Рамсфелд провел большую часть своего первого года, расстроенный тем, что не может навязать свою волю огромной машине под названием Пентагон и его многочисленным придаткам. Это был уже не тот департамент, который, как он помнил, он возглавлял двадцать пять лет назад. Каждый слой управления имел под собой дополнительные слои. Поначалу он чувствовал себя одиноким, пытаясь руководить крупнейшей в мире бюрократией с небольшим количеством непосредственных подчиненных - многочисленных заместителей, помощников и заместителей секретаря, которые помогают министру обороны управлять огромным бюрократическим аппаратом. Это относится и к военным ведомствам. Ему пришлось ждать более четырех месяцев, пока секретари армии, ВВС и ВМС будут утверждены на свои должности. Сейчас аппарат был намного больше, чем когда он покинул свой пост двадцать пять лет назад. Пентагон, который когда-то был заполнен телефонистками, машинистками и клерками, теперь был заполнен штабными офицерами, работающими на министра обороны, председателя Объединенного комитета начальников штабов и все военные службы.
В меньшей степени это относилось к разведывательному сообществу. Джордж Тенет был назначен директором центральной разведки в 1997 году президентом Биллом Клинтоном, и Джордж Буш-младший сохранил за ним эту должность. В разведывательном сообществе было гораздо меньше президентских назначенцев, чем в Министерстве обороны или любом другом министерстве, если уж на то пошло. Усама бен Ладен и "Аль-Каида" оказались в поле зрения Тенета после неудачного теракта во Всемирном торговом центре в 1993 году, различных нападений на американских военнослужащих в Саудовской Аравии и, когда Тенет был директором ЦРУ, нападений на посольства США в Кении и Танзании в 1998 году. Вскоре после нападений на посольства Клинтон направил крылатые ракеты против объектов Аль-Каиды в Судане.
Тенет не знал, что до 11 сентября ячейки Аль-Каиды действовали на территории Соединенных Штатов. Хотя машина предупреждения была создана и со временем настроена для поиска угроз за рубежом, у нее не было аналога для мониторинга угроз внутри Соединенных Штатов. ФБР служит в качестве федерального правоохранительного органа, но ФБР не было организовано для сбора и предоставления разведывательной информации внутри США. И если бы ФБР выявило потенциальные угрозы на территории США, оно не имело бы ни полномочий, ни обязательств делиться этой информацией с огромным аппаратом, отвечающим за внешнюю разведку, который находился под руководством Тенета. Даже если бы террористические ячейки были обнаружены, правоохранительным органам потребовались бы доказательства планов Аль-Каиды, прежде чем они смогли бы действовать. К ФБР предъявлялись иные требования, чем к ЦРУ.
Это была та огромная дыра в механизмах предупреждения и действий, которой воспользовалась Аль-Каида во время терактов 11 сентября.
После событий 11 сентября все внимание было сосредоточено на том, чтобы залатать дыры в механизмах предупреждения и принятия мер. Через несколько дней после теракта президент Буш назначил бывшего губернатора Пенсильвании Тома Риджа на новую должность в Белом доме - директора Управления национальной безопасности. В июне 2002 года Буш предложил создать новое ведомство - Министерство внутренней безопасности, а в ноябре 2002 года предложение Буша было принято в качестве закона. Новое ведомство объединило двадцать два федеральных департамента и агентства. Том Ридж стал первым секретарем нового департамента.
С самого начала новое Министерство внутренней безопасности, или МНБ, пыталось объединить множество разрозненных функций, которые были переданы под единое управление. Имея широкий круг обязанностей - от таможенного и пограничного контроля до кибербезопасности и помощи при стихийных бедствиях внутри страны, новое министерство пыталось найти свою идентичность и культуру в рамках всего министерства . Это продолжается и по сей день. В то время не все были согласны с рекомендацией объединить разрозненные функции, хотя многие наблюдатели отмечали, что ведомства, собранные в новом департаменте, были сиротами в своих прежних домах. Ричард Кларк, давний инсайдер и координатор по борьбе с терроризмом при Клинтоне и Буше, в критике, написанной много лет спустя, утверждал, что МНБ следует разделить на две организации, одна из которых будет заниматься безопасностью и защитой, а другая - таможней, иммиграцией и границами. Даже двадцать лет спустя, роли департамента все еще находятся в процессе разделения. МНБ еще предстоит пройти через реорганизацию, через которую прошло Министерство обороны в своей более ранней истории.