Работа над оперативным планом занимала все мысли Ватутина и его товарищей. Главным и наиболее вероятным противником план определял Германию. В союзе с ней могли выступить Италия, Финляндия, Румыния и Венгрия. Военный конфликт на западе считался наиболее вероятным, опасным. В этой связи предусматривалась концентрация основных сил на этом направлении. Не исключалась возможность агрессии Японии на Дальнем Востоке, где также сосредоточивались силы, достаточные для сохранения устойчивого положения. Возможность войны на два фронта тоже не исключалась. Предпочтительным направлением главного удара считалось северо-западное и западное. Поэтому наши главные силы предполагалось развернуть от побережья Балтийского моря до Полесья. На южном направлении развертывались группировки несколько меньшего состава. О сроках начала возможной агрессии не говорилось.
Основные идеи плана принадлежали Шапошникову, но заканчивавшие над ним работу Ватутин, Василевский, Маландин, другие генералы и офицеры внесли много дельных предложений и разработок. Такой план мог быть результатом только коллективного труда.
В августе план был практически готов, но тут последовало неожиданное для всех перемещение Шапошникова с поста начальника Генерального штаба на должность заместителя наркома обороны по строительству оборонительных сооружений и укрепрайонов. Впрочем, особой неожиданности в этом не было. Мало того, частые перемещения руководящего состава армии и флота стали чем-то обычным. Место Шапошникова занял Мерецков. Все эти капризы Сталина не шли на пользу, не позволяли вновь назначенным товарищам вникнуть в суть дела, по-настоящему начать работу, да и не всегда в результате этих перемещений подбирались действительно достойные таких постов люди. Именно тогда выдвинулся на должность командующего войсками Белорусского Особого военного округа генерал-полковник танковых войск Д.Г. Павлов, несколько позже на Киевский округ был назначен генерал-полковник М.П. Кирпонос. Конечно, это были честные, храбрые командиры, но к тому времени уровень их военной подготовки, опыт, масштабы мышления не превышали уровня командира дивизии. Не последнюю роль стали играть такие военачальники, как Г.И. Кулик, Л.З. Мехлис, Е.А. Щаденко, Ф.И. Голиков. Сталин доверял им, надеялся, что они смогут в полной мере заменить репрессированных полководцев, и просчитался. Дорого стоили стране эти так называемые просчеты.
В сентябре 1940 года проект плана отражения агрессии и стратегического развертывания войск Красной Армии докладывался лично Сталину. Присутствовали члены Политбюро ЦК ВКП(б). Представляли план нарком обороны Тимошенко, начальник Генерального штаба Мерецков и его заместитель Ватутин. Жаль, что в этом не участвовал главный создатель плана, Шапошников, но, думается, и его присутствие не смогло бы изменить принятого после доклада решения. Сталин не согласился с определением направления возможного главного удара. По его мнению, агрессор основные усилия сосредоточит на юго-западном направлении, чтобы в первую очередь захватить крупные промышленные районы, богатые сырьевые и сельскохозяйственные регионы. В соответствии с этим Генштабу было предложено внести изменения в проект плана.
Николай Федорович впервые близко видел и слышал Сталина. В душе Ватутин был не согласен с его предложением, но возразить не решился. Так же безропотно приняли предложение вождя и Тимошенко с Мерецковым. Вот один из примеров потери самостоятельности под воздействием авторитета «отца народов». Конечно, с позиций сегодняшнего дня это кажется невероятным, но это сейчас все легко и понятно. Вместо осуждения тех людей надо попытаться поставить себя на их место, в те конкретные исторические условия, в ту атмосферу. Тогда любое принципиальное несогласие с той или иной концепцией, точкой зрения могло быть расценено как «непонимание», «противопоставление», «политическая незрелость» со всеми вытекающими последствиями. А у всех еще были свежи в памяти политические процессы, на которых было подсудно все...
Не следует забывать, что в то время все военачальники безгранично верили Сталину, и не просто верили, но искренне любили его, находились под обаянием его личности. Об этом откровенно писали Жуков, Конев, Василевский, Мерецков. И Ватутин не был исключением.