Теперь пути назад нет, и с этого момента «карающий меч революции» в лице комиссии Дзержинского рубит направо и налево по любым небольшевистским организациям. Ушедшие в подполье остатки организованных анархистов, объединившиеся в группу «Анархисты подполья» и совершившие ряд терактов против большевистской власти (включая знаменитый взрыв Московского горкома РКП(б) в Леонтьевском переулке), в 1919 году громятся уже с такой же революционной ненавистью, как ранее монархисты, «временные» или откровенные белогвардейцы. Поначалу в ВЧК предположили, что теракт в Леонтьевском переулке против московской верхушки большевиков совершили монархисты из офицеров или правые эсеры. Но через пару недель чекисты арестовали присланную от украинской анархистской группы «Набат» курьером в Москву к местным соратникам анархистку Каплун, после чего и вышли на созданную Ковалевичем и Соколовской группу «Анархисты подполья» с четкой подпольной структурой и ставкой на террор. Засевших в своем штабе лидеров анархии (сейчас в этом старинном здании находится театр Ленком) чекисты выбивают в ходе настоящей войсковой операции с задействованием красных войск. После штурма явки «Анархистов подполья» в подмосковном поселке Красково тех из них, кого не убили при штурме, расстреливают в ЧК после допросов. Сам руководитель «Анархистов подполья» Ковалевич убит в ходе этой операции ЧК в Красково, его заместитель Глазгон на этой же даче взорвал себя зарядом динамита, не желая сдаваться живым. Сам исполнитель этого теракта анархист Петр Соболев, метнувший бомбу через окно в Московский горком РКП(б), выслежен на улице и убит в перестрелке, успев ранить чекиста из группы захвата. Его напарник по теракту в Леонтьевском переулке Федор Николаев (Федька Боевик), из примкнувших к «Анархистам подполья» правых эсеров, взят живым и позднее расстрелян.
Поскольку в 1918 году ЧК еще не могла наброситься совсем без повода на самых верных совсем недавно союзников по революции – анархистов и эсеров, в ход были пущены и провокационные методы. Разгром анархистов весной 1918 года, в Москве вылившийся в кровавую бойню, затем советская власть долго выдавала за подавленное анархистское восстание в столице. Умалчивая, что на вооруженное сопротивление чекистам и красногвардейцам анархистов, как чуть позже и левых эсеров, умело подтолкнули. Версия о том, что анархистские отряды всерьез пытались захватить власть в России в 1918 году, но ЧК пресекла их коварные планы, продержится все десятилетия существования советской трактовки нашей истории.
Для дискредитации разномастного анархистского движения, а никакой единой, мощной партии анархисты и после октября 1917 года в силу особенностей своего учения не создали, использовали даже знаменитое дело об ограблении Патриаршей ризницы в Кремле в январе 1918 года. Тогда налетчики под носом у большевистской охраны утащили из церковных помещений в Кремле множество православных ценностей и украшений. Советская власть с самого начала расследования этого налета совместными усилиями ЧК и милицейского угрозыска начала громогласно утверждать, что за ограблением стоят белогвардейцы-монархисты. Через пару месяцев выяснилось, что налет на ризницу совершила чисто уголовная банда налетчиков братьев Полежаевых. Причем главную роль в раскрытии этого преступления и аресте бандитов Полежаевых сыграли не чекисты, а привлеченный к поискам как своеобразный военспец от сыска сотрудник царской сыскной полиции Свитков, затем работавший в советском угрозыске знаменитого МУРа. Братьев с их подельниками арестовали, часть ценностей из Патриаршей ризницы изъяли в их тайнике под Саратовом, остальное затем находили по частям по российским провинциям, многое же совсем пропало. При этом один из братьев подозрительно быстро повесился в своей камере, а второй почему-то на суде за такое «ограбление века» отделался всего-то двумя годами тюрьмы, которые уже отбыл в предварительном заключении, так что фактически был помилован советским судом. Именно он дал показания, что ограбление уголовникам заказывали российские анархисты, собиравшиеся употребить ценности ненавидимой ими православной церкви для вооружения своей «Черной гвардии» и свержения власти Ленина. Показаний обычных безыдейных уркаганов было достаточно для дальнейших обвинений анархистов и оправдания расправы ЧК с ними весной 1918 года, про версию о белых монархистах быстро забыли.
ЧК тогда умышленно смешивала анархистов с обычными уголовными бандами, чтобы сразу оправдать свои жесткие действия против бывших союзников ленинской партии в борьбе с царизмом. Уже в мае 1918 года в газетах опубликован декрет ВЧК «О борьбе с бандитизмом», где операции по разгрому анархистов перемешаны с отчетами о ликвидации настоящих банд. Этим декрет оправдывал первые массовые облавы ВЧК в целых районах Москвы, которые оцепляли даже с применением броневиков и при поддержке частей красных войск, как это происходило в большой облаве в мае 1918 года на Масловке. Тогда же демонстративно печатают первые сообщения о расстрелах по постановлениям ВЧК, так называемых «административных расстрелах» без судебного приговора, пока еще в индивидуальном порядке – до объявления с сентября 1918 года массового «красного террора». Так в июне 1918 года советские газеты публикуют сообщение коллегии ВЧК о расстреле за заговорщицкую деятельность бывших гвардейских офицеров – двух братьев Спиридович.
Расправа в июле 1918 года с партией левых эсеров была особенно циничной. И потому, что под «карающий меч революции» попали самые искренние и одержимые в прошлом союзники в борьбе с царским режимом, до последнего поддерживавшие большевиков и после октября 1917 года в противостоянии с корниловцами, красновцами и сторонниками «временных», в том числе и с собратьями по бывшей ПСР из фракции правых эсеров. И потому, что чекисты Дзержинского расправились с чекистами эсеровской принадлежности, еще вчера бывшими их коллегами по «чрезвычайке».
Сама история с левоэсеровским мятежом достаточно драматична и запутанна. Мятеж начался типичным эсеровским террористическим актом; желая сорвать хрупкий Брестский мир ленинской России с Германией, эсеры убили германского посла Вильгельма Мирбаха. Служивший в отделе ВЧК по борьбе с контрреволюцией эсер Яков Блюмкин и штатный фотограф ЧК Николай Андреев 6 июля 1918 года вошли в здание германского посольства именно в качестве чекистов, исполнявших свой долг. Они предъявили графу Мирбаху постановление ВЧК, на котором была подделана подпись Дзержинского, зато подлинную печать комиссии на эту бумагу по партийному заданию им поставил зампред ВЧК левый эсер Александрович. Явление сотрудников советской спецслужбы в посольство иностранного государства, сегодня воспринимаемое в мире в качестве экстремальной акции с точки зрения международного права, тогда так шокирующе не выглядело. В 1918 году чекисты уже не раз посещали с такими визитами и даже с обысками посольства иностранных держав в России в поисках укрывавшихся там якобы видных контрреволюционеров или спрятанных там российским дворянством и буржуазией ценностей. Чекисты во главе с приближенным к Дзержинскому Артузовым уже осуществили такие набеги на швейцарскую и норвежскую дипломатические миссии. Поэтому приход Блюмкина с Андреевым с официальной санкцией ВЧК не удивил, их впустили в приемную и начали беседу, в ходе которой чекисты-террористы метнули бомбу и расстреляли посла Мирбаха из револьвера, убив его на месте. После ответной стрельбы германского охранника Мюллера чекисты-террористы Блюмкин с Андреевым бежали через забор и скрылись. С этой акции и стартовал мятеж левых эсеров, отрезавших себе путь к отступлению.
Дзержинский вскоре прибыл в посольство, где остывал труп Мирбаха, увидел свою подделанную подпись на оставленном убийцами мандате и объявил об измене в собственном ведомстве. Узнав, что Блюмкин с Андреевым укрылись в расположении особого вооруженного отряда ЧК, Феликс Эдмундович отправился туда для их ареста. Но этот отряд, первая и во многом экспериментальная войсковая часть при ЧК с пулеметами и бронетранспортерами, в большинстве своем состоявший из сторонников эсеров и возглавляемый также левым эсером Поповым, уже взбунтовался против большевиков и стал главной ударной силой эсеровского восстания в Москве. Явившийся туда с небольшой свитой Дзержинский был сам арестован и разоружен вчерашними подчиненными ему в ЧК левыми эсерами. С ним в заложниках у восставших оказались сопровождавшие его помощник Хрусталев и первый начальник личной охраны Ленина в ЧК Беленький. Одновременно часть левых эсеров ворвалась в штаб ВЧК на Лубянке и на время захватила здание, и здесь взяв в заложники несколько чекистов-большевиков, включая одного из заместителей Дзержинского – Лациса.