Согласно официальному отчету в период с апреля по июнь 1944 года: «Войска НКВД по охране тыла 1-го Белорусского и 1-го Украинских фронтов в западных областях Украинской ССР имели 142 боевых столкновения с бандгруппами «Организации украинских националистов». При этом убито 2564 и захвачено живыми 2247 бандитов.
Кроме того, задержано 1939 бандитов-одиночек.
При боевых столкновениях с бандгруппами войска НКВД по охране тыла фронтов потеряли: убитыми — 124, ранеными — 53 и пропавшими без вести — 18 человек из числа бойцов и офицеров».
Добавим, что в 1944–1945 годах оперативно-войсковые операции, направленные против бандформирований чаще всего проводились в форме прочесывания лесных массивов и «зачисток» населенных пунктов. В 1944 году было проведено 1883 таких операций, а в 1945 году 6813. За два года было уничтожено в боях 19 800 бандитов (из них 433 командира); 17 962 повстанца захвачено в плен (из них 732 командира и руководителя подпольных групп); трофеи: семь артиллерийских орудий, 135 станковых пулеметов, 1153 ручных пулеметов, ПО минометов, 55 противотанковых ружей, 33 ручных противотанковых гранатомета, семь огнеметов, 38 радиостанций, 1808 автоматов, 8319 винтовок и 14 362 гранаты.
В апреле 1944 года был создан Белорусский округ в составе трех дивизий и одного полка, общей численностью около 17 тысяч человек, а в декабре того же года — Прибалтийский округ в составе двух дивизий.
Хотя подразделения внутренних войск начали борьбу с вооруженными антисоветскими формированиями еще раньше. В июле — августе 1944 года вслед за войсками 3-го Белорусского и 1-го Украинского фронтов на территорию Литвы вступили соединения и части войск НКВД.
В республике были развернуты 7 погранполков. В их задачу входила очистка прифронтовой полосы и освобожденной территории от «отставших солдат и офицеров германских частей, мародеров, дезертиров, вражеской агентуры, антисоветских элементов и пособников противника». Пограничники столкнулись с отдельными вооруженными выступлениями местного населения, направленными против вновь образованных органов советской власти, некоторых частей и подразделений Красной Армии и войск НКВД. В республике началось «массовое неповиновение», зачастую выливавшееся в убийства «промосковских» активистов, террор и насилие.
В первый период (с июля по октябрь 1944 года) выступления повстанцев были слабо организованными, что позволило органам НКВД при содействии отдельных частей Красной Армии только в декабре 1944 года — январе 1945 года ликвидировать 23 отряда литовцев (321 чел.) и арестовать 665 человек, уклонившихся от призыва в армию.
С декабря 1944 года повстанцы активизировали свою деятельность. К весне 1945 года их численность достигла 30 тысяч человек. Движение носило в основном разрозненный характер, отличалось большой автономией различных отрядов и их независимостью от руководящего центра. Сопротивление выражалось в форме террористических актов по отношению к партийным и советским работникам на местах, пропагандистам и агитаторам, ответственным за проведение коллективизации, рядовым литовцам, заподозренным в сотрудничестве с новыми властями. Не случайно с 1944 года до окончательного подавления повстанчества (в 1956 году) в Литве из 25 108 человек убитыми и 2965 человек ранеными, более 23 тысяч человек были литовцами. Свои били своих.
В результате усиления оперативно-боевой деятельности войск, дислоцированных в Литве (по имеющимся данным, около 50 тыс. чел.), за декабрь 1944 — январь 1945 годов ими была проведена 841 чекистско-войсковая операция, в ходе которых были убиты 27 923 повстанца, захвачено в плен — 4177 чел., сдались Красной Армии — 161 чел., были задержаны войсковыми нарядами — 777 чел., явились добровольно в советские комендатуры — 702 чел. При этом было арестовано 2613 «литовских и польских националистов», поймано более 70 «немецких ставленников, предателей, агентов и шпионов», задержано 46 немецких парашютистов и 189 дезертиров Красной Армии. Число задержанных «уклонистов» от призыва составило 15 170 чел. Было изъято большое количество оружия, боеприпасов и «нелегальной литературы». При этом советские войска потеряли 42 чел. убитыми и 94 — ранеными.
Не следует также забывать и о борьбе с забрасываемыми в тыл Красной Армии немецкими разведывательно-диверсионными группами. Так, с ноября 1944 года до середины февраля 1945 года на территории Литвы противодиверсионными формированиями Красной Армии и НКВД было ликвидировано 4045 человек. В борьбе с ними советские войска потеряли 151 человека.