевича ("Ноц") терроризировал убийствами местных жителей и нападал на партизан. В ходе террористических акций участниками его подразделения были убиты командир партизанского отряда им. Фрунзе Иванов, комиссар отряда Данилин начальник особого отдела отряда Губа, три партизана бригады им. Жукова. По воспоминаниям П. З. Калинина, аковские вожди из "Виленского подпольного центра" "попытались даже предъявить некоторым командирам и комиссарам советских партизан ультиматум: рассматривать территорию западных областей Белорусской республики как исконно польскую" (П. З. Калинин, "Партизанская республика", Минск, 1968 г., с 316).
Естественно, советские партизанские отряды не остались в долгу. 22.06.1943 г. состоялся пленум ЦК КП(б) Белоруссии. принявший ряд документов по партизанскому движению в западных областях Белоруссии, в которых подчёркивалось, что "западные области являются неотъемлемой частью БССР и тут допустимо существование только групп и организаций, которые руководствуются интересами СССР". Партизанам рекомендовалось более крупные польские формирования вытеснять с белорусской территории, а более мелкие разоружать и "если есть возможность, включать в борьбу с немцами под советским руководством".
С осени 1943 г. начинается взаимодействие между немцами и командирами отрядов АК, переросшее с января 1944 г. в активное сотрудничество. До весны 1944 года немцы давали им продовольствие, вооружение, транспорт и инструкции действий и не трогали, когда они нападали не на советских партизан, а на белорусских культурных и общественных деятелей.
В качестве примера можно привести документ "Об отношении к немецким властям и вооруженным силам", принятый 5.05.1943 года подпольным формированием "Гренадеры", являвшимся составной частью АК на территории Барановичской области, предписывавший своим последователям:
1. Стараться любой ценой быть в наилучших отношениях с немецким командованием. Чтобы знать всё точно и вовремя, мы должны иметь наших людей в немецком аппарате и на руководящих должностях...
3.Так как немцы враждебно относятся к коммунистам, мы должны использовать это. Называя коммунистами всех белорусских народных деятелей, которые всегда были и теперь являются серьёзными врагами поляков. Пусть их бьют немцы, а мы будем как бы проявлять сочувствие невинным жертвам. Белорусы никогда не смогут этого понять. Это народ тёмный, особенно политически...
4. Через своих людей просить полицию и немцев жечь белорусские деревни под предлогом, что они помогают партизанам. (В. И. Ермалович, С. В. Жумарь "Огнём и мечом: Хроника польского националистического подполья в Белоруссии", Минск, 1994 г., с. 29).
Уже в ноябре 1943 года польские националисты из "бандитской дружины "Лена" приняли участие в карательной экспедиции гитлеровцев против советских партизан. Легионеры "Лены" захватили переправы через Неман и пытались задержать наших партизан, чтобы поставить их под удар фашистских карателей. Только в течение 19 ноября партизанам пришлось трижды вступать в бой с бандой националистов" (П. З. Калинин, "Партизанская республика", Минск, 1968 г., с. 316).
Весной 1944 г. действовавший при поддержке немцев и вооруженный отряд АК Зайончковского разгромил в лесу у дер. Кобыльники советское партизанское соединение. Постоянные нападения на советских партизан организовывал и подчинённый ему отряд Ежи Баклажеца (Пазуркевича). Кроме того, аковцы отличались особо зверским террором в отношении православного духовенства.
Архиепископ Афанасий Мартос отмечал, что в 1942-1943 гг. "в западно-белорусских районах бесчинствовали польские партизаны. Они замучили насмерть нескольких православных священников, убили их семьи и многих православных белорусов. Эти жертвы безвременья заслуживают особого исследования о них историков" (Архиепископ Афанасий Мартос, "Беларусь в исторической государственной и церковной жизни", Минск, 1990 г., с. 286).
В отчёте Барановичского гебиткомиссариата о действиях АК в 1942-43 гг. подчёркивалось: "бандиты грабят и убивают только белорусов, но не поляков. Ни с одним ксендзом ничего не случилось. Тогда как множество православных священников-белорусов было зверски убито вместе с семьями или же изувечено и ограблено". В 1943г в приходе Турейск Щучинского района был замучен священник Иван Аляхнович вместе с матушкой. Аковцы отрезали им уши, носы, выкололи глаза, матушке отрезали груди, а раны жгли огнём. Новый священник, отец Василий, назначенный на этот приход, был зверски замучен на третий день после приезда в Турейск... Близ Новогрудка был сожжен живьём иеромонах Лукаш. В местечке Крева аковцы расправились со священником М. Леванчуком и его дочерью и племянницей, работавших учительницами в местной белорусской школе, за то, что они посмели отпевать убитых белорусов, а также за его выступления в защиту белорусского языка и образования. Всего в Белоруссии аковцы уничтожили несколько десятков православных священиков и членов их семей (В. И. Ермалович, С. В. Жумарь "Огнём и мечом: Хроника польского националистического подполья в Белоруссии", Минск, 1994 г., с. 36).
В директиве для польских легионов (одно из ответвлений АК) от 14.05.1943 г. прямо говорилось: "Целью польских легионов является освобождение Западной Белоруссии от большевизма. Каждый поляк должен помнить, что белорусы - это враги польского народа... Поляки должны всеми способами компрометировать белорусов перед немцами, добиваться арестов белорусов для того, чтобы потери белорусов были наибольшими". С осени 1943 г. на Новогрудщине и Виленщине разгорелись кровавые бои между АК и советскими партизанами. Ставилась задача вытеснения последних с западнобелорусских территорий и уничтожения всех тех, "кто не сочувствует польскому делу".