Благодаря записям прусского похитителя известно, что «Янтарная комната» вывозилась в ящиках длиной четыре и шириной два метра. Всего ящиков было двадцать два. Уже находясь в польской тюрьме, Кох записал: «…как сегодня, помню день, когда доктор Роде пригласил меня на торжественное открытие “Янтарной комнаты”. Мы очутились в каком-то сказочном мире. Стены зала до потолка были покрыты резным янтарем. В янтарные панели вмонтированы были картины старых мастеров. Резьба по янтарю была настолько миниатюрна, что приходилось рассматривать ее в увеличительное стекло».
Розенберг, возмущенный неожиданным захватом янтарного чуда, жаловался на Коха самому Гитлеру, однако, учитывая партийные заслуги гауляйтера, вывезенное сокровище было «временно» оставлено в его резиденции.
С началом военных действий советских войск вокруг Кенигсберга, с началом обстрелов и бомбардировок города янтарный клад упаковали в ящики и спрятали в подвалы замка.
Приближение войск потребовало от гауляйтера более решительных действий; вызвали из Берлина представителей по эвакуации художественных ценностей. В резиденцию прибыл посланник Гимлера — оберштурмбанфюрер СС Георг Рингель с десятком эсэсовцев (имя оказалось псевдонимом). Совместно с обер-бургомистром Хельмутом Билля началась отправка, и не только «Янтарной комнаты», но и 800 икон, украденных из Ростова, Харькова, Киева.
С этого времени следы памятника затерялись, несмотря на помощь многих людей — энтузиастов и специалистов. Загадка вывоза янтарных панно оказалась тесно связанной с судьбами вывозивших и тех, кто разыскивал янтарное чудо. Недаром существует устойчивая легенда, что драгоценные камни и памятники искусства не только обладают собственной судьбой, но и воздействуют на всех владельцев и причастных к ним.
Судьба «Янтарной комнаты» даже в 1944 году не определилась. Оперативный штаб и группа армий «Север» перегрызлись из-за сокровищ царских дворцов Гатчины, Павловска, Царского Села (Пушкина). Розенберг хотел укрыть вывезенные произведения искусства в замке Кольмберг под Ансбахом, то есть собрать их в одном месте. Однако группа армий «Север» сохранила за собой некоторые иконы и кое-что из обстановки «Янтарной комнаты» в целях организации досуга в элитных воинских частях, а также для выставок в Бреслау и Риге.
В июле 1944 года к делу подключилось главное управление имперской безопасности СС. Обергруппенфюрер Прютцманн и группенфюрер Эбрехт предложили, ввиду неудержимо развивавшегося наступления советских войск, немедленно эвакуировать все архивы и коллекции на запад Германии, который, по имевшимся тогда сведениям, должен быть оккупирован западными союзниками. Оперативный штаб также занимался эвакуацией находящихся в его ведении трофеев из Прибалтики и Восточной Пруссии.
Лишь один гауляйтер Кох не позволял вывозить ценности с подвластных ему территорий. Все вывозимое из Кенигсберга проходило оценку — является ли этот вывоз проявлением пораженческих настроений или нет. Никому не удавалось решить вопрос о полномочиях в отношении Янтарной комнаты, поскольку на нее претендовали, кроме Коха, еще и командование сухопутными войсками, оперативный штаб и управление замков и садов. Нельзя забывать и про СС, требовавшего свою дань.
Однако, как это ни странно, забота об эвакуации была возложена на директора музея. Роде вместе со своим берлинским начальником Галлем выехал в Саксонию и Тюрингию для организации хранения произведений искусства. Но без решения Коха Роде ничего сделать не мог. Розенберг больше всего беспокоился, ведь у него был план, согласно которому предполагалось так спрятать наиболее ценные трофеи, чтобы в послевоенное время их можно было использовать в переговорах об уступках победителей. Розенберг неоднократно говорил: «“Янтарная комната” является для нас важнейшим предметом будущих переговоров».
31 декабря 1944 года Борман своим распоряжением напомнил всем в войсках о необходимости сохранения произведений искусства для Гитлера и для будущего Германии.
Итак, «Янтарная комната» покинула Кенигсберг, и двое знавших о путях вывоза сокровищ ничем не могли помочь в розысках. Один из них — доктор Роде в декабре того же 1945 года был найден мертвым. Врач, определивший, что умер музейный хранитель от тифа, почти сразу же пропал. Другой важный свидетель — Э.Кох, захваченный в 1952 году, сидел в польской тюрьме и притворялся слабоумным.