Семенов утверждал также, что его группа действовала в Москве если не по поручению всего ЦК партии правых эсеров, то хотя бы с ведома его членов, Гоца и Донского. А затем якобы Гоц с Донским отказались признать причастность партии к акции на заводе Михельсона, объявив Семенову партийный выговор за излишнюю инициативу, а попавшую в руки ЧК Каплан постановили считать непричастным к партии частным лицом. Хотя, как показывал Семенов, член партийного ЦК Анастасия Биценко вместе с ним и Коноплевой приезжала в тот день к заводу Михельсона, и у ворот завода они устроили сходку всей боевой группы, разогревая друг друга речами о предстоящем им великом деле. После чего Биценко забрала у Каплан предназначенную изначально для покушения бомбу, которую решили не использовать из опасения больших жертв случайных людей в заводском дворе, и покинула место покушения, дав приказ группе Семенова действовать. Все это выглядит очень правдоподобно, если учесть, что глава Московского отделения партии эсеров и опытная террористка Биценко организовала не одну подобную акцию, что из ее рук и Блюмкин получал бомбу, идя убивать посла Мирбаха. Но эти показания оказались очень удобными для ЧК тогда, да и позднее, когда бывшая эсерка Биценко после второго ее ареста по этому делу расстреляна в 1937 году вместе с Семеновым и Коноплевой.
А вот дальше спор между лидерами большевистского правительства и ведшими следствие руководителями ЧК и быстрый расстрел Каплан до выяснения всех обстоятельств покушения говорят в пользу того, что ни в каком детальном расследовании дела власть не была заинтересована. А получила из личности Каплан улики против эсеров и торопилась объявить назревший с ее точки зрения «красный террор». Советская спецслужба в лице всероссийской ЧК здесь еще выступала в нехарактерной для нее затем роли жесткого поборника законной процедуры, требуя отложить казнь и продолжать расследование. Слишком много в ее руководстве поначалу было искренних фанатиков революции, верящих еще в своеобразную, но все же этику своего дела, в ущерб «политической целесообразности», о которой им твердили в те дни Свердлов с Троцким. Дзержинский с Петерсом в чистом виде олицетворяли тогда именно класс этих революционных романтиков.
Именно об этой первой касте чекистов английский автор книги «Большой террор» Роберт Конквест справедливо заметил, что они действительно были похожи на российских Робеспьеров, что это «люди, у которых при всей их беспощадности можно найти некоторые своеобразные черты извращенного благородства». Многие искренние противники советской власти, ужасавшиеся «красному террору» первых чекистов, возмущались и обрушивались на Конквеста с критикой за такую характеристику. Но он попал практически в точку, уловив этот парадокс, к тому же словосочетание «извращенное благородство» вряд ли можно отнести к комплиментам в адрес дзержинскому племени, как и сравнение с такой небесспорной исторической фигурой, как якобинский вожак Максимилиан Робеспьер.
Когда руководивший в те дни всей властью в Кремле при раненом Ленине Свердлов уже 31 августа после первого же допроса Каплан потребовал у Петерса завершать расследование, чтобы дать официальное заявление ВЦИК о том, что стреляли правые эсеры из партии Чернова (повод для «красного террора»), Яков Петерс категорически воспротивился. Судя по дневниковым записям самого Петерса, дошедшим до историков после их изъятия при аресте в 1938 году, зампред ВЧК дал второму после Ленина человеку в Советской стране настоящий революционный отлуп с точки зрения законности: «Никаких ее связей с партией пока не выявлено, что она правая эсерка – говорит пока лишь она сама. А таких дилетантов, как мы, самих надо сажать!» Если верить запискам Петерса, опубликованным позднее в «Известиях», Свердлов на это раздраженно отвечал: «Ну так посадите самих себя, а эту даму выпустите!» – и поначалу уехал с Лубянки ни с чем. У себя в кремлевском кабинете в присутствии подчиненных из ВЦИК Свердлов в сердцах прошелся по ВЧК и лично по Петерсу, обвиняя их в чистоплюйстве и дилетантстве. К неудовольствию сторонников версии о провокации самой ЧК в истории с покушением на Ленина, похоже, что именно руководство ЧК собиралось продолжать детальное расследование и даже поначалу могло оспаривать мнение первых лиц советской власти. Петерс ждал возвращения из Петрограда своего начальника и кумира Дзержинского, уверенный, что будет поддержан Железным Феликсом в своей позиции не допускать преждевременной расправы с Каплан.
При этом никаким гуманизмом действия Петерса в те дни не пахли, он лишь требовал соблюдения советской же законности и детального расследования, а оппонентам постоянно заявлял, что лично-то он Каплан ненавидит и что сам готов ее расстрелять. Вряд ли тут уместно говорить о какой-то попытке Петерса помочь Каплан как старой революционерке-каторжанке, как считают некоторые историки, или уж тем более – из личной симпатии к ней как к женщине, как полагают самые романтичные из них. Петерс таким мотивам явно был чужд.
1 сентября 1918 года, отказываясь форсировать следствие, уже приехавшему на Лубянку члену большевистского ЦК Луначарскому Петерс повторил: «Пока никакой связи Каплан с правыми эсерами, кроме ее дружбы со Спиридоновой на акатуйской каторге при царе». Луначарский даже упрекнул чекиста-законника: «Вам, может быть, жаль ее?», а Петерс в ответ сразу завелся от такого упрека в мягкотелости: «Да мне она омерзительна, шла убивать Ленина, а в голове у нее мыло». Вырванную из контекста их разговора эту фразу можно понять как то, что Каплан пошла стрелять в вождя, не домыв как следует голову, что так оскорбило заместителя главы ВЧК. На самом же деле взрыв эмоций Петерса, ударившего при этом картинно кулаком в стол, вызвало совсем другое мыло: в промежутках между рассказами о деле 30 августа Каплан изливала ему свою душу, в том числе и важными для нее воспоминаниями о бесценном куске мыла, которое ей в тяжелый день дала соратница по каторге эсерка Спиридонова, чтобы она смогла помыться перед встречей с любимым террористом из рядов анархистов Виктором Гарским. По мнению Якова Петерса, переплетение великого злодейства в виде выстрелов в Ленина с мелодраматичными рассказами о каком-то куске мыла из далекого прошлого было оскорбительным для ЧК, хотя для самой партии эсеров такой тип мышления с переплетением террора с романтикой любви очень характерен. А затем Петерс так же упрямо повторял: «Мы ее расколем, не таких раскалывали! Но пока никаких улик против эсеров. Не забудьте, у нее за плечами одиннадцать лет каторги, а это огромный опыт!»
Идеализировать Петерса не стоит даже после этой истории, именно этот яростный «законник» в деле Каплан уже несколько месяцев спустя выступит на коллегии ВЧК со страшной инициативой брать в заложники членов семей офицеров-военспецов в Красной армии, расстреливая их в случае перехода самих военспецов к белым. И он же внесет в ЧК жуткое предложение «брать по телефону»: будучи направлен в 1919 году для зачистки Петрограда при наступлении на город белой армии Юденича, Петерс по-простому предложил арестовать всех находившихся в телефонной книге горожан, поскольку телефон тогда мог быть только у обеспеченных и не последних при царском режиме лиц. А в 1921 году Петерс был направлен Дзержинским руководить от ВЧК подавлением мужицкого восстания Антонова на Тамбовщине, и там он не протестовал против бойни войсками Тухачевского восставших крестьян с помощью химического оружия, а своим чекистам дал команду расстреливать всех захваченных в бою антоновцев мужского пола и старше восемнадцати лет. В том же году при занятии Красной армией Грузии Петерс и там будет возглавлять специальную комиссию ВЧК, вместе с назначенным начальником Тифлисской ЧК Панкратовым возглавляя массовые расстрелы, когда трупы горами валялись на Соборной площади Тифлиса (в 1938 году Панкратова и Петерса расстреляют за «троцкизм»). И везде в годы Гражданской войны проявлявший такое благородство по отношению к Каплан чекист Петерс выглядит уже почти маньяком и садистом. Он на коллегии ВЧК почти маниакально твердит: «За каждое посягательство на власть нужно отвечать так, что прежний «красный террор» перед этим побелеет». Понемногу такие заклинания даже в ВЧК Петерсу создадут славу левого экстремиста, что позднее приведет к потере поста первого заместителя при Дзержинском, а позднее и к выводу за рамки госбезопасности вообще. По свидетельствам очевидцев, во время расстрелов на Дону за стрелявшим лично в обреченных Петерсом бегал его восьмилетний сын и просил: «Папа, дай я стрельну». Знай об этом Конквест, он мог бы поменять свое мнение о личности зампреда ВЧК Петерса. Но против быстрого расстрела Каплан он действительно протестовал яростно и вполне искренне, видимо действительно тянул время и ждал приезда Дзержинского.