Но и без этой телеграммы севастопольцы уделяли большое внимание укреплениям. Опыт первых дней обороны показал важность установки пулеметов в дотах и дзотах, что значительно повышало их живучесть. Морозная погода сильно осложнила ведение работ. В Севастополе было еще много цемента и арматуры, и была возможность строить бетонные долговременные точки, но морозная погода не позволяла заливать монолитный бетон. При заливке в мороз бетон крошится и не схватывается. Выход был найден. Широкое распространение получают сборные железобетонные огневые точки (СЖБОТ) для размещения полевых орудий и пулеметов. На сборку СЖБОТ у защитников Севастополя уходило две ночи: в первую выкапывался котлован, во вторую собиралась конструкция из отдельных блоков, имевших специальные отверстия. Сквозь отверстия пропускалась арматура, скрепляющая блоки. СЖБОТ стали делать упрощенной конструкции: без «сквозника». Фронтальная часть новых дотов была не полукруглой, а граненой, что сильно упростило изготовление элементов дота и его сборку.
По утверждению генерала А.Ф. Хренова сборные железобетонные доты подтвердили свою высокую живучесть. Он писал: «Даже прямое попадание снаряда орудия среднего калибра не приводило к полному разрушению дота. Уже после войны в руки советских специалистов попали документы, в которых немецкие военные специалисты подводили итоги сражения за Севастополь. Там, в частности, отмечалась высокая надежность наших дотов, быстрота и экономичность их постройки. По распоряжению немецкого командования один из сборных дотов после оставления Севастополя был подвергнут испытанию на разрушение артиллерийским огнем».
Результаты испытаний показали, что СЖБОТ имели очень слабую конструкцию. Тем не менее, сборные доты обладали рядом достоинств и применение их в обороне было однозначно целесообразным. Кроме СЖБОТ на Главном рубеже строились бетонные доты комбинированной: сборно-монолитной конструкции. Нижняя часть дота собиралась из массивных бетонных блоков, а перекрытия заливались монолитным бетоном. По размерам такие доты были больше СЖБОТ, имели шестигранную форму и более мощную конструкцию. Заканчиваются работы по строительству артиллерийских дотов на Тыловом и Главном рубежах. Строятся командные пункты батарей (взводов) дотов. Они представляли собой бетонную плиту 6х6 м, армированную рельсами, перекрывающую котлован. На плите устанавливался бетонный колпак диаметром 2,7 м с амбразурами. Иногда колпак отливался вместе с плитой.
Вырубая в скалистом грунте Севастополя окопы, войска приспособились сооружать огневые точки по устойчивости мало в чем уступающие бетонным сооружениям. По форме это укрепление напоминало СЖБОТ, но его нижняя часть вырубалась в скале, а верхняя выкладывалась из бута на цементном растворе. Перекрытие этого дота отливалось из бетона. Был еще один вид комбинированных укреплений, однако, проект их отличался от типового проекта дзота, разработанного еще в довоенное время. Обычно севастопольский дзот представлял собой помещение, вырубленное в склоне горы с перекрытием из бревен в два-три наката. Лес использовали местный, нестроевой. Амбразуры оформлялись не бревнами, а вырубленным камнем или специально отлитыми небольшими бетонными блоками. К дзоту шел крытый ход сообщения. Иногда перекрытия выполняли из бетона или из тонких бетонных плиток.
Дерева в городе также не хватало, поэтому часто колючая проволока растягивалась на низких колышках или ее витки пришпиливались к земле костылями. Такое проволочное заграждение получило название «немецкий забор», но часто этот вид заграждения использовался и советскими войсками при обороне Севастополя. Проволочные заграждения опоясывали дзот и шли вдоль всего переднего края. В дзоте устанавливались один-два пулемета с большим количеством патронов (до 20 тыс.), расчет дзота составлял 7-10 человек. Достоинством таких укреплений явилось то, что эти укрепления были малозаметны на местности, для сооружения требовали мало материалов и трудозатрат. Получили широкое распространение крытые траншеи и окопы, для перекрытия которых часто использовали железнодорожные шпалы.
Опыт первого штурма показал, что 45-мм калибр является недостаточным для установки в казематных дотах. Эффективность огня 45-мм орудий против пехоты оказалась невысокой, а количество танков и транспортеров, для сдерживания которых и строились доты, оказалось гораздо меньше ожидаемого. В то же время эффективность 100-мм орудий оказалась высокой. Были приняты все меры для того, чтобы увеличить количество 76-мм орудий в полосе обороны главного и тылового рубежей обороны. По данным, приведенным в книге «Военные строители Черноморского флота» всего было построено 18 дотов под 76,2-мм орудие Лендера, но результаты разведок этого не подтверждают. Всего для 76,2- и 75-мм орудий было построено и перестроено не более 12 дотов и дзотов. Конструкция укреплений и структурная схема береговой обороны к началу второго штурма изменений практически не претерпела. Были лишь завершены некоторые укрепления, строительство которых было начато ранее. Оборона имела ту же линейную структуру, но в строительстве укреплений начинают появляться некоторые особенности. С учетом опыта первого штурма большее внимание стали уделять полевой фортификации, размещению личного состава, строительству землянок и блиндажей. Учитывая то, что немецкие части использовали малейшую возможность для прорыва, линия обороны становится сплошной, а не перехватывает только дороги, как это было ранее. Бронепоезд «Железняков» находился в зависимости от обстановки в оперативном подчинении коменданта II или III сек¬тора, в районе которых он мог действовать (ж/д ветка через Новые Шули на Балаклаву к декабрю еще не была достроена).
Артиллерия и пулеметы батальонов дотов и дзотов Береговой обороны, а также несколько полевых тяжелых батарей оперативно подчинялись комендантам секторов и использовались по их ука¬занию. Во время первого штурма Севастополя три артиллерийских дота были уничтожены прямым попаданием в амбразуру, в результате которого происходила детонация боезапаса. В связи с этим и для того, чтобы уменьшить зависимость дотов от подвоза боезапаса рядом с ними стали строить отдельные погреба. П.А. Моргунов отмечал в книге «Героический Севастополь»: «...установка орудий среднего калибра в одиночных дотах малоэффективна. Противник легко обходил их позиции, лишенные пехотного прикрытия...». Противник, действительно, обходил и ликвидировал и доты, по мере того, как в них заканчивались боеприпасы, но только в том случае, если они не имели пехотного прикрытия. Начиная с 12 ноября 1941 года, орудия 100-130 мм стали устанавливать, чаще всего, в двухорудийных батареях. Чаще всего это были те же доты открытого типа, но с двумя отдельными погребами боезапаса и собственной системой обороны, КП, корректировочными постами. Орудия таких батарей стояли на расстоянии 80-150 м друг от друга. Позиции батарей оборудовались круговой обороной в виде пулеметных дзотов, противотанкового рва и проволочных заграждений. Живучесть и эффективность таких укреплений была намного выше. Строились не только укрепления, ремонтировались дороги, создавались новые аэродромы, причалы, КП, подземные заводы, землянки для личного состава. П.А.Моргунов немного лукавит: 100-мм доты, вооруженные орудиями Б-24 БМ, никто не демонтировал, более того, в период между 1-м и 2-м штурмами строится несколько новых дотов, вооруженных 100- и 130-мм орудиями. Иногда разница между батареями и отдельными дотами была чисто номинальной. Ведь многие вновь установленные батареи приборов управления стрельбой не имели, а огонь велся по пристрелке.