Все эти храмы и монастыри были не только местами святости, молельными центрами — они были еще и местами памяти. Это были памятники важнейшим персоналиям русской истории и великокняжеского дома Калитичей. Василий III жил рядом с усыпальницей своих предков и церковных иерархов.
В Успенском соборе лежали внук Александра Невского и второй после Даниила Александровича князь Московского княжества Юрий Данилович (1303–1325), митрополит Петр (1308–1326), перенесший митрополичью кафедру в Москву, и его преемники Феогност (1328–1353), Киприан (1390–1406) и Фотий (1408–1431). Здесь же захоронен первый русский автокефальный митрополит Иона (1448–1561), с чьим именем связано обретение Русской православной церковью самостоятельности от Византии. Одно обращение к памяти этих людей, своими подвигами строивших Великую Русь, дисциплинировало и заставляло быть лучше. Великая история строительства «древа Государства Российского» была воплощена в надгробиях главного собора страны.
В 1508 году был освящен Архангельский собор, ставший пантеоном великокняжеского дома Калитичей. По верному замечанию Т. Д. Пановой, даже сама схема размещения могил в родовой усыпальнице московской великокняжеской семьи отражала сложные взаимоотношения, борьбу и распри в княжеском доме[91]. Великие князья лежали вдоль более почетной, южной стены, удельные — в стороне, вдоль западной. Древнейшим захоронением была могила Ивана Калиты, устроенная еще в первом Архангельском соборе (1333 года), позже возведенном заново. Здесь лежали все великие князья от Ивана Калиты до Ивана III.
Погребения были и в других храмах. Рождественская церковь (1393 года, перестроена в 1514 году) с приделом Воскрешения Лазаря стала храмом-памятником дочери Дмитрия Донского Марии. В соборе Чуда архистратига Михаила Чудова монастыря похоронен соратник Дмитрия Донского митрополит Алексий (1355–1378). Вознесенский монастырь в XV–XVI веках был женским великокняжеским некрополем.
Эта жизнь по соседству с пантеоном и погостом создавала особый духовный микроклимат при дворе. Весь род был здесь, в одном месте. Предки и Святители Земли Русской смотрели на дела потомков ежеминутно, ежечасно. Некоторые из них были канонизированы. Это повышало чувство ответственности перед Богом, Святыми и Святителями, предками. История восхождения рода Калитичей к власти все время была перед глазами, и допустить ее «поруху» было недопустимо.
Архитектурным воплощением власти монарха является его дворец. В 1499–1508 годах Алевиз Фрязин (Миланец) построил в Кремле для государя каменные палаты. Василий въехал в них 7 мая 1508 года. Фасад дворца выходил на Соборную площадь Кремля, со стороны Благовещенского собора. Здесь стояли две палаты — Большая (современная Грановитая) и Средняя (между Большой и Благовещенским собором, с 1517 года — Средняя Золотая). Перед Средней палатой находилось Красное крыльцо (Верхние, или Передние переходы), игравшее роль своеобразной «диспетчерской». С площади на него вели три лестницы, рядом с одной из них были ворота — проезд внутрь собственно дворцового комплекса. Позади Средней палаты возле церкви Спаса на Бору стояла Столовая изба. Через переходы и крыльцо Столовой избы можно было пройти вниз по направлению к Москве-реке к третьей крупной палате — Набережной. По линии вдоль реки внутри кремлевской стены стояли чердаки, или деревянные терема. Внутри этого комплекса, стены которого образованы от Москвы-реки Набережной палатой и теремами, от Соборной площади — Большой и Средней палатой и от Неглинной — кремлевской стеной, располагался Спасский Преображенский собор.
Рядом с ним находились Постельные покои великого князя и княгини, на месте которых в 1635–1636 годах был возведен кремлевский каменный Теремной дворец, сохранившийся до наших дней. В его фундаментах, возможно, сохранились какие-то следы дворца Василия III. При нем каменным, видимо, был подклет дворца, а жилые помещения располагались в деревянных верхних, теремных этажах. Площадка с крыльцом между дворцом и Грановитой палатой в XVII веке называлась Постельным крыльцом. Здесь нередко провозглашались самые свежие государевы решения (чаще всего о кадровых назначениях), зачитываемые с Верха, то есть из комнат государя. По крайней мере, такая практика была в XVII веке, возможно, она восходила к более ранним временам. Здесь же, в подклете под крыльцом, вероятно, располагалась арестантская комната (по крайней мере, она была там в XVII веке, когда ее называли старой жилецкой комнатой и в ней наказывали дворян, уличенных в неправильных местнических спорах). Где-то здесь также находились комнаты, в которых на великокняжеском содержании жили бомжи XVI века — нищие и странники, государевы богомольцы.