В 1946 г. в НИИ-88 был создан один отдел, занимавшийся баллистическими ракетами, и три отдела, занимавшихся зенитными ракетами: отдел № 3 С.П. Королева — баллистических ракет на базе ФАУ-2; отдел № 4 Е.В. Синилыцикова — зенитных ракет на базе «Вассерфаль» (Р-101); отдел № 5 С.Ю. Рашкова — зенитных ракет на базе «Шметтерлинг» (Р-102); и отдел № 6 П.И. Костина — зенитных ракет на базе «Тайфун». Кроме тою, активное участие в работе над ЗУР принимали и германские специалисты, работавшие на острове Городомля на озере Селигер в филиале № 1 НИИ-88.
В 1947 г. в СССР были прекращены все работы по ракете «Рейнтохтер». В том же году рабочие чертежи ракеты Р-101, созданной на базе «Вассерфаль», были запущены в производство. В кооперацию по разработке ракеты Р-101 входили: НИИ-49 — работы по счетно-решающему прибору; НИИ-504 — неконтактные взрыватели; НИИ-885 МПСС — головной по системе управления и по радиоканалу управления; завод № 528 — самонаводящиеся головки; завод № 523 — газовые рули; НИИ-20 MB — по радиопеленга-ционному визированию; НИИ-627 — источники питания.
В ноябре 1948 г. на полигон Капустин Яр была отправлена первая партия ракет Р-101 в количестве 12 штук с комплексом наземного оборудования, и еще две ракеты для огневых испытаний на передвижном огневом стенде. Ракеты были изготовлены из отечественных материалов, за исключением бортовых приборов управления, изготовленных в Германии. На ракетах стоял ЖРД C08.10L разработанный по немецкому образцу ЖРД для «Вассерфаль» в отделе № 8 H.JI. Уманского.
Первый этап испытаний в объеме 12 пусков Р-101 был проведен с 1 января по 1 марта 1949 г. При первом же пуске выявилась неустойчивость полета по крену (вращение). На дальнейших пусках наблюдались колебания ракеты по тангажу и крену. В основном все последующие пуски были посвящены устранению этих неполадок, но при этом дополнительно в программу экспериментальных пусков включались различные параметры. Ракеты запускались в разных комплектациях. В результате этих пусков были выявлены недостатки использования четырех рулей для компенсации крена.
По результатам испытаний была произведена доработка и модернизация ракеты. К концу 1949 г. изготовили 18 ракет Р-101 со схемными и конструктивными изменениями. Летные испытания второго этапа начались в декабре 1949 г. и были закончены в январе 1950 г. Теперь ракета имела улучшенную аэродинамическую схему, а также ряд конструктивных улучшений в аппаратуре управления.
В ходе второго этапа летных испытаний выяснилось, что изменения, внесенные в конструкцию ракеты, в основном устранили недостатки, имевшиеся при первом этапе летных испытаний. Был отмечен ряд значительных достижений в части устойчивого прохождения зоны звуковой скорости и управляемости ракеты. Но при этом обнаружился ряд новых существенных недостатков, которые не позволяли довести конструкцию ракеты до боевого образца. И вновь начались доработки ракеты.
Были разработаны три новые модификации — Р-101А, Р-101Б и Р-101В. Разработка ракеты сильно затянулась. Из-за этого, а также в связи с началом работ по теме «Беркут» 17 августа 1951 г. работы над Р-101 были прекращены.
Любопытно, что с 1947 г. в ЦКБ-17 был разработан проект вооружения зенитными ракетами «Вассерфаль» надводных кораблей советского флота. Так, было создано два варианта вооружения зенитными ракетами Р-101 (типа «Вассерфаль») эсминца проекта 41. В первом варианте на эсминце размещалась одна пусковая установка и 9 ракет, а во втором — две пусковые установки и 15 ракет. В обоих вариантах 130-мм артустановки демонтировались. Вариант установки Р-101 на крейсере проекта 68К предусматривал установку четырех пусковых установок и 43 ракет. Эти варианты не были реализованы в связи с прекращением работ над Р-101.
Тем не менее работы над Р-101 не пропали даром. В 1951 г. в НИИ-88 был разработан эскизный проект малогабаритной и долго хранящейся в заправленном состоянии баллистической ракеты Р-11. В ракете Р-11 были использованы узлы и агрегаты от Р-101. Да и первые стрельбы Р-11 весной 1953 г. на полигоне Капустин Яр производились с помощью пускового оборудования от Р-101.
Замечу, что в 1945–1947 гг. в США фирма «Дженерал электрик» на базе «Вассерфаля» создала зенитную ракету «Гермес» А-1. На вооружение она не поступала.
Ракета «Шметтерлинг» в СССР получила индекс Р-102. Летом 1949 г. на Софринском полигоне были проведены бросковые испытания с лафета с целью разобраться в процессах пуска и выяснить возможность схода ракеты со стартового лафета без направляющих. Ракета сходила с лафета, у которого отсутствовали направляющие, без задержек и возможных при этом неприятностей. Таким образом, была подтверждена возможность старта Р-102 с лафета без направляющих, а это значительно снизило вес лафета и упростило его конструкцию. Впоследствии лафет без направляющих был применен на испытаниях на полигоне Капустин Яр. (Сх. 7)