Большинство офицеров и матросов из команды линкора этот взрыв застал спящими. Джо Инстанс, в то время матрос 1-го класса, 22 лет, вспоминал: «Я как раз сменился с вахты, так что мог спокойно поспать и уже лежал в своей подвесной койке, как вдруг последовал чудовищной силы взрыв. Корабль тряхнуло как следует. Я выпрыгнул из койки и побежал на палубу».
После попадания торпеды в носовой части линкора образовалась пробоина. Вахтенные видели, как на бак рухнул столб воды, поднятой взрывом, но ни командир линкора кэптен Бенн, ни адмирал Блэнгроув и мысли не допускали о том, что удар нанесла подлодка; они занялись обсуждением возможности взрыва внутри корабля, а на всякий случай объявили воздушную тревогу. Джо Инстанс вспоминал: «Никому в голову даже не пришло, что это германская субмарина. Откровенно говоря, я, как и другие матросы, посчитал, что это вражеский бомбардировщик сбросил бомбу, разорвавшуюся где-то вблизи носовой части нашего корабля».
А тем временем Прин развернул U-47 и выпустил и «Ройял Оук» торпеду из кормового аппарата. По одним данным, она угодила в линкор, по другим — прошла мимо. В носовом отсеке торпедисты лихорадочно перезаряжали три аппарата (четвертый оказался неисправным). И когда через 24 минуты последовал доклад об их готовности к стрельбе, U-47 снова сблизилась с обнаруженными кораблями. Новый залп Прин произвел с дистанции 12 кабельтовых (около 2200 метров). Командир субмарины считал, что все три торпеды попали в линкор. Другие источники говорят об одной или двух торпедах, угодивших в «Ройял Оук» и одной — в «Пегасус». Прин писал позже: «Стена воды поднимается к небу… Впечатление такое, будто море внезапно поднялось. Один за другим громкие взрывы… соединяются в мощном грохоте, разрывающем уши. Пламя… ударяет в небо. Небо полностью скрыто этим адским фейерверком. Сквозь пламя летят обломки и с шипением и плеском падают в воду… Вероятно, мы попали в погреб боезапаса, и смертельный груз разорвал собственный корабль на части. Я не мог оторвать глаз от этого зрелища. Казалось, распахнулись ворота в ад, и я заглянул в пылающую печь».
Джо Инстанс также вспоминал о трех торпедах, попавших в линкор: «Я ждал на корме, пытаясь выяснить, что же происходит. Пока я там был, в наш корабль с интервалами в десять секунд попали еще три торпеды. И я помню, как сказал парню, стоящему рядом: „Если и дальше гак пойдет, придется нам возвращаться в порт на капитальный ремонт“. Но от последней торпеды взорвался погреб боезапаса. Взрыв сопровождался ослепительной оранжевой вспышкой. Как долго продолжался этот кошмар, не знаю. Помню, что забился в угол и закрыл лицо руками, чтобы спасти глаза.
На парне, что стоял рядом со мной, была только майка да кальсоны. И когда ударило это оранжевое пламя, он вспыхнул, как спичка. К счастью, на мне были шерстяные брюки и форменный свитер. Это и спасло мое тело. У меня обгорели руки, лицо, шея, сгорели все волосы на голове. Должно быть, я потерял сознание, по крайней мере минут на пять, и когда пришел в себя, то еще не знал, что корабль тонет, но понимал, что мне следует как можно быстрее отсюда убираться».
Взрывы погрузили линкор во мрак. В пробоины по правому борту вливались тысячи тонн воды, и корабль сразу же стал крениться. Джо Инстанс вспоминал: «Я заскользил по палубе на спине и налетел на леера… Увидел одного вахтенного. Он перегнулся через леера и не выпускал из рук бинокля. Помню, он у меня спросил: „Не кажется ли вам, сэр, что мы должны покинуть корабль?“ Судя по всему, в темноте он принял меня за кого-то другого. Прежде, чем я успел хоть что-то ответить, палуба ушла у меня из-под ног, и мы оказались в воде».
Немцы наблюдали за агонией старого линкора. Понимая, что он вот-вот скроется под водой, Прин отдал приказ немедленно уходить в сторону Кирк-Саунда. Взрывы вызвали переполох в бухте: англичане решили, что база подверглась налету бомбардировщиков. Ослепительные лучи прожекторов шарили по ночному небу, расчерченными трассами зенитных снарядов. А U-47, напрягая до предела дизеля, боролась с сильным приливным течением. Прин отходил из Скапа-Флоу, маскируясь в тени скалистого берега, чтобы лодку случайно не осветили лучи прожекторов. В это время на дороге вдоль берега появился автомобиль. Свет фар скользнул но борту и рубке субмарины, ослепил на мгновение подводников. Обошлось. Однако возникла более серьезная угроза — за кормой лодки появился эсминец. Он быстро приближался, и немцам казалось, что вот-вот на «у-бот» посыпятся снаряды. А затем случилось чудо — английский корабль резко отвернул, и находившиеся на мостике «U-47» подводники услышали раскаты взрывов глубинных бомб. Наконец-то до англичан дошло, что удар по линкору нанесла подлодка.