В целях повышения авторитета и ответственности командных кадров Указом Президиума Верховного Совета СССР от 7 мая 1940 года устанавливались новые генеральские и адмиральские звания. Их получили 982 генерала и 74 адмирала. Серьезные перемещения были произведены в руководстве РККА. 8 мая 1940 года наркомом обороны назначается Маршал Советского Союза Тимошенко. Ворошилов оставался во главе Комитета Обороны при СНК СССР, но уже почти не вмешивался в практические дела боевой подготовки войск. Новый нарком с большой ответственностью принялся за преобразования в армии. Задача перед ним стояла сложнейшая — устранить недостатки в организации и подготовке войск. По существу, стоял вопрос о непосредственной подготовке к войне, а времени оставалось все меньше и меньше.
Николай Федорович присутствовал на том совещании и в Киев вернулся с большими надеждами и планами. Еще во время совещания много было обдумано и обговорено с Тимошенко, но, как выражался последний, «поднимать округ» пришлось с новым командующим — героем Халхин-Гола Георгием Константиновичем Жуковым. В том беспокойном сороковом году им недолго пришлось поработать вместе, но и за эти дни они сумели не только по достоинству оценить друг друга, но и подружиться. Позже совместная работа в Генштабе, частые встречи на фронтах войны разовьют и усилят взаимную приязнь и дружбу. В общем-то суровый по натуре Жуков через много лет после войны скажет, что не только ценил, уважал, но и любил Ватутина. Николай Федорович же после первых докладов новому командующему сразу почувствовал, что из этого невысокого, плотно сбитого, с волевым лицом генерала скоро вырастет выдающийся военачальник. Когда несколько лет спустя Сталин спросил Ватутина, кого из командующих фронтами он считает настоящим полководцем, он не задумываясь ответил:
— Жукова, товарищ Сталин. Это не только блестящий военный мыслитель, практик, но и огромный природный талант. Такие военачальники рождаются раз в сто лет...
Летом 1940 года генерал-лейтенант Ватутин возглавил Оперативное управление Генерального штаба, а через несколько месяцев стал заместителем начальника Генштаба. Было ли это неожиданностью для Николая Федоровича? Скорее, нет. Он в свое время гораздо сильнее удивился назначению в Киевский округ, а работа в Генштабе привлекала его давно. Будучи в должности начальника штаба дивизии, он получил такую запись в аттестации: «может самостоятельно работать в оперативном отношении». А в 1932 году Высшая аттестационная комиссия при Реввоенсовете СССР прямо записала в протокол: «Считать целесообразным использовать Ватутина Н.Ф. в Генеральном штабе РККА». Помнил о способностях Ватутина начальник Генштаба Шапошников, знал его в деле новый нарком обороны Тимошенко, и появление Ватутина в Генштабе не было такой уж неожиданностью.
В это время Генеральный штаб заканчивал работу над планом по отражению возможной агрессии. Думается, не случайно из Киевского военного округа были отозваны одновременно начальник штаба Ватутин и его заместитель генерал-лейтенант Маландин. Самое деятельное участие в этой работе принимал заместитель начальника оперативного управления генерал-майор Василевский. Однокашники по Академии Генерального штаба встретились вместе, выполняя ответственное задание.
Переезд в Москву для семьи Ватутиных не составил большого труда. Вещей они так и не накопили. Быстро разместившись в служебной квартире, Татьяна Романовна принялась устраивать детей в школу, а Николай Федорович полностью погрузился в служебные дела. В первое время он несколько суток не ночевал дома, да и потом возвращался не раньше полуночи. Работать под руководством самого Шапошникова для Ватутина и его товарищей было не только настоящей генштабовской школой, но и удовольствием. Позже в своих мемуарах Василевский скажет об этом так: «Б.М. Шапошников обладал всеми необходимыми качествами для работы в генеральном штабе: отличным знанием военного дела, большой эрудицией, огромным трудолюбием и высоким чувством ответственности. Опыт крупной оперативно-штабной работы в годы Первой мировой и Гражданской войн, высокое доверие со стороны Центрального Комитета партии и Советского правительства позволили Б.М. Шапошникову превратить Генеральный штаб в подлинный центр руководства военным планированием, боевой и оперативной подготовкой Красной Армии. Его личный пример влиял на подчиненных. Выдержанность, вежливость, скромность, такт в общении с людьми, дисциплинированность и предельная исполнительность — все это воспитывало у лиц, работавших под его началом, чувство собственного достоинства, ответственность и точность, высокую культуру поведения. Подчеркну, что Б.М. Шапошников являлся олицетворением долга. В безупречном, инициативном и своевременном выполнении заданий партии и правительства по укреплению обороноспособности страны он видел свою первейшую обязанность и сам смысл существования Генерального штаба».