Нашествие турок и их возрастающее завоевание Малой Азии изменили картину. Поначалу в Константинополе не верили, что потеря столь многочисленных азиатских кафедр была необратимой. Но к концу XII в. стало ясно, что турки там обосновались прочно. Многие из епископов с завоеванных территорий перебрались в Константинополь, надеясь вернуться, когда позволят обстоятельства. Некоторые города были разрушены во время войн; в них уже не могло быть возврата. Часть епископов могла бы вернуться, хотя их кафедры и не были освобождены, в то время как небольшая часть других оставались на своих местах и продолжали выполнять свои обязанности. Однако при новом порядке, не приспособленном к городской жизни, число городов быстро сокращалось, в то время как другие были покинуты своими жителями–христианами. Из тех христиан, которые не бежали, многие через два или три поколения перешли в религию своих новых хозяев. Определенное количество христиан все же оставалось на турецкой территории, в основном в больших городах или в отдаленных горных деревнях. В целом им разрешалось беспрепятственно исповедовать свою религию, а их епископам позволялось жить с ними и, за исключением военного времени, поддерживать связь с Константинополем. Старая церковная организация становилась, однако, бессмысленной. Но византийцы с трудом могли поступиться историческими титулами своих архиереев, да это и не всегда было необходимо. Такие города как Кесария и Анкира сохраняли свое значение и большую часть своего христианского населения. Патриаршие списки епархий показывают постоянное уменьшение числа как митрополий, так и викарных кафедр. Использовались различные формы реорганизации. Если митрополичий престол пришел в упадок, он мог быть преобразован в викарный. Так, например, Сардский митрополит, кафедра которого занимала шестое место в древних списках, в XIII в., когда Сарды стали всего лишь деревней, был подчинен своему бывшему викарию, епископу Филадельфийскому, город которого оставался свободным и продолжал быть важным центром до конца XIV в. Подобным образом, епископ Ираклии Понтийской получил титул митрополита Клавдиопольского. Иногда митрополичья кафедра, потерявшая свою паству или же слишком бедная, чтобы содержать себя, временно предоставлялась какому‑нибудь все еще активно действующему соседнему митрополиту. При этом обычно употреблялась фраза «κατά λόγου επιδόσεως», «в принципе — временно». Временный глава назывался главой кафедры. В некоторых случаях, когда становилось ясно, что кафедра потеряна навсегда, титул сохранялся и давался в качестве дополнительного почетного титула епископу, проживавшему далеко от этого места. Иакинф Критовул, митрополит Угро–Влахийский, к северу от Дуная, живший в конце XIV в., имел также титул митрополита Милитины, города, расположенного на берегах Евфрата. Митрополичьи титулы in partibus infidelium[44] давались высшим клирикам патриаршего двора для того, чтобы возводить их в архиерейский сан; позднее эту практику переняли и в Риме.
Латинское завоевание различных европейских провинций не имело таких последствий, потому что греческие общины оставались в принципе нетронутыми. Иногда греческого епископа заменяли на латинского; в таком случае он уезжал к византийскому двору в ожидании, что его восстановят. Если он умирал там, то ему наследовал титулярный епископ. Иногда греческий епископ продолжал жить бок о бок с латинским; в других случаях, более редких, его оставляли на своем месте. В обоих случаях он подвергался давлению, чтобы признал римскую церковную власть и подчинился высшей латинской иерархии. Часто, однако, он мог сохранять связь с Константинополем, и на практике власть над кафедрами не прерывалась. Многие кафедры были возвращены византийцами; епископы легко и с радостью возвращались в прежнее подчинение. Если какой‑нибудь епископ и бывал изгнан, то его преемник возвращался из ссылки.