В дни расцвета Империи патриарх имел колоссальные доходы. Они составлялись частью из ежегодной выдачи из императорской казны, частью от доходов земельной собственности во всех частях Империи, включая особо ценную собственность в самом Константинополе, частью от ренты, которую платили монастыри, основанные самим патриархом. Каждая статья дохода предназначалась на специальную цель. Иностранные вторжения и латинское завоевание расстроили всю эту систему; однако, никейский император снова наделил патриархат угодьями в провинции, а после отвоевания Константинополя ему отводилась треть городских доходов. Кроме того, процент с податей, которые платили рыбаки и охотники, жившие в Константинополе или рядом с ним, вручался патриарху для покрытия расходов на свечи и масло для освещения церкви Св. Софии. Продвижение турок оставляло все меньше и меньше патриарших земель; он продолжал, однако, получать доходы с тех монастырей, которые сохранились под властью турок. К концу XIV в. доход патриархата так сильно упал, что не было возможности полностью оплачивать расходы по патриаршему подворью.[38]
Это подворье примыкало к Св. Софии, с которой он был соединен крытыми переходами. В нем были деловые комнаты и приемные залы, среди которых были Большой Секретум и Малый Секретум, в которых собирался синод в зависимости от своего состава, а также несколько часовен и великолепная библиотека, которая, по–видимому, сохранялась неприкосновенной до 1453 г. Во время латинской оккупации венецианцы следили за ней и сохраняли ее. Собственные аппартаменты патриарха были весьма скромными; у него были, однако, загородные дома, в которые он мог удаляться; часто он предпочитал жить в каком‑нибудь близлежащем монастыре.
Первоначально главным патриаршим чиновником был синкелл, который был его политическим советником и служил связующим звеном между императорским и патриаршим дворами. Эта должность, однако, пришла в упадок к XIII в., может быть потому, что она стала излишней для небольших потребностей маленького двора в Никее. Архидиакон, патриарший помощник в богослужебных делах, исчезает в это же время. На протяжении всего византийского периода неизменными оставались пять главных должностных лиц. Во главе их стоял великий эконом, который ведал всеми имуществами и источниками дохода, а также управлял патриархатом в период междупатриаршества. Великий сакелларий, который, несмотря на свое название, не имел ничего общего с казной, но ведал всеми патриаршими монастырями, имея свой собственный двор и представителя, известного под названием архонт монастырей. Великий скевофилакс ведал всеми богослужебными вопросами, а также сокровищницей и святынями, принадлежащими патриархату. Великий хартофилакс поначалу был хранителем патриаршей библиотеки, а впоследствии, после упразднения должностей синкелла и архидиакона, стал патриаршим секретарем и заведовал личным составом патриархата. Наконец, префект сакеллиона был надсмотрщиком над патриаршей тюрьмой и ответственным за наказания церковных правонарушителей. Эти пять должностных лиц были членами св. синода и стояли рангом выше всех митрополитов. До 1057 г. все они назначались императором; знаменитый патриарх Михаил Керулларий получил право сам назначать их, хотя впоследствии императоры и пытались отнять у патриархов это право. Ниже рангом, чем митрополиты, не будучи членами синода, стояли такие чиновники как референдарий, который доставлял патриаршие письма императору; мандатон, который организовывал ежедневные богослужения; логофет, или главный счетовод; протонотарий, который принимал и представлял прошения; иеромнимон, который организовывал заседания синода и считал голоса на них; ипомимнескон, который был главным личным секретарем, а также помощники секретарей и преподаватели Патриаршей школы. Был также глава церемоний и ряд священников, назначенных помогать патриарху при его богослужениях. Богослужения в Св. Софии, совершавшиеся при участии многих клириков, были составной частью патриаршей организации.[39]