В этой трудной ситуации на помощь Лильберну пришел его состоятельный дядя Джордж, основавший в Лондоне пивоварню, управление которой передал Джону. В это же время Лильберн женился на Элизабет Дьюэлл, женщине исключительного мужества, глубоко и до конца преданной мужу спутнице жизни. С началом гражданской войны Лильберн в чине капитана пехотной части, состоявшей главным образом из лондонских учеников и подмастерьев, сражался под Эджгилем и Брентфордом. Однако мужество отдельных частей не могло компенсировать нежелание парламентских генералов в войне с королем побеждать. 12 ноября 1642 г. Джон был захвачен в плен «кавалерами» и доставлен в Оксфорд, где к тому времени обосновался король. За «измену» государю Лильберну угрожала смертная казнь, от которой в прямом смысле его спасла жена. Будучи беременной их первенцем, она ворвалась с мольбой о спасении мужа в палату общин. Впечатление от ее неподдельного горя и отчаяния было столь велико, что далеко не сердобольная палата приняла постановление, угрожавшее роялистам «отмщением» в случае приведения угрозы в исполнение.
Следует заметить, что эта угроза имела реальную подоплеку: в руках парламента находилось немало пленных-роялистов. С этим документом в руках Элизабет, опрокинув все военные заслоны и преграды, достигла Оксфорда и этим спасла жизнь не только Джона, но и других пленных «круглоголовых». В результате обмена пленными Джон получил свободу, Сити Лондона приветствовал его как героя. Ему была предложена гражданская должность, которая обеспечивала солидный доход и спокойную жизнь, однако Лильберн не колеблясь отверг ее: пока идет гражданская война, его место — в сражении. И на этот раз судьба снова свела Лильберна с Кромвелем, но уже лично. Индепендентские воззрения Лильберна, помешавшие ему присягнуть на верность так называемому Ковенанту (т. е. обязательству, принятому на себя Долгим парламентом под давлением шотландцев, ввести в стране пресвитерианское церковное устройство, связанное с принудительным единообразием), находили у Кромвеля полное понимание и поддержку.
Как мы помним, желание сражаться за «дело парламента» Кромвель ставил выше всех других соображений при комплектовании своих частей. По его ходатайству Лильберн получил должность подполковника в армии Манчестера. Бок о бок с Кромвелем Лильберн сражался в 1644 г. при Марстон-Муре. Когда же Лильберну вскоре после этого представился случай «самовольно» принудить гарнизон роялистского замка Тикхилл к сдаче, не потеряв при этом ни единого человека, Манчестер обрушился на него с грубой бранью, угрожая «повесить» за самоуправство. Впоследствии, когда Кромвель выступил в парламенте с обвинениями против Манчестера, Лильберн оказался для него как нельзя более ценным свидетелем. На этом военная карьера Лильберна закончилась. Несмотря на то что во вновь создававшейся армии «нового образца» ему была предложена высокая командная должность, он отказался вступить в нее, так как и на этот раз предварительным условием являлась присяга Ковенанту. В конце апреля 1645 г., в канун битвы при Несби, Лильберн сдал своих драгун полковнику Окею, заявив при этом, что «скорее будет сажать морковь и капусту, нежели сражаться за власть, которая поработит его». В данном случае Лильберн проявил гораздо большую принципиальность, чем Кромвель, формально согласившийся с этим требованием.
Однако возврат Лильберна к «гражданскому состоянию» не означал для него возврата к мирной жизни. На самом деле речь шла лишь о смене форм и оружия борьбы. На этот раз слово сменило меч. Это во-первых. Во-вторых, в новом обличье предстал теперь перед ним противник, мешавший торжеству справедливости, как ее все более отчетливо понимал и Лильберн. После победоносного завершения первой гражданской войны, как мы уже знаем, линия водораздела между сформировавшейся к тому времени партией левеллеров и теми, кто занял место их гонителей за стремление обеспечить в новом политическом устройстве страны положение, при котором произвол властей предержащих не был бы возможен и по отношению к самому скромному по достатку жителю Англии, проходила теперь внутри самого лагеря индепендентов. Нечего говорить, что Долгий парламент, в котором большинство составляли пресвитериане и который фактически осуществлял высшую законодательную и исполнительную власть в стране, оказался выразителем интересов тех социальных слоев, для которых революция практически закончилась. Лендлорды, чьи владения были освобождены от бремени так называемого рыцарского держания, кредиторы парламента, разбогатевшие на займах, поставщики парламентских армий, нажившиеся на войне, спекулянты, участвовавшие в грабеже конфискованных у роялистов имуществ, — все они сгруппировались вокруг Долгого парламента в его сопротивлении, исходившем от левеллеров, требованиям политических, юридических и церковных реформ.