Разведывательная авиация 6 раз производила аэрофотосъемку Берлина, всех подступов к нему и оборонительных полос. Всего было получено около 15 тысяч аэрофотоснимков. По результатам съемок, трофейным документам и опросам пленных составлялись подробные схемы, планы, карты, которыми снабжались все командно-штабные инстанции. Военно-топографическая служба 1-го Белорусского фронта изготовила точный макет города с пригородами, который был использован при изучении вопросов, связанных с организацией наступления, общего штурма Берлина и боев в центре города.
За два дня до начала операции во всей полосе 1-го Белорусского фронта была проведена разведка боем. 32 разведывательных отряда силой до усиленного стрелкового батальона каждый в течение двух суток 14 и 15 апреля боем уточняли размещение огневых средств противника, дислокацию его группировок, определяли сильные и наиболее уязвимые места оборонительной полосы.
В ходе подготовки наступления инженерные войска 1-го Белорусского фронта под командованием ген. – лейтенанта Антипенко выполнили большой объем саперно-инженерных работ. К началу операции, зачастую под огнем противника, через Одер было построено 25 автомобильных мостов общей протяженностью 15017 погонных метров и подготовлено 40 паромных переправ. С целью организации непрерывного и полного обеспечения наступающих частей боеприпасами и горючим железнодорожное полотно на занятой территории было перешито на русскую колею почти до самого Одера. Кроме того, военными инженерами фронта прилагались героические усилия по укреплению железнодорожных мостов через Вислу, находившихся под угрозой сноса весенним ледоходом.
На 1-м Украинском фронте для форсирования реки Нейсе было заготовлено 2440 саперных деревянных лодок, 750 погонных метров штурмовых мостиков и свыше 1000 погонных метров деревянных мостов под грузы 16 и 60 тонн.
2-му Белорусскому фронту в начале наступления предстояло форсировать Одер, ширина которого в некоторых местах достигала шести километров, поэтому инженерной подготовке операции также уделялось особое внимание. Инженерные войска фронта под руководством генерал-лейтенанта Благославова в кратчайший срок подтянули и надежно укрыли в прибрежной зоне десятки понтонов, сотни лодок, подвезли лесоматериалы для строительства причалов и мостов, изготовили плоты, проложили гати через заболоченные участки берега.
«Готовя наступление, – вспоминал Г.К. Жуков, – мы полностью отдавали себе отчет в том, что немцы ожидают наш удар на Берлин. Поэтому командование фронта во всех деталях продумало, как организовать этот удар наиболее внезапно для противника.»
При подготовке операции особое внимание уделялось вопросам маскировки и достижения оперативной и тактической внезапности. Штабами фронтов были разработаны детальные планы мероприятий по дезинформации и введению противника в заблуждение, согласно которым подготовка к наступлению войсками 1-го и 2-го Белорусского фронтов имитировалась в районе городов Штеттин и Губен. В то же время на центральном участке 1-го Белорусского фронта, где в действительности планировалось нанесение главного удара, продолжались усиленные оборонительные работы. Особенно интенсивно они велись на участках, хорошо просматриваемых противником. Всему личному составу армий разъяснялось, что основной задачей является упорная оборона. Кроме того, в расположение противника подбрасывались документы, характеризующие деятельность войск на различных участках фронта.
Прибытие резервов и частей усиления тщательно маскировалось. Военные эшелоны с артиллерийскими, минометными, танковыми частями на территории Польши маскировались под составы, перевозящие на платформах лес и сено.
При проведении рекогносцировок танковые командиры от командира батальона до командующего армией переодевались в пехотную форму и под видом связистов обследовали переправы и районы, где будут сосредотачиваться их подразделения.
Круг осведомленных лиц был предельно ограничен. Кроме командармов с директивой Ставки было разрешено ознакомить только начальников штабов армий, начальников оперативных отделов штабов армий и командующих артиллерией. Командиры полков получили задачи устно за три дня до наступления. Младшим командирам и красноармейцам задачу на наступление разрешалось объявить за два часа до атаки.
В ходе подготовки к Берлинской операции 2-му Белорусскому фронту, только что закончившему Восточно-Померанскую операцию, в период с 4 по 15 апреля 1945 года предстояло перебросить 4 общевойсковые армии на расстояние до 350 км из района городов Данциг и Гдыня на рубеж реки Одер и сменить там армии 1-го Белорусского фронта. Плохое состояние железных дорог и острая нехватка подвижного состава не позволили в полной мере использовать возможности железнодорожного транспорта, поэтому основная тяжесть перевозок легла на автотранспорт. Фронту было выделено 1900 автомашин. Часть пути войскам приходилось преодолевать пешком.