Смерть королевы никого не оставила равнодушным. Народ, как всегда предпочитающий черпать вдохновение в самых непристойных сюжетах, сочинил стишки скандального содержания, затрагивавшие за живое герцога де Лерма и его секретаря Родриго Кальдерона. По-прежнему ходили слухи о том, что эти двое составили заговор с целью убить Маргариту Австрийскую, потому что она-де начала вмешиваться в их политические комбинации. Алькальд Грегорио Лопес Мадера продолжил расследование, порученное ему королевой еще при жизни, в отношении закулисных махинаций Кальдерона. Тот, удивленный таким интересом к его личности, решил уладить дело с помощью тактики, которая до сих пор действовала безотказно.
Он назначил Грегорио Лопесу Мадере встречу в укромном месте и предложил ему целый ряд доходных мест, по роду его занятий, а также кое-какие выгоды экономического и личного характера для его семьи. Однако алькальд оказался неподкупен. Тогда Родриго Кальдерон сделать ход конем, обвинив алькальда в клевете, однако к тому времени репутация Кальдерона была настолько подмочена, что ему не удалось посеять в обществе ни грана сомнения. Королева уже превратилась в мученицу и символ справедливости, и ее палач должен был понести наказание.
В феврале тысяча шестьсот девятнадцатого года Родриго Кальдерон был арестован. Король не мог игнорировать слухи, ходившие вокруг этого дела, и решил сам разобраться в этом вопросе. Ему захотелось узнать, соответствует ли действительности уже выплеснувшаяся за пределы его королевства молва о том, что секретарь фаворита виноват в смерти его любимой супруги. На суде дону Родриго были предъявлены обвинения в присвоении должностей, титулов, денежных средств и собственности. В том, что он участвовал в управлении государством, не имея надлежащей подготовки, нарушал законность, торговал должностями, получал взятки от иностранцев, искавших выгоду для своих наций. В том, что он опоил Луиса де Алиагу, герцога де Ульседа и принца Филиппа, приказал казнить по крайней мере пять человек, отважившихся выступить с протестами в его адрес или в адрес его хозяина, герцога де Лерма. В общей сложности ему было предъявлено двести сорок четыре обвинения.
Именно этим преступлениям Кальдерон и был напрямую обязан своим состоянием в два миллиона дукатов, которые попытался припрятать перед арестом. Однако самым серьезным было обвинение в убийстве королевы. В конечном счете это было единственное дело, которое по-настоящему интересовало короля. Кто-то незаметно подбросил в кабинет прокурора письмо, подписанное покойной королевой, однако в нем отсутствовала та часть, где было указано имя адресата. В письме Маргарита Австрийская объявляла о своих подозрениях: она считала, что Кальдерон использует черную магию с целью ей навредить.
Тем не менее судьи решили не принимать во внимание многие из обвинений, выдвинутых против дона Родриго, хотя признали его виновным в коррупции и в убийстве Франсиско де Хаура, человека, с которым королева свела знакомство незадолго до своей смерти и который собирался разоблачить Кальдерона перед лицом монарха.
Прокурор начал свою речь с того, что ни для кого не являлось секретом: герцог де Лерма и его сторонники подвергали народ притеснениям, и фаворит вступил в конфронтацию с королевой.
— Их разногласия зашли так далеко, что герцог начал искать способ избавиться от становившейся все более враждебной к нему королевы; он воспользовался тем, что она пребывала в тягости, готовясь разродиться последним сыном, чтобы вывести ее из игры. И я приведу доказательства, которые подтверждают мои слова, — заявил он во вступительной речи.
Прокурор вызвал ряд свидетелей, которые подтвердили, что именно дон Родриго нашел врача, который принял роды королевы, знаменитого доктора Меркадо, прибывшего специально для этого из Вальядолида. Присутствовавшие на суде придворные слуги подтвердили, что врач поменял ей лекарство и отказался пустить кровь, как советовали остальные придворные врачи.