В январе 1943 Б.ф. содействовал войскам Ленинградского и Волховского фронтов в прорыве сухопутной блокады Ленинграда. С 1943 на морских коммуникациях противника активно действовала авиация флота.
В январе 1944 силы Б.ф. (2 линкора, 2 крейсера, лидер, 7 эсминцев, 4 канонерские лодки, 316 самолетов, 117 орудий береговой артиллерии) приняли участие в операции по разгрому противника под Ленинградом. В период подготовки Красносельско-Ропшинской операции флот в тяжелых ледовых условиях осуществил перевозку на ораниенбаумский плацдарм войск и военной техники 2-й ударной армии. Это позволило командованию фронта создать сильную группировку войск для удара по противнику. В ходе операции флот участвовал в артиллерийском (200 орудий крупного и среднего калибра) и в авиационном наступлениях в составе минно-торпедных, штурмовых и истребительных авиадивизий и отдельного разведывательного авиаполка. В Выборгской и Выборгско-Петрозаводской операциях артиллерия флота участвовала в прорыве обороны противника на Карельском перешейке, в артиллерийской поддержке и артиллерийском сопровождении войск. Морские десанты Б.ф. овладели островами Бьеркского архипелага и Выборгского залива, надводные силы нарушали снабжение и эвакуацию войск противника морем. В Свирско-Петрозаводской операции Ладожская военная флотилия Б.ф. содействовала сухопутным войскам в прорыве обороны противника и провела Тулоксинскую десантную операцию. При подготовке Таллинской операции флот обеспечивал перегруппировку войск 2-й ударной армии с нарвского на тартуский участок фронта, высаживал тактические десанты в гавани и порты на побережье и на острова Финского залива. В Моонзундской десантной операции на острова Моонзундского архипелага высажены 2 стрелковых корпуса 8-й армии и бригада морской пехоты общей численностью более 60 тыс. человек. Для авиационной поддержки привлекалась авиация флота. Действия Б.ф. на морских сообщениях способствовали успешному разгрому войск противника в Прибалтийской, Восточно-Прусской и Восточно-Померанской стратегических операциях.
За годы войны на Балтийском море противник потерял 280 боевых кораблей и 624 транспорта общим водоизмещением около 1,6 млн. тонн, в том числе 2 линкора, 3 крейсера, 16 эсминцев, 18 сторожевых кораблей, 59 тральщиков и 16 подводных лодок. Флот высадил 1 оперативный, 16 тактических и 7 разведывательных десантов. ВВС флота произвели более 158 тыс. самолето-вылетов.
Линкор «Октябрьская революция»
Свыше 100 тыс. балтийцев были награждены орденами и медалями; 137 человек удостоены звания Героя Советского Союза, а летчикам А.Е. Мазуренко, В.И. Ракову, Н.Г. Степаняну, Н.В. Челнокову это звание присвоено дважды. За успешное выполнение боевых задач 22 корабля и части Б.ф. стали гвардейскими, 58 – награждены орденами, 15 соединениям и частям присвоены почетные наименования. Среди них 1-я бригада траления, 1-я бригада торпедных катеров, бригада подводных лодок, линкор «Октябрьская революция», крейсера «Киров» и «Максим Горький», подводные лодки «Щ-303», «ГЦ-307», «Щ-309», «Щ-310», «Щ-320», «Щ-323», «К-52», «Л-3», «С-13», Красносельская морская железнодорожная артиллерийская бригада, 1-я истребительная, 8-я минно-торпедная, 9-я штурмовая авиационные дивизии и другие соединения и части.