Шестнадцатого марта в новую резиденцию явился Уорнер Миффлин, лидер квакеров-аболиционистов. Вашингтон внимательно выслушал его, но так и не дал прямого ответа. В итоге обе петиции были положены под сукно — законодатели решили не вмешиваться в этот вопрос до 1808 года.
В воскресенье 21 марта после посещения утренней церковной службы президент впервые встретился с новым госсекретарем Томасом Джефферсоном, а на следующий день они заперлись на час в кабинете и спорили о политике. Джефферсон был ростом с Вашингтона и мог смотреть ему прямо в глаза, а не снизу вверх, как Гамильтон. Он был моложе на десять лет. В своей усадьбе Монтиселло он повесил портрет президента и поставил его гипсовый бюст работы Гудона. Он всегда уважал его за осторожность, порядочность и патриотизм, считая его «мудрым, добрым и великим человеком», однако ему претила суровая непреклонность и недоверчивость Вашингтона.
Их взгляды на внешнюю политику тоже расходились: Джефферсон был открыто враждебен к Великобритании, а Вашингтон не хотел терять главного торгового партнера, предпочитая иметь Лондон союзником, а не врагом. Зато Вашингтона тревожили революционные события во Франции (14 июля 1789 года пала Бастилия; на следующий день Лафайет был единогласно избран командующим Национальной гвардией и приказал разрушить эту тюрьму; 26 августа Учредительное собрание приняло Декларацию прав человека и гражданина; начались аресты оппонентов). Джефферсон же считал французскую революцию неизбежным следствием и продолжением американской и утверждал, что в белых перчатках деспотию не свергнуть. Этой весной Вашингтон получил от Лафайета подарки — ключ от ворот Бастилии и набросок ее руин через несколько дней после разрушения. Он повесил ключ и рисунок в стенной нише в Маунт-Верноне.
Семнадцатого апреля скончался Бенджамин Франклин. Американский «патриарх» заранее распорядился, чтобы его похороны прошли с наименьшими затратами и без всякой помпы, однако проводить его в последний путь пришли 20 тысяч человек — половина Филадельфии. Всё свое имущество он завещал Бостону и Филадельфии, распорядившись, чтобы часть этих средств (100 тысяч фунтов стерлингов) была потрачена на строительство школ, больниц и тому подобных заведений. Родственникам он не оставил ничего: когда-то он сам начинал с нуля и считал, что человек с головой сможет разбогатеть самостоятельно. Джорджу Вашингтону досталась прогулочная трость из дикой яблони с позолоченным набалдашником в форме фригийского колпака: «Если бы это был скипетр, сей человек заслужил его…»
Сенат отклонил предложение объявить национальный траур, и тогда Джефферсон обратился с ним к Вашингтону. Тот также отказал, мотивируя, что не знает, какими критериями руководствоваться в данном вопросе. Он сам с начала месяца чувствовал себя неважно, похудел и осунулся. Эпидемия инфлюэнцы добралась и до Нью-Йорка; Манхэттен превратился в один сплошной лазарет. Джеймс Мэдисон тоже заболел, а вслед за ним и Вашингтон, неосторожно пригласивший его погостить. Грипп, почти окончательно лишивший его слуха, дал осложнение в виде пневмонии или плеврита. Он мучился от колотья в боку, дышал с большим трудом, надрывался от кашля и сплевывал кровью. Марта не отходила от постели мужа.
В Конституции не было указано, кто должен исполнять обязанности президента во время его болезни. Работой администрации руководил майор Уильям Джексон, а фактическим главой государства был Гамильтон, пропихивавший свою финансовую программу. Джефферсон впервые посмотрел на него как на будущего соперника в борьбе за президентское кресло.
Двенадцатого мая лечащие врачи Вашингтона тайно вызвали из Филадельфии доктора Джона Джонса, личного врача Франклина. Улицу близ президентской резиденции вновь перекрыли и застелили соломой. Слухи ходили самые мрачные; Вашингтон издавал горлом какое-то бульканье, которое кое-кто из его окружения принял за предсмертные хрипы. Но 16 мая, когда медицинский консилиум пришел к выводу, что случай безнадежный, неожиданно наступил перелом: Вашингтона прошиб сильный пот, зато кашель унялся, и он снова мог отчетливо говорить. Четыре дня спустя в газетах наконец-то сообщили о том, что президент несколько дней был нездоров, но теперь ему лучше. 27-го Джефферсон официально заявил, что президент возвращается к исполнению своих обязанностей. Но Вашингтон был еще так слаб, что возобновил ведение личного дневника только 24 июня. Он всё еще испытывал боль в груди, кашлял и тяжело дышал; обеды, совещания и приемы были для него мукой. Зато он с удовольствием съездил с Джефферсоном и Гамильтоном на рыбалку, подышать морским воздухом.