«Первый геолог» Западной Европы Эдуард Зюсс еще в 1881 году узнал об открытиях русского ученого. Через четыре года в начальном томе своей книги «Лик Земли» он напечатал целиком письмо Мушкетова о строении Тянь-Шаня.
Мушкетов, желая сопоставить Тянь-Шань с Кавказом, в 1881 году поднялся на ледники Казбека и Эльбруса. Он исследовал минеральные источники Пятигорска, тквибульский каменный уголь и столь знаменитый впоследствии чиатурский марганец. На съезде археологов в Тифлисе ученый выступил с докладом о нефрите. Несколько лет спустя он снова вернулся к истории происхождения зеленой плиты на гробнице Тамерлана и доказал, что тот нефрит был привезен с Памира, а не из Кашгара, как думал ранее сам великий знаток горных пород.
В том же году на берегах Волхова он встретился с молодым Обручевым, которому впоследствии было суждено стать одним из знаменитейших ученых-путешественников. Под влиянием героя Тянь-Шаня и Памира слагалась вся деятельность Обручева, Богдановича и других учеников и последователей Мушкетова. Не кто иной, как он, напутствовал их перед первыми походами в горы и пустыни Центральной Азии.
Важным в жизни Мушкетова был 1882 год, когда его избрали старшим геологом первого в России правительственного Геологического комитета.
В 1884 году вышла из печати знаменитая геологическая карта Туркестана, составленная Мушкетовым вместе с Геннадием Романовским, товарищем по первым скитаниям на Тянь-Шане.
Вскоре русские читатели получили книгу Мушкетова — первый том обширного сочинения «Туркестан. Геологическое и орографическое описание». Большое место в книге занимала история исследования стран Средней Азии, доведенная до 1884 года. В ней можно было найти богатые сведения о Самарканде, Фергане, Аму-дарье, Арале, Кызылкуме. Такая книга была нужна не только геологу, но и историку, географу, археологу. На нее до сих пор ссылаются ученые самых различных специальностей. В книге были подробно указаны печатные источники о Средней Азии.
Астраханские степи, Липецк, Крым с его целебными грязями, источники Ессентуков, Главный хребет Кавказа, устье Волги, северо-западное побережье Каспия, Семиречье, Забайкалье — во всех этих краях побывал знаменитый геолог в 1882–1901 годах. Свои открытия он подчинял нуждам времени. Так, например, он обратил внимание на необходимость изучения вечной мерзлоты, что имело огромное значение в годы постройки железной дороги в Сибири.
Мушкетов обменивался опытом и делился своими знаниями со скромными тружениками, исследователями родного края. В частности, он следил за деятельностью чиновника министерства земледелия Константина Россикова, изучавшего природу Кавказа, и советовался с ним как большим знатоком ледников, составляя программы наблюдений за горными льдами.
Творческие интересы связали Мушкетова и со скромным казанским преподавателем реального училища Александром Орловым. Орлов был замечательным историком землетрясений в России и двадцать лет трудился над собиранием сведений о них. Мушкетов посоветовал ему составить летописный свод известий о землетрясениях. Так был создан «Каталог землетрясений» Мушкетова и Орлова, изданный после смерти казанского учителя.
Весною 1887 года в Верном (Алма-Ата) раздались удары подземного грома. Мушкетов поспешил в город, который он знал еще в 1875 году. Бродя среди развалин, осматривая берега Большой Алматинки, посетив долину Ак-Джар, геолог, столь хорошо знавший недра Тянь-Шаня, проследил направление сейсмической волны и определил эпицентр землетрясения в горах Заилийского Алатау и к югу от Верного. Мушкетов подробно описал грозные дни 1887 года, наметил границы области распространения катастрофы от Аягуза до Кашгара и от Ташкента до Урумчи. Он также установил причины, вызвавшие верненское землетрясение. Печатная работа об исследованиях в Верном сопровождалась картами и рисунками. Все это давало полное представление о том, что происходило в Тянь-Шане весной 1887 года.
Труды Мушкетова о сейсмических явлениях в Тянь-Шане произвели переворот в отечественной науке. По его настоянию в России была создана служба постоянных сейсмических наблюдений, и он сделался ее руководителем. Он создал богатую русскую литературу о землетрясениях. Великий ученый сделал свое имя бессмертным, написав огромный труд «Физическая геология», равного которому в то время не было в геологической литературе мира (эта оценка принадлежит Д. Анучину, автору краткого жизнеописания И. В. Мушкетова).