С 11 августа 1941 года эти курсы были переведены на трехмесячную программу обучения. В сентябре 1941 года 300 выпускников Высшей школы было направлено в подразделения военной контрразведки.
Приказом начальника Высшей школы 28 октября 1941 года в особый отдел Московского военного округа было направлено 238 выпускников курсов. Последняя группа выпускников курсов в количестве 194 человек была направлена в распоряжение НКВД в декабре 1941 года. Затем Высшая школа была расформирована, потом вновь создана.
В марте 1942 года в Москве был организован филиал Высшей школы НКВД СССР. Там предполагалось обучить 500 человек в течение четырех месяцев. Первый набор был произведен из резерва работников Особого отдела НКВД Московского военного округа. В составе Высшей школы этот филиал находился до июля 1943 года, затем был передан в ГУ К «Смерш» НКО СССР. Всего за время войны Курсы закончили 2417 чекистов, направленных в армию и на флот.
Одновременно шла подготовка кадров для особых отделов и в самой Высшей школе. Так, в 1942 году большая группа выпускников была направлена в распоряжение особого отдела Сталинградского фронта. А всего, за время Великой Отечественной войны Высшей школой для особых отделов было подготовлено 1943 человека.
* * *Главной целью военных контрразведчиков было противодействие немецким спецслужбам. Система мер борьбы с агентами немецкой разведки включала оперативные, заградительные и профилактические мероприятия. Основная роль в контрразведывательной работе особых отделов отводилась агентурно-осведомительному аппарату.
По мнению ветерана «Смерша» генерал-майора С. 3. Острякова, «особисты» с первых месяцев войны эффективно боролись с агентурой противника. При этом они ограничивались защитной тактикой — ловили вражеских шпионов и диверсантов, проверяли одиночных выходцев из плена и окружения противника, выявляли трусов и паникеров в воинских частях, помогали командованию наводить строгий порядок в прифронтовой полосе.
Отдельные Особые отделы пытались организовать оперативную работу за линией фронта, но носила она в основном военно-разведывательный характер. Поясним, что речь шла о переброске через линию фронта разведывательно-диверсионных групп, которые действовали в прифронтовой зоне. Они занимались сбором сведений о месторасположении различных объектов (штабов, хранилищ горючего, складов и т. п.) и дислокации воинских частей, а также проведением различных диверсионных акций.
Несмотря на трудности, связанные с первыми месяцами войны. Особые отделы действовали решительно и эффективно. Один из первых итогов работы военной контрразведки был подведен 10 октября 1941 года заместителем начальника Управления особых отделов Соломоном Мильштейном: «Особыми отделами НКВД и заградительными отрядами НКВД по охране тыла задержано 657 364 военнослужащих, отставших от своих частей и бежавших с фронта. Из них оперативными заслонами Особых отделов задержано 249 969 человек и заградительными отрядами войск НКВД по охране тыла — 407 395 военнослужащих…
Из числа задержанных Особыми отделами арестовано 25 878 человек, остальные 632 486 человек сформированы в части и вновь направлены на фронт…
Шпионов — 1505; диверсантов — 308; изменников — 2621; трусов и паникеров — 2643; распространителей провокационных слухов — 3987; самострельщиков — 1671; других — 4371».
В декабре 1941 года по представлению НКВД ГКО принял решение об обязательной «фильтрации» военнослужащих, бежавших из плена или вышедших из окружения. Их направляли в специальные сборно-пересыльные пункты, созданные в каждой армии.
В июле 1941 года ГКО предоставил особым отделам право внесудебного расстрела изменников и дезертиров. Мера эта была вынужденная. Однако в октябре 1942 года, после стабилизации фронта, ГКО отменил 161 внесудебные расстрелы и обязал особые отделы передавать дела об изменниках и дезертирах в суды военных трибуналов.
В качестве особой меры укрепления дисциплины при исключительных обстоятельствах допускался расстрел перед строем осужденных трибуналами дезертиров, уличенных в бандитизме и вооруженном грабеже. Хотя во фронтовых частях эта мера применялась крайне редко. К борьбе с дезертирством привлекались агентурно-осведомительные кадры как в действующих, так и в запасных частях. Осведомители сообщали в особые отделы о военнослужащих, которые, по их мнению, могли стать изменниками или дезертирами. Если данных для ареста было недостаточно, то подозреваемые лица не допускались в наряды, выполнявшие задания на переднем крае, или переводились в тыл. Заградительные отряды и воинские подразделения, приданные особым отделам для поиска дезертиров, прочесывали в прифронтовой полосе местность, выставляли заслоны.