Штроопу не раз казалось, что сопротивление в гетто должно уже пойти на убыль. «На пятый день нам, очевидно, удалось добраться до самых крупных террористов и активистов, которые до этой поры смеялись над всеми нашими усилиями разыскать их и депортировать», — сообщал он 23 апреля. 25 апреля он было решил, что в гетто уже уничтожены «все бандиты и саботажники». Но вскоре нацистскому генералу пришлось признать преждевременность своих выводов. Явно озадаченный, он писал 28 апреля: «Сегодня мы снова встретили и сломили во многих местах очень сильное сопротивление. Становится все яснее и яснее, ввиду затяжки операции, что нам теперь противостоят настоящие террористы и активисты».
Основные силы ЖЗВ были к концу апреля действительно разбиты (впрочем, и 30 апреля группа ЖЗВ подожгла военные склады на улице Пшеязд на «арийской стороне»), но ЖОБ продолжала сопротивление. 1 мая бойцы гетто собрались на торжественные митинги, слушали доклады и радиопередачи из Лондона и Москвы, пели «Интернационал». Слова «это есть наш последний и решительный бой» обрели особый смысл в устах людей, не сомневавшихся в своей близкой гибели. Командование ЖОБ постановило усилить боевую активность. Штрооп в очередном рапорте писал об особой ожесточенности сопротивления в этот день. Никто не сдался 1 мая добровольно. Какой-то пленный выхватил спрятанный револьвер и трижды выстрелил в немецкого офицера. На улице Налевки гитлеровцев атаковали среди бела дня. Когда немецкие саперы собрались взорвать один из люков, появившийся из-под земли повстанец на их глазах схватил взрывчатку и скрылся с ней.
Тяжелые бои вели бойцы ЖОБ на фабриках «Трансавиа» и «Вишневский-Серейский» на улице Ставки в северной части гетто. Возглавляемые Эдвардом Фондаминьским повстанцы попали в окружение, понесли большие потери, но все же прорвались на улицу Милую и явились в штаб ЖОБ в доме 18.
На Францишканской улице (северо-западная часть гетто) в доме 30 немецкие штурмовые группы обнаружили подземный бункер, в котором засели остатки защитников щеточной фабрики во главе с Мареком Эдельманом и Гершем Берлиньским. Нацисты забросали ручными гранатами вход, однако часть повстанцев, выбравшись через запасный выход, обстреляла врага с тыла. Немцы отступили, унося раненых. На следующее утро они возобновили атаки на бункер и снова были отбиты. Лишь на третьи сутки, применив газы, они овладели укреплением. 160 защитникам бункера из 300 удалось скрыться; часть из них засела в доме 22 по той же улице, часть ушла в бункер штаба ЖОБ на улице Милой. Как и большинство граничащих с «арийской стороной» улиц гетто, вся Францишканская была к этому времени разрушена. На этой улице погиб в обнаруженном гитлеровцами бункере Абрам Гепнер — один из немногих деятелей погрязшего в коррупции и предательстве юденрата, оставивших по себе хорошую память. До войны он был купцом, а когда занял пост заведующего отделом снабжения юденрата, саботировал жестокие немецкие приказы, стараясь достать для гетто побольше продовольствия. В тайне от юденрата он давал детям и бедноте больше продуктов, чем им официально полагалось, сотрудничал с Сопротивлением. Гепнер отказался от предложения укрыться на «арийской стороне», решив разделить судьбу гетто.
«Повсюду были разбросаны тела наших товарищей, — пишет Любеткин. — На гниющие по улицам трупы садились стаи ворон. По гетто бессмысленно бродили сошедшие с ума от ужасов пребывания под землей». «Нижеподписавшийся исполнен решимости продолжать операцию до тех пор, пока не будет уничтожен последний еврей», — бодро докладывал начальству Штрооп. Сам Крюгер, начальник полиции и СС Генерал-губернаторства, прибыл с инспекцией из Кракова, чтобы потом лично доложить о ходе операции Гиммлеру.
4 мая главные силы Штроопа снова прочесали «производственное гетто». Некоторые из схваченных фашистами людей, сломленные и павшие духом, показывали врагу расположение подземных бункеров. Нашлись и давно сотрудничавшие с оккупантами мерзавцы, которые теперь пытались купить себе жизнь, сдав соплеменников. Но подавляющее большинство захваченных гитлеровцами евреев, по признанию Штроопа, отказывались служить врагу проводниками.
ЖОБ организовала специальные группы для уничтожения предателей. 6 мая боевики ЖОБ настигли и пристрелили на месте гестаповца Фреда Орлеана. Связной ЖОБ Тобиаш Шейнгут уже за пределами гетто убил подосланного немцами шпиона. В качестве шпионов гитлеровцы использовали и детей, запуганных и морально изуродованных жизнью в гетто. Одного такого мальчика боевики поймали в районе фабрики Шульца. «Надо было бы прикончить его на месте, потому что он пришел выслеживать и доносить, но ему десять лет, а теперь так жалко молодых. Может быть, из него что-нибудь еще вырастет», — сказал командир боевой группы, передавая мальчика в руки людей, прятавшихся в бункере.
Обнаружив бункер, гитлеровцы взрывом заваливали вход, после чего пускали газ внутрь. Евреи, вынужденные покинуть убежище, не раз бросались на них с оружием, швыряли гранаты. Женщины стреляли из пистолетов, вытащенных из-под платья. Гитлеровцы стали раздевать пленных догола.
Штрооп сетовал, что для разрушения домов взрывами требуется много времени и огромное количество взрывчатки. «Самым лучшим способом уничтожения евреев остается поэтому поджог… Недочеловеки, бандиты и террористы по-прежнему укрываются в бункерах, где жара из-за пожаров стала невыносимой. Теперь эти твари слишком хорошо поняли, что перед ними встал выбор: или до последней возможности оставаться в укрытиях, или выйти на поверхность и попытаться убить или ранить людей из СС, полиции и вермахта, которые не прекращают натиска… В течение первых шести дней бой против евреев и бандитов был тяжел, но только теперь, как оказывается, в наши руки попадают евреи и еврейки, которые командовали в те дни. Каждый раз при обнаружении бункера находящиеся внутри евреи оказывают сопротивление, используя все имеющееся в их распоряжении оружие».
Сопротивление концентрировалось в центральной части гетто, там, где на улице Милой под домом 18 находился бункер штаба ЖОБ. Это чрезвычайно разветвленное подземелье тянулось на целые кварталы, в нем легко можно было заблудиться. Первыми хозяевами бункера были уголовники, подчинявшиеся Шмулю Ашеру, огромному детине, богачу. Его шайка оборудовала бункер кухней, водопроводом, электрическим освещением, собрала значительные запасы продовольствия, которые, однако, быстро иссякли, когда в бункер набились сотни людей, на что устроители подземного убежища, естественно, не рассчитывали. Каждое помещение бункера имело свое название, помогавшее ориентироваться: «Треблинка», «Травники», «Понятово», «Пески» и т. п. Смысл этих названий стал особенно символичен, когда отсеки с потолками ниже человеческого роста, рассчитанные на 8-10 человек каждый, заполнили десятки людей, обливающихся потом от страшной жары.
В первые дни боев бункер заняла группа носильщиков Давида Малованьчика и Мойзеша Чомпеля. Они еще в 30-е гг. участвовали в отрядах самообороны, а в гетто сражались против немцев и в январе, и теперь, в дни апрельского восстания. Чомпель и Малованьчик впустили в бункер группу ЖОБ, а те, в свою очередь, передали его штабу ЖОБ. Прежние владельцы не возражали. По мере разгрома по всему гетто опорных пунктов ЖОБ в бункер на улице Милой устремлялись остатки боевых групп, а также население из сожженных или разрушенных домов. Здесь оказалось около 300 человек, в том числе 80 боевиков и почти все члены подпольного руководства Хашомер-Хацаир и ППР в гетто.
Штрооп узнал, где расположен штаб ЖОБ, от пленных. 6 мая в очередном донесении он писал, что «идет по следам бандитов» и что есть надежда «добиться завтра успеха в выслеживании партийного правления». На следующий день он доложил, что ему теперь известно месторасположение «партийного правления».
Между тем штаб ЖОБ, понимая, что продолжать борьбу уже невозможно, отдал приказ остаткам боевых групп пробиваться на «арийскую сторону». Однако почти все, кто пытался покинуть гетто, погибали. 7 мая немцы уничтожили две группы ЖОБ, одна из которых вышла по канализационным трубам к саду Красиньских, а другая перебралась из дома 74 на улице Лешно в дом 71, расположенный на противоположной стороне улицы, за стеной гетто. Необходима была помощь польских антифашистов. Несколько групп связных отправились на «арийскую сторону». Почти все они погибли, но Симхе Ратгаузеру удалось добраться до Цукермана — «Антека» и связаться через него с руководством Варшавской организации ППР и Гвардии Людовой. Стали готовить спасательную экспедицию.