Однако в целом ситуация в Ирландии была крайне запутанной. Власть английского парламента признавалась только в Дублине и его ближайших окрестностях. Против власти парламента выступали силы совершенно различные: армия англо-ирландских протестантов под началом маркиза Ормонда и ирландские католики; последние были в свою очередь разделены: с одной стороны, речь шла о католиках-роялистах англо-ирландского происхождения, а с другой — о коренных ирландских кланах во главе с Оуэном О’Нейлом, враждебных англичанам-протестантам не только по причинам конфессиональным, но и как колонизаторам, независимо от того, являлись ли они роялистами или приверженцами парламента.
В результате силам парламента в этой стране представлялась уникальная возможность не только сталкивать своих противников между собой (спекулируя на вражде между протестантами и католиками), но и сразиться с ними порознь. Одновременно вновь назначенный адмиралом парламентского флота Блейк очистил Ирландское море от роялистских кораблей принца Руперта и тем самым обеспечил регулярное сообщение экспедиции Кромвеля с Англией. Поскольку Кромвелю противостояли по сути только разрозненные очаги сопротивления, вся его тактика заключалась в том, чтобы подавить их порознь, и первым таким очагом была крепость Дрогеда, о которой говорили: штурмовать Дрогеду равносильно тому, что штурмовать ад. Обладая тройным превосходством сил (10 тыс. против 3 тыс. защитников крепости) и абсолютным превосходством в артиллерии, Кромвель в ответ на отказ коменданта Дрогеды сдать крепость начал штурм ее. После того как артиллерия сделала два пролома в стене, ее окружавшей, солдаты пошли на приступ, но были отражены. Тогда Кромвель лично возглавил вторую атаку, и укрепления были прорваны. По его приказу была учинена столь жестокая резня защитников крепости, которая заставила содрогнуться даже видавших ужасы Тридцатилетней войны ветеранов, — всех захваченных с оружием в руках предавали мечу. «Я полагаю, — сообщал Кромвель в Лондон, — что в эту ночь было предано мечу не менее 2 тыс. человек. 100 человек, укрывшихся в колокольне церкви св. Петра, были сожжены заживо. Около 1000 человек, искавших убежища в самой церкви, были убиты на месте». Распоясавшиеся солдаты предали город повальному грабежу. При этом англичане потеряли всего лишь 64 человека.
В итоге Дрогеда стала символом не столько военной победы англичан, сколько беспощадной жестокости победителя по отношению к побежденным (резни не избежали не только сопротивлявшиеся, но и сдавшиеся на милость победителя). Жестокость Кромвеля в Дрогеде была явно преднамеренной — он задался целью устрашить защитников других крепостей, с тем чтобы в короткое время завершить покорение Ирландии и предотвратить крупные потери в собственных войсках. «Я убежден, — писал Кромвель в своей реляции парламенту, — что это был справедливый приговор господа над этими варварами». Этой же тактики Кромвель придерживался и в следующей крупной битве — 14 октября при штурме крепости Уэксфорд к югу от Дублина. И здесь уже после того, как сопротивление прекратилось, было вырезано не менее 2 тыс. человек, а город был также предан повальному разграблению.
Однако по мере продвижения Кромвеля в глубь страны тактика устрашения не давала желаемых результатов. Ирландские кланы и не думали складывать оружие. Ему пришлось, несмотря на превосходство в вооружении (артиллерия играла решающую роль при штурме крепостей), вести продолжительную и изнурительную борьбу за каждый укрепленный лагерь. Когда после тяжелой зимы, принесшей в лагерь англичан голод и эпидемии, Кромвель в мае 1650 г. осадил город Клонмель, он потерпел тяжкое поражение: 1200 его защитников успешно отбили штурм численно превосходящих сил англичан. В этом сражении Кромвель потерял около 2 тыс. человек. Желая смягчить сопротивление ирландцев, он решил демонстрировать «мягкость» — начал щадить сдававшиеся гарнизоны, запрещал грабить население. Однако довести борьбу до конца Кромвелю так и не удалось: в мае 1650 г. его срочно отозвали в Англию. Его преемникам генералу Айртону и генералу Флитвуду еще долгие месяцы пришлось тушить пламя народного гнева.
Придя в Ирландию, Кромвель провозгласил: «С помощью божьей мы пришли сюда, чтобы поддержать блеск и славу английской свободы, в которой народ Ирландии… может равным образом участвовать во всех выгодах, пользоваться свободой и достоянием наравне с англичанами». А в результате треть населения Ирландии погибла в ходе завоевания острова англичанами. Тысячи ирландцев «добровольно» покинули родину, нанявшись в ландскнехты в страны континента. Еще большее число ирландцев, включая женщин и детей, были свезены в американские колонии в качестве «белых рабов». Согласно акту «об устроении Ирландии», все владения захваченных с оружием в руках подлежали конфискации: в одних случаях полностью, в других — от двух третей до одной пятой части. Однако и оставшуюся им долю они могли получать только в пустынном и бесплодном Коннауте, куда насильно переселялась основная часть туземцев. «Очищенные» таким путем земли шли на удовлетворение парламентских кредиторов и армии. В руки новых собственников переходило 2/3 ирландской территории. Впрочем, поскольку это касалось большинства солдат, то, не имея средств на обзаведение хозяйством, они за бесценок продавали офицерам выданные им взамен причитавшегося жалованья «долговые обязательства», дававшие право на получение надела в Ирландии. В результате офицерская верхушка вместе с кредиторами парламента составила новый слой английских лендлордов в Ирландии, ставших дополнительным оплотом буржуазно-дворянской диктатуры Кромвеля.