Возникновение легенды было связано с несторианским христианством и правителем центральноазиатского народа кереитов Ван-ханом.
Отколовшееся от восточнохристианской (византийской) церкви еще в V в. н. э. несторианское вероучение, выступавшее за демократизацию православия и изменение его догматических установок, распространилось далеко на восток, достигнув берегов Хуанхэ и центральноазиатских степей. В первой половине XI в. несторианство распространилось среди ряда монгольских племен, в том числе среди кереитов, создавших в XII в. довольно мощное военно-политическое объединение. Во второй половине XII в. во главе кереитов стоял Ван-хан. Этому историческому лицу «выпала честь» быть легендарным «царем Иоанном», которому приписали все события, свершившиеся в степях Средней и Центральной Азии в самое разное время.
Ортодоксальная церковь осудила отделившиеся от нее секты, в том числе и несторианство, как еретические, но предписывала поддерживать отношения с ними на Ближнем Востоке, где они оказывались союзниками крестоносцев против мусульман. Такая двойственная линия объяснялась исключительно политическими мотивами.
Как выяснено историками, возникновение этой легенды предопределилось двумя обстоятельствами — фактом проникновения несторианского христианства в среду центральноазиатских племен и народов и разгромом монголоязычными киданями в 1141 г. в районе севернее современного Самарканда многотысячного войска последнего правителя сельджукской мусульманской империи Санджара. Кидани, самоназвание которых было «каракитаи», на Западе отождествлялись с кереитами, и их военная победа была приписана также кереитам. 1145 г. датируется первая известная запись легенды «о царе Иоанне», принадлежащая баварскому епископу.
Легенда обрастала фантастическими подробностями и приобрела в конце концов такой сюжет, который должен был заставить западнохристианскую церковь предпринять какие-либо политические шаги. Так, в легенде говорилось, что после разгрома мусульман в Средней Азии царь — священник Иоанн двинул войска на запад на помощь ближневосточным христианам. Войска царя Иоанна дошли до реки Тигр, но, не имея судов, не смогли переправиться через нее. Требуется еще одно, но уже совместное усилие христиан Запада и Востока, и мусульмане будут уничтожены.
Возможно, что и папский и французский дворы относились к легенде с недоверием, однако успешные завоевательные походы явных немусульман — монголов, объединенных Чингисханом в 1194 г., вынудили их отправить посольства в монгольскую столицу. Доминиканским и францисканским монахам, отправлявшимся в дальние восточные земли — в степи Центральной Азии и главную ставку великого монгольского хана — Каракорум, предписывалось собрать на тот или иной случай надежные сведения о монголах. Доминиканские монахи, хотя и достигли главной ставки, но не проявили должного уважения к обычаям монголов и не были допущены к великому хану. Напротив, францисканцы показали завидную дипломатическую гибкость, исполнили обряд «очищения огнем» и общались с самим великим ханом и ханами — владетелями областей монгольской державы. История сохранила не только имена этих францисканцев, но и их подробные отчеты об увиденном и услышанном.
В истории накопления этнографических знаний особое место принадлежит Плано Карпини и Гильому Рубруку. Первый был посланцем папы Иннокентия IV, второй — Людовика IX. Папская миссия Карпини покинула Лион в 1245 г., достигла в 1246 г. Каракорума и вернулась в Лион в 1247 г. Посольство Рубрука отплыло в 1252 г, в Константинополь, затем пересекло Черное море и высадилось на Южном берегу Крыма. Рубрук со своими спутниками далее двинулись на восток, они побывали в ставке Батыя на Волге и, получив от него проводников, прибыли через два года в Каракорум. Вернулся Рубрук в свой монастырь в 1256 г. Его отчет внес существенный вклад в подлинные знания об истории и географии народов восточных стран. Воспитанные на церковной схоластике, на самых невероятных представлениях о мире и народах мира, Карпини и Рубрук попытались преодолеть и преодолели многовековое невежество.
Гильом Рубрук писал: «Я осведомлялся о чудовищных людях, о которых рассказывали Исидор и Солин [„энциклопедисты“ раннего средневековья — римлянин Гай Солин (III в. н. э.) и епископ Исидор Севильский (VI–VII вв.)]. Татары говорили мне, что никогда не видели подобного; потому мы сильно недоумеваем, правда ли это».