В том же 1561 году архиепископ Монтуфар и епископ Кирога, просвещенный утопист, который руководил делами центральной Новой Испании из Паскуаро, выдвинули обвинение против всех трех основных орденов — мол, в Новой Испании эти ордена творят насилие над индейцами. Кирога пояснял: «Когда индейцы отказываются повиноваться, монахи осыпают их бранью и колотят, вырывают им волосы, заставляют раздеваться и подвергают жестокой порке, а затем бросают их в тюрьмы в кандалах и цепях…» Францисканцы фра Франсиско де Рибера и фра Хуан Кихано, оба из монастыря Тлашкала, действительно однажды арестовали некоего индейца только потому, что он непочтительно с ними разговаривал; его привязали к столбу и выпороли‹‹158››.
Провинциалы всех орденов, трудившихся в Новой Испании, тут же принялись писать письма королю Филиппу, умоляя монарха не навлекать на себя гибель, ибо за его действиями им виделось покушение на прерогативы самой церкви‹‹159››. Еще они обращали внимание на возрождение старых верований: 11 октября 1565 года архиепископ Монтуфар и другие епископы Новой Испании признали наличие этого явления в меморандуме, адресованном верховному суду (audiencia). В документе упоминалась «великая охота, с какой эти новообращенные индейцы возвращаются к былому идолопоклонству, обрядам, жертвоприношениям и празднествам». Например, жители Чальмы, славного своими мастерами-строителями аграрного поселения в той же котловине, где находился Мешико / Теночтитлан, собирались в труднодоступных пещерах; порой, в Чолуле, они умело маскировали изображения старых богов под христианскими крестами. Подобные шествия и моления проводили касики (вожди), а также бывшие жрецы и колдуны‹‹160››. Надо признать, что открытое письмо королю оказалось пустой тратой времени. В 1563 году Ликенсиадо Альфонсо де Осегера писал, что францисканцев не найти в Новой Галисии (где он был судьей) из-за бесплодия местности и варварства местного населения‹‹161››.
Несмотря на эти трудности, в 1563 году первые камни легли в основание собора в Мериде на Юкатане, а завершилось строительство в 1599 году. Этот просторный храм с боковыми нефами во многом походил на новый кафедральный собор в Санто-Доминго‹‹162››. В 1569 году к возведению аналогичного собора приступили также в стремительно растущем городе Гвадалахара в Новой Испании. Были и другие положительные результаты: 21 марта 1569 года, например, епископ Мичоакана записал, что большинство местных индейцев обратились в христианство, а некоторые из них и вовсе уже проповедуют своим собратьям на родном наречии‹‹163››. Десять дней спустя неутомимый архиепископ Монтуфар сообщил папе, что лично окрестил 5000 индейцев‹‹164››. Он, похоже, сообразил, что и вправду лишь монахи — особенно францисканцы — способны верно истолковывать побуждения. Многолетние скитания и уединение в сочетании с хотя бы поверхностными познаниями в местных наречиях и обычаях позволяли им лучше, чем кому бы то ни было, разбираться в характере индейцев. Ордена теперь ожидали от братии изучения местных наречий (отоми, тотонака, сапотека, тарасканского и микстека), а также общего языка науатль.
В 1569 году доминиканец Луис Бертран, позже беатифицированный, начал с успехом проповедовать Слово Божие индейцам Новой Гранады (Венесуэла, Колумбия, Эквадор, отчасти Перу и Бразилия); исключительная аскеза, которую он соблюдал, была наилучшим доказательством истинности его проповедей. Он совершал дальние походы, пробирался через мнившиеся непроходимыми леса, нисколько не боялся палящего солнца, часто постился и ходил вооруженный только требником. Вдобавок обычно он странствовал босым. Его радения принесли церкви как минимум 20 000 новообращенных‹‹165››. Вскоре после того, увы, Бертран покинул Новую Испанию, дабы не оказаться причастным к тем беззакониям, которые, как ему было известно, творят колонисты. Но его товарищ фра Луис Веро оставался в тех краях до 1588 года‹‹166››. Доминиканцы стремились оправдать себя перед Римом и перед советом по делам Индий всевозможными способами.