Чем было вызвано такое примечание к объявлению? Безусловно, желанием оградить простолюдинов, мастеровой люд Петербурга от просвещения. Самодержавные правители России не скупились на либеральные высказывания, особенно в расчете на симпатии прогрессивной Европы, но внутри страны они оставались крепостниками, больше всего боявшимися грамотного мужика как угрозы крепостным порядкам.
Смерть Котельникова в 1797 г., уход княгини Екатерины Романовны Дашковой, высокообразованной и прогрессивной общественной деятельницы тогдашней России, с поста президента-директора Петербургской Академии усугубили трудности, переживаемые Кунсткамерой. Три года она фактически была без надсмотрителя, пока академическому начальству не пришла мысль пригласить на этот пост академика Николая Яковлевича Озерецковского. В трудные годы пришел к руководству Кунсткамерой этот энергичный и талантливый ученый. Во время аудиенции у Александра I по случаю его восшествия на престол Озерецковский вместе с другими академиками подал прошение о насущных нуждах Кунсткамеры. Российские академики надеялись, что их прошение будет принято.
Новый самодержавный правитель, слывший просвещенным монархом, обещал положительно решить просьбы Академии, но шли годы, и все оставалось по-прежнему. И если что менялось, то только благодаря усилиям самого надсмотрителя Кунсткамеры — Озерецковского.
Казалось бы, дела Кунсткамеры заставляли надсмотрителя быть все время в ее стенах, но Николай Яковлевич совершал и ближние и дальние поездки за новыми природными экспонатами. Его хватало на все: и на поездки, и на занятия с любителями науки в Кунсткамере, и на постоянное пополнение ее сокровищ, на привлечение к ее работе новых академиков, на переустройство и перепланировку музейных залов. По настоянию надсмотрителя унтер-библиотекарь Осип Беляев опубликовал в 1800 г. новый, расширенный путеводитель-каталог по Кунсткамере. Единственно, на что не хватило энергии Николая Яковлевича, это отменить распоряжение Академии о запрете посещения музея «ливрейным слугам и черни». Только однажды, 4 июля 1803 г., вопреки прежним уведомлениям Академии Озерецковский сообщил через «Санкт-Петербургские ведомости», что с 4 июля целую неделю Кунсткамеру можно будет посещать «беспрепятственно без билетов».
Много успел сделать за четверть века Озерецковский, так и не дождавшийся монаршего внимания, но получавший постоянную поддержку просвещенной России. Это по его настоянию великие мореплаватели в своих кругосветных странствиях помнили о нуждах академического музея, это по его просьбе дипломатические и торговые миссии приносили дары от других народов и стран. Благодаря его настойчивости Академия издает некоторые свои труды на русском языке, что способствует широкому знакомству русской общественности с делами Академии и ее учреждений.
В те дни, когда нависла угроза вторжения Наполеона в столицу и ценнейшие коллекции Кунсткамеры были подготовлены к эвакуации в Петрозаводск, Озерецковский окончательно понял, что прежняя Кунсткамера как комплексное собрание научных материалов изжила себя. Он полагал, что ее богатства смогут послужить основой для создания музеев по различным отраслям знаний и что в Кунсткамере должны сотрудничать несколько ученых и ее коллекции должны быть распределены между ними сообразно их знаниям и интересам. Эти мысли приходили к нему еще в тот далекий 1804 г., когда ключи от Минералогического кабинета были переданы другу и соратнику, чудесному знатоку камня и минералов академику Севергину. Василий Михайлович Севергин навел такой порядок в кабинете, так умело показывал достоинства его коллекций, как мог делать только ученый, специалист, влюбленный в свое дело.
11 ноября 1818 г. под главенством академика X. Д. Френа выделяется в Кунсткамере собрание восточных медалей, рукописей и книг под названием Восточного кабинета, который сразу же получил второе, ставшее более распространенным наименование — Азиатский музей. В 1824 г. под надзор ботаника К. А. Триниуса передаются из Натуркамеры все ботанические коллекции и книги по ботанике, которые образуют ботанический отдел, 10 ноября 1825 г. учреждается Египетский кабинет, или Египетский музеум, под который специально расписываются египетским орнаментом комнаты в первом этаже восточного крыла Кунсткамеры. Смотрителем Египетского музея стал академик Грефе.