Главные вопросы, которые предстояло разрешить на этом соборе, сводились к следующему: положить конец расколу в церкви и искоренить ереси. Вместе с двумя другими антипапами был приглашен и Ян Гус как главный глашатай нового учения. Вышеупомянутые папы, опасаясь за свою участь, не явились, прислав своих представителей. Папу Иоанна, делавшего вид, что собор созван по его инициативе, терзали самые плохие предчувствия, он подозревал императора в тайном намерении свергнуть его с престола и опасался, что ему придется отвечать за все злодеяния, опорочившие тиару, за преступления, совершенные ради ее сохранения. Однако, невзирая ни на что, он въехал в Констанц с огромной пышностью, в сопровождении высокопоставленных сановников и свиты придворных. Все духовенство и городские власти при стечении огромных толп народа вышли ему навстречу. Над его головой был распростерт золотой балдахин, поддерживаемый четырьмя главными магистратами. Впереди маршировало войско, а роскошные одеяния кардиналов и дворянства делали эту картину еще более великолепной.
Между тем к Констанцу приближался другой путешественник. Гусу хорошо были известны опасности, угрожающие ему. Он навсегда простился со своими друзьями и отправился в путь, который, как предсказывали предчувствия, должен был привести его на костер. Несмотря на то, что он получил охранную грамоту от богемского короля и по дороге ему была вручена еще и другая, от императора Сигизмунда, он все же приготовился к смерти.
В письме, адресованном оставшимся в Праге друзьям, он писал: "Братья мои... я уезжаю с охранной грамотой от короля, чтобы встретиться с моими многочисленными смертельными врагами..., но я доверяюсь Всесильному Богу и моему Спасителю; я верю, что Он услышит ваши пламенные молитвы и вложит Свою мудрость и благоразумие в мои уста, чтобы я мог бороться с недругами; молю о ниспослании мне Святого Духа, дабы укрепиться в истине и смело встретить искушения, темницу, а если нужно будет, то и жестокую смерть. Иисус Христос страдал за Своих возлюбленных и неудивительно, что Он оставил нам пример, как следует с терпением переносить все ради нашего спасения. Он - наш Бог, а мы Его творение; Он - наш Господь, а мы - Его слуги; Он - Учитель мира, а мы ничтожные смертные, и, несмотря ни на что, Он страдал! Почему же и нам не пострадать, если страдания очищают нас? Поэтому, мои дорогие, если моя смерть должна способствовать Его славе, молитесь, чтобы это время скорее пришло, и чтобы Он помог мне стойко перенести все, что ожидает меня. Но если мне суждено будет вновь вернуться к вам, молитесь Богу, чтобы я возвратился неопороченным, т. е. чтобы я не умолчал ни об одной букве евангельской истины, оставив, таким образом, своим братьям достойный для подражания пример. Мы, возможно, никогда больше не встретимся в Праге, но если Всесильному Богу будет угодно позволить мне вернуться к вам, тогда мы вместе с еще большим мужеством будем возрастать в познании и любви к Его закону".
В другом письме, обращаясь к священнику, ставшему учеником Евангелия, Гус, глубоко осознав свои заблуждения, обвинял себя в том, что "с удовольствием носил богатое платье и тратил много часов на пустые занятия". И затем присоединяет к этому следующее трогательное предостережение: "Пусть слава Божья и спасение душ занимает твой ум, а не доходы и состояние. Берегись того, чтобы твой дом был украшен больше, чем твоя душа, и превыше всего заботься о духовном возрастании. Будь благочестивым и кротким с бедными и не трать деньги на празднества. Если ты не изменишь свою жизнь и не будешь воздерживаться от излишеств, я боюсь, что ты будешь, подобно мне, жестоко страдать... Ты знаком с моим учением, потому что еще с детства получал наставления от меня, поэтому я считаю лишним снова писать тебе об этом. Я заклинаю тебя благодатью Божьей не повторяй ни одной из моих ошибок, вызванных тщеславием". На конверте он написал: "Я умоляю тебя, мой друг, не вскрывай пакета, пока не получишь достоверных сведений о моей смерти".
На своем пути Гус встречал доказательства распространения своего учения, видел, с каким интересом относились к его делу. Народ собирался толпами, чтобы приветствовать его, а кое-где городские власти сопровождали его на улицах.
Прибывшему в Констанц Гусу была предоставлена полная свобода. К охранной грамоте царя присоединилась личная грамота папы, свидетельствовавшая о его покровительстве. Но, вопреки этим торжественным и неоднократным заверениям, по приказу папы и кардиналов реформатор был арестован и брошен в отвратительный подвал. Позже его перевели в крепость, находившуюся на противоположной стороне Рейна. Но папа не много выгоды извлек из своего вероломного поступка, потому что вскоре сам стал узником этой темницы. Кроме убийств, симонии и прелюбодеяния он был обвинен перед собором в самых низких преступлениях, в грехах, которые непристойно даже называть. Собор подтвердил вину Иоанна, и в конце концов он был лишен тиары и заключен в темницу. Другие антипапы также оказались свергнуты, был избран новый папа.
Хотя сам папа совершил преступления куда более тяжелые, чем те, в которых Гус когда-либо обвинял духовенство и чем он обосновывал необходимость преобразований, тем не менее тот же собор, который обвинил папу, настаивал и на осуждении реформатора. Заточение Гуса вызвало большое негодование в Богемии. Могущественные князья направили собору гневные протесты против такого насилия. Король, чьей охранной грамотой пренебрегли, также выразил свое недовольство. Но враги реформатора были мстительны и решительны. Они обвинили короля в предвзятости, напугали его и наконец напомнили ему о его долге перед церковью. Они подсказали ему аргументы, позволяющие считать данное обещание не действительным в отношении еретиков и лиц, заподозренных в ереси, хотя бы те и были снабжены охранными грамотами коронованных особ. И таким путем они одержали победу.
Обессиленного заточением и болезнью (сырой и смрадный воздух темницы вызвал у пленника изнурительную лихорадку, которая едва не свела его в могилу) Гуса привели на собор. Закованный в цепи, он стоял перед монархом, слово и честь которого были для него залогом безопасности. Во время продолжительного допроса он неколебимо отстаивал истину и в присутствии собравшихся церковных и государственных сановников торжественно и мужественно обличал порочность иерархии. И когда ему было предложено или отречься от своих убеждений, или же умереть, он избрал мученическую смерть.