Джефферсон тоже уехал, написав Вашингтону, что намерен покинуть свой пост в конце сентября. 8 августа тот лично приехал к нему в Монтиселло, прося отложить отставку. Он и сам с радостью ушел бы, но остается же. Мало кто так хорошо разбирается в иностранных делах и интригах зарубежных правящих дворов, как Джефферсон. Немного поломавшись, тот согласился остаться.
В середине августа Джон Джей и сенатор Руфус Кинг объявили в нью-йоркской газете, что Женэ намеревался действовать через голову американского президента, и вся страна была объята возмущением. Кабинет решил потребовать отзыва француза и предоставить его правительству подробный отчет о его поведении. Но оказалось, что якобинцы уже прислали ему замену — Жана Антуана Фоше, доставившего приказ отправить Женэ на родину, где его будут судить за преступления против революции. Вашингтон не решился отправить человека на верную смерть и предоставил ему убежище в США. Тот женился на дочери Джорджа Клинтона и прожил остаток дней в штате Нью-Йорк.
В начале сентября желтая лихорадка начала выкашивать правительственный аппарат: в министерстве финансов умерли шестеро служащих, еще семь — в таможенном управлении, трое — в почтовом ведомстве. 6 сентября симптомы болезни (сильный жар, рвота) проявились у Гамильтона; Вашингтон прислал ему шесть бутылок вина и письмо с выражением сочувствия. Сам он оставался на посту, словно думал, что заговорен не только от пуль, но и от заразы; Марта отказалась покинуть его. Гамильтона выходил друг детства доктор Эдвард Стивенс, и он немедленно уехал вместе с женой в Олбани, в особняк Скайлеров. 10 сентября Вашингтон с семьей тоже выехал в Маунт-Вернон, даже не захватив с собой государственные бумаги. Джордж и Марта звали с собой Элизу Пауэл, но та не захотела оставить мужа, председателя сената Пенсильвании (он умер три недели спустя). Генри Нокс остался исполнять обязанности президента, обязавшись представлять Вашингтону еженедельный отчет о событиях в опустевшей столице, где теперь умирало до сотни человек в день. К середине октября три с половиной тысячи филадельфийцев — то есть десятая часть населения — перекочевали на кладбище.
Восемнадцатого сентября 1793 года в Маунт-Вернон явился военный оркестр из Александрии, и под его звуки Вашингтон возглавил праздничную процессию к месту закладки первого камня в основание Капитолия. Церемонией руководили Великая ложа Мэриленда и 22-я ложа Александрии; Вашингтон в масонском фартуке, вышитом руками Адриенны де Лафайет, исполнял обязанности Великого мастера. Когда он дошел до траншеи, куда предстояло заложить юго-восточный краеугольный камень фундамента, ему подали серебряную мемориальную пластину со списком лож, присутствующих на церемонии. Раздался артиллерийский залп. Вашингтон спустился в траншею и положил пластину на камень, рядом он поставил сосуды с зерном, вином и маслом — символические принадлежности масонского ритуала. Присутствующие прочитали молитву и спели масонский гимн, последовал еще один залп. Взойдя на трехступенчатую трибуну, президент произнес речь. За ней последовали масонский гимн и финальный залп.
В конце сентября Вашингтон нанял нового управляющего — Уильяма Пирса, наскоро обучил его своим педантичным методам работы и познакомил с пятью надсмотрщиками — «хилыми, ленивыми и тупыми». Разве что из негра Дэйви, присматривавшего за Мадди-Хоул, еще мог выйти толк. Имение было страшно запущено, отсутствие твердой руки сказывалось во всём. К тому же даже в отсутствие хозяина в Маунт-Вернон заезжали «туристы», позволявшие себе есть и пить за его счет. (В одном из писем Вашингтон отчитал Фанни за чрезмерное гостеприимство: дорогое вино следует подавать только близким друзьям, иностранным сановникам и членам Конгресса.) Вашингтон нервничал и раздражался: все его начинания оказывались сведены на нет. Ввести многопольный севооборот так и не удалось из-за противодействия управляющих фермами; новейшие машины быстро приходили в негодность, потому что «беспечные негры и невежественные надсмотрщики» не умели с ними обращаться. В поисках выхода из тупика Вашингтон решил сдать внаем четыре фермы — 3260 акров сельхозземель, 54 лошади, 12 мулов, 317 голов рогатого скота и дичающих свиней — толковым английским фермерам, оставив себе только главную усадьбу. За помощью в этом вопросе он обратился к агроному Артуру Юнгу, с которым состоял в переписке. Кроме того, Вашингтон надеялся, что новые хозяева освободят всех 170–180 рабов и будут использовать их как наемных рабочих. Сам он решиться на это не мог — соседи не поняли бы. Сбежавших рабов по-прежнему разыскивали, давая объявления в газеты; правда, Вашингтон просил Пирса, чтобы его имя в объявлениях не упоминалось.