13 мая губернатор Варшавы Людвиг Фишер оповестил горожан о разрушении гетто — «гнезда большевизма и бандитизма». Он призвал население выполнить свой «долг» и выдавать властям находящихся еще на свободе «евреев и коммунистических агентов». 15 мая немцы разрушили на территории гетто последние дома, за исключением восьми зданий — немецких казарм, госпиталя и тюрьмы «Павяк». 16 мая Штрооп официально объявил об окончании «большой акции» и начал отвод своих сил. «Еврейского гетто в Варшаве больше не существует», — рапортовал он. 18 июня 1943 г. Штрооп за свои подвиги в гетто был награжден железным крестом первого класса, а 29 июня Гиммлер утвердил его в должности начальника СС и полиции Варшавы. Ежедневные рапорты Штроопа, запечатлевшие деяния гиммлеровского воинства в Варшавском гетто с 19 апреля по 16 мая 1943 г., были собраны вместе и в роскошных переплетах вручены самому рейхсфюреру СС и начальнику СС и полиции «Ост» Крюгеру. Один экземпляр на память о свершениях на поле брани Штрооп оставил себе.
На догоравших развалинах Варшавского гетто был оставлен батальон немецкой полиции. Немцы прочесывали местность, перерезали последние водопроводные трубы, отравляли все обнаруженные резервуары и источники воды, забрасывали колодцы полусгнившими трупами, обливали керосином найденные остатки пищи, взрывали и заваливали дороги. Ежедневно они засыпали все люки, но евреи, намеревавшиеся бежать из гетто по канализационным трубам, по ночам раскапывали их. В течение мая были обнаружены и ликвидированы почти все остававшиеся подземные укрытия. 16 мая, в день официального окончания «большой акции», гитлеровцы обнаружили большой бункер в доме 38 на Свентоерской улице и, пустив газ, заставили выйти 60 укрывавшихся там евреев. Восемнадцатилетнему Киршенбауму, полумертвому, с гангреной ног, отказавшемуся выдать другие известные ему бункеры, немцы прострелили руку. Он продолжал упорствовать, и ему выстрелили в ногу.
Столкновения с разрозненными кучками повстанцев происходили еще в июне и июле. Полковник охранной полиции Харинг отмечал впоследствии, что «ввиду ставшего известным противнику уменьшения сил отдельные банды пытались возобновить свою деятельность. Во время все новых и новых схваток с бандами, имевшими хорошее вооружение и руководство, приходилось в жестоких подчас боях подавлять отдельные гнезда сопротивления, оборудованные в развалинах, подвалах, канализационных колодцах». В этих боях в начале июня погибли последний командир группы ЖЗВ в гетто Янек Пика и член штаба ЖОБ Захариа Артштейн, которому удалось было сколотить из обломков боевых групп значительный отряд. К этому времени евреи настолько ослабели от голода и перенапряжения, что не могли даже добросить до врага ручную гранату.
18 июня 1943 г. губернатор Фишер, принимая у себя во дворце Ганса Франка, с гордостью показал ему на развалины гетто. От Гиммлера пришло предписание сровнять территорию бывшего гетто с землей, засыпать все подвалы и канализацию, покрыть весь район слоем чернозема и разбить там большой парк. В середине июля немцы принялись систематически взрывать развалины в гетто, однако кучки вооруженных евреев снова прокрадывались в уже, казалось, очищенную зону. Поэтому осенью немцы, прочесывая бывшее гетто, снова (еще раз) стали взрывать развалины. Но и в конце 1943 г. они натыкались на вооруженные группки евреев, оказывавших сопротивление. Подобные случаи имели место даже летом 1944 г., спустя год после подавления восстания в гетто!
По подсчетам Штроопа, во время боев в Варшавском гетто с 19 апреля по 16 мая было убито около 7000 евреев, кроме того, около 5000–6000 погибли внутри зданий и бункеров от огня и взрывов. 56 065 человек, согласно рапорту Штроопа, были схвачены и вывезены из Варшавы. (Многие из них выскакивали на ходу из поездов, получая увечья или погибая под пулями охраны. Группа евреев пыталась выскочить из вагона ночью во время стоянки поезда на Гданьском вокзале. Немцы открыли огонь и перебили 36 человек. Перенося трупы, работавшие на вокзале еврейские рабочие обнаружили, что одна женщина еще жива. С помощью железнодорожника-поляка ее удалось переправить в рабочую казарму; немец-инспектор, которому сказали всю правду, разрешил ей остаться.)
Немецкие войска в ходе операции разрушили 631 бункер. Спастись из Варшавского гетто во время и после восстания смогли, согласно позднейшим подсчетам, около 3000 человек.
Немецкие потери в Варшавском гетто оцениваются по-разному. Подпольная пресса Варшавы писала о 120, 300, 400, даже о 1000 убитых. Штрооп называет другие цифры — 16 убитых и 90 раненых. Позже, уже находясь в польской тюрьме, он говорил на допросах, что легкораненые, оставшиеся в строю, не заносились им в списки, как и потери польской полиции (которые, впрочем, не могли быть, по его мнению, особенно велики, так как эта полиция не участвовала в операциях внутри гетто). Штрооп утверждал при этом, что в его отчетах не было какого-либо умышленного сокрытия потерь.
Сам факт многонедельных боев в гетто, применение артиллерии, танков, бронированных автомобилей, тяжелых пулеметов, огнеметов и газов, зарево пожаров и гул взрывов, неоднократные неудачные атаки гитлеровских отрядов — все это наводит на мысль об огромных потерях, которые они должны были бы понести. Следует, однако, принять во внимание чудовищное неравенство сил. Мало сказать, что вооруженным до зубов фашистам противостояли почти безоружные повстанцы, — почти целиком отсутствовали условия и для сколько-нибудь эффективной партизанской борьбы. Опыт истории учит, что партизанская война может вестись с успехом в тылу врага, силы которого связаны борьбой на фронте, во всяком случае, там, где благоприятны условия местности, где есть возможность избегать боя с главными силами противника, действовать на его коммуникациях, нападать врасплох, атаковать тыловые части и разрозненные группы. Еврейским же повстанцам приходилось вести непрерывную борьбу на территории, ограниченной несколькими улицами, где маневр сводился к передвижению на сотню-другую метров. В такой обстановке обороняющиеся не могли избежать больших потерь, им было крайне трудно, почти невозможно, оторваться от противника при отходе, избежать окружения, а то и полного уничтожения своих сил.
Среди командиров повстанцев не было кадровых офицеров, не было людей с военным образованием. Они могли воспользоваться опытом лишь нескольких бывших солдат и унтер-офицеров, служивших ранее в польской армии и участвовавших в сентябрьской кампании 1939 г. Подавляющее большинство боевиков составляли юноши и девушки 18–25 лет, не бравшие в руки оружия до вступления в боевую организацию.
О крайне плохом вооружении повстанцев говорит тот факт, что немцы смогли захватить всего-навсего девять винтовок и пятьдесят пистолетов и револьверов, да еще патроны, бутылки с зажигательной смесью, ручные гранаты и взрывчатку. Явно смущенный такими мизерными трофеями, захваченными у полностью окруженного и уничтоженного противника, Штрооп писал: «Надо учесть, что в большинстве случаев нам не удавалось захватить оружие потому, что евреи и бандиты, прежде чем попасть в плен, выбрасывали его в такие бункеры и укрытия, которые мы не могли обнаружить. Выкуривание бункеров также мешало нашим людям обнаруживать и собирать оружие. С тех пор как нам пришлось взрывать бункеры, мы уже не могли искать оружие».