Война во Вьетнаме стала следующим серьезным испытанием для аппарата национальной безопасности и имела долгосрочные последствия. Хотя ставки для Америки никогда не были так высоки, как во время Кубинского ракетного кризиса, человеческие жертвы во Вьетнаме были намного, намного больше. Во Вьетнаме погибло более пятидесяти восьми тысяч американцев, а также около двух миллионов северовьетнамцев и южновьетнамцев. Вьетнам стал первой войной США, которая ежедневно транслировалась в американские гостиные. Это также была первая война США, в которой ключевые решения о повседневном ведении войны исходили непосредственно из Белого дома. Президент Линдон Джонсон, окруженный советниками, изучавший карты передвижения войск и потенциальные цели бомбардировок, стал легендарным. Будучи подполковником армии, Г. Р. Макмастер, который впоследствии станет советником Дональда Трампа по национальной безопасности, написал докторскую диссертацию о том, что он назвал "неисполнением долга" - широкое обвинение в нежелании военного руководства США противостоять Джонсону и его советникам в вопросах ведения войны. Книга "Неисполнение долга" стала обязательным чтением в военных колледжах, и это верно по сей день.
Именно в эпоху Вьетнама министр обороны Роберт Макнамара привнес в Пентагон инструменты промышленности. Он внедрил более структурированные процессы планирования и бюджетирования, более деловой подход к управлению крупнейшей в мире бюрократией. Это, в свою очередь, привело к созданию современной системы планирования, программирования и бюджетирования, которая и по сей день отнимает бесконечное количество времени у сотрудников Пентагона. Макнамара также настаивал на метриках для измерения прогресса в военной подготовке и реальном ведении боевых действий. Он нанял команду системных аналитиков для внедрения новейших инструментов управления. Современные подходы к анализу затрат и выгод были введены в эпоху Макнамары и продолжают использоваться сегодня. Они являются преимуществом его подхода. Также было введено использование количества трупов в качестве меры эффективности боевых действий. Это был явный и сильно вводящий в заблуждение минус.
Вооруженные силы США пришлось перестраивать для ведения боевых действий во Вьетнаме. Силы, необходимые для остановки армии вторжения или вытеснения армии с оспариваемой территории, сильно отличаются от сил, необходимых для помощи партнеру, в данном случае особенно слабому партнеру, в борьбе с повстанческими силами, которые поддерживаются большой постоянной армией - Вьетконгом и армией Северного Вьетнама. Армия и морская пехота США, в частности, создали новую доктрину борьбы с повстанцами, чтобы направлять свои усилия, в значительной степени опираясь на уроки британцев и французов, когда они пытались удержать свои бывшие колониальные территории. Были опробованы новые подходы к ведению боевых действий; были разработаны новые виды техники, которые предполагали, что американские вооруженные силы будут действовать внутри гражданского населения Южного Вьетнама и жить рядом с ним. Война представляла собой смесь как умиротворения территорий, так и крупных, напряженных сражений в таких известных ныне районах, как Кхе Сань, Иа Дранг и Хюэ.
Мучительный опыт Вьетнама породил совершенно новую литературу, как художественную, так и нехудожественную. В увлекательном анализе, малоизвестном за пределами академических кругов, Лесли Гелб и Ричард Беттс написали книгу под названием "Ирония Вьетнама: Система сработала", свое собственное вскрытие машин предупреждения и действий. Гелб и Беттс утверждают, что механизм работал так, как было задумано; что консенсус, который лег в основу внешней политики после Второй мировой войны - сдерживание коммунизма - был достигнут; что различия во мнениях, как среди элиты, так и среди общественности, были урегулированы путем компромисса, что позволило исключить варианты резкой военной эскалации или разъединения; и, что очень важно, решения принимались без иллюзий относительно реальных шансов на успех. Они делают вывод, что президенты Кеннеди и Джонсон знали, что Соединенные Штаты не в состоянии выиграть войну во Вьетнаме. Каждый главнокомандующий сосредоточил свое внимание на том, чтобы не проиграть. Авторы цитируют советника Кеннеди Теодора Соренсена, который вспоминал, что в 1963 году Кеннеди "собирался просто переждать эту неприятную, неопрятную неразбериху, для которой не было другого приемлемого решения". Интересно, что Гелб и Беттс начинают свой анализ с извинений: "Название этой книги должно показаться любому разумному читателю на первый взгляд нелепым".