Власти пытались возложить вину за заговор на некоего Арапченка: «нача думати князю Василью вторый сатанин предотеча Афанасий Аропчонок; бысть же в думе той и дьяк Федор Стромилов, и Поярок Рунов брат и иные дети боярские, а иных тайно к целованию приведоша на том, чтобы князю Василью от отца своего великого князя отъехати да казна пограбити на Вологде и на Белоозере и над князем над Дмитреем израда учинити».
По существу, это был план мятежа против Ивана III. Переворот должен был начаться с захвата казны на Белоозере и в Вологде. Ввиду постоянной угрозы нападений татар на Москву московский князь держал значительную часть своих сокровищ в северных городах. Мятеж сына мог иметь самые опасные последствия.
Способы казни в точности отражали меру вины каждого из заговорщиков. По словам летописи, Арапченку — «Афонасу Яропкину руки да ноги отсекли и голову ссекоша, а Поярку Рунову брату руки отсекше и голову ссекоша, а дьяку Федору Стромилову, да Володимеру Елизарову, да князю Ивану Палецкому Хрулю, да Щевью Скрябина сына Стравина, тем четырем главы ссекоша, декабря 27». Характерно, что самые знатные из заговорщиков избежали четвертования. Главные обвиняемые — Владимир Гусев из знатного боярского рода Добрынских, князь Иван Палецкий из рода Стародубских князей и дьяк Федор Стромилов лишились головы.
Иван III держал сына под домашним арестом на его кремлевском дворе «за приставы» по крайней мере до коронации внука.
После ареста заговорщиков Иван III «многих детей боярских велел князь велики в тюрму пометати». Для переворота сторонникам Василия сил не хватило.
На Руси еще не было приказной системы, но были дьяки «в приказе». Эти дьяки получали указания непосредственно от великого князя. Волоколамский летописец записал известие о казни «Федора Страмилова с товарыщи». Дьяк в самом деле был примечательной фигурой среди заговорщиков.
14 февраля 1498 г. Дмитрий Внук в неполные пятнадцать лет был утвержден на великокняжеском престоле после коронации в Успенском соборе Кремля.
Преодоление раздробленности и образование мощного государства создали почву для распространения в русском обществе идеи «Москва-новый Царьград». Как то ни парадоксально, мысль о византийском наследии развивали не «греки» из окружения византийской царевны Софьи, а духовные лица и книжники, близкие ко двору Дмитрия Внука и его матери Елены Волошанки. Митрополит Зосима, которого считали единомышленником Елены, сформулировал новую идею в сочинении «Изложение пасхалии», поданном московскому собору в 1492 г. В похвальном слове самодержцу Ивану III пастырь не упомянул о браке государя с византийской принцессой. В то же время он подчеркнул, что Москва стала новым Константинополем благодаря верности Руси Богу. Сам Бог поставил Ивана III — «нового царя Константина новому граду Константину — Москве и всей Русской земли и иным многим землям государя».
При первом столкновении победа досталась Дмитрию Внуку. Его успех объяснялся многими причинами, и прежде всего позицией Боярской думы.
Приход к власти удельного князя Василия пагубно отразился на карьере многих московских придворных, связавших судьбу с тверской династией. Этот круг лиц на десятилетия сохранил враждебное чувство к Ивану III и Софье. В 1524 г. придворный Ивана III и Беринь-Беклемишев жаловался греку-книжнику: как пришла сюда Софья «с вашими греки, так наша земля замешалася и пришли нестроениа великие».
Своеобразную интерпретацию идея византийского наследия получила в позднем сочинении XVI в. — «Сказании о князьях Владимирских». Согласно «Сказанию», киевский князь Владимир Мономах совершил победоносный поход на Константинополь и принудил своего деда императора Константина Мономаха отдать ему царский венец («шапку Мономаха») и другие регалии. (В действительности князю Владимиру едва исполнилось два года, когда умер его дед, и киевский князь никогда не ходил на Царьград.) Фантастическая ситуация, описанная автором «Сказания», напоминала реальную ситуацию, сложившуюся в Москве в 1498 г. Дмитрий Внук получил «шапку Мономаха» из рук деда Ивана III, как Мономах — из рук деда Константина. Все симпатии автора «Сказания» на стороне внука. Владимир-внук послал воинов, которые разорили окрестности Константинополя, и малодушный Константин снял с головы своей венец и послал внуку с мольбой о мире и любви, чтобы весь православный люд стал под власть «нашего царства (Византийской империи. — Р.С.) и твоего (Владимира Мономаха. — Р.С.) великого самодержавъства великиа Русиа». Предание о «шапке Мономаха» доказывало, что русские великие князья породнились с византийской династией задолго до греческого брака Ивана III и родство было скреплено передачей им царских регалий. Отсюда следовало, что правом на трон обладал старший прапраправнук Мономаха, тогда как греческое родство удельного князя Василия не имело значения.