К исходу 4 февраля войска Черноморск. группы вышли на подступы к Краснодару, но овладеть городом не смогли. Не удалось преодолеть оборону врага и под Новороссийском. В создавшейся обстановке Ставка ВГК с целью объединения усилий войск на Кубанском плацдарме и в районе Ростова переподчинила Черноморск. группу войск Северо-Кавказскому фронту, а 44-ю А и конно-механиз. группу передала Южному фронту. Таким образом, были созданы две сильные группировки со строго определенными задачами. На этом Северо-Кавказская стратегическая наступательная операция закончилась, советские войска приступили к подготовке последующих операций.
9 февраля войска Северо-Кавказского фронта начали Краснодарскую операцию. Ее замыслом предусматривалось концентрическими ударами 58-й (генерал-майор К.С. Мельник) и 9-й (генерал-майор В.В. Глаголев) А, наносивших удар с севера на Славянскую, 37-й и 46-й (в феврале – марте ею командовал генерал-майор А.И. Рыжов) А с востока – на Краснодар, 18-й (с начала февраля командовал генерал-майор К.А. Коротеев) и 56-й А с юга – на Троицкую, окружить и уничтожить краснодарскую группировку противника, не допустив ее отхода в Крым. Черноморск. флот должен был блокировать с моря Керченский полуостров и прибрежную зону от Анапы до Феодосии. Пяти дней, которые были отведены для подготовки операции, оказалось явно недостаточно. Армии правого крыла фронта, преследовавшие перед этим отходившего противника, растянулись и рассредоточились на площади около 2000 кв. км. Артиллерия отстала от войск на 80-100 км, а базы снабжения и склады – на 200–300 км. В результате сосредоточение сил и средств к началу операции не было завершено, часть войск не сумела выйти на свои исходные и огневые позиции. Кроме того, соединения и части, уже пройдя с боями около 600 км, нуждались в отдыхе и пополнении. Тем не менее в установленное время они начали наступать.
58-я и 9-я А в течение 2 суток пытались прорвать оборону противника, но успеха не добились. Войска 37-й и 18-й А с этой задачей справились. Используя их успех, перешла в наступление 46-я А, которая совместно с соединениями 18-й А при содействии партизан 12 февраля освободила Краснодар. Противник, прикрываясь сильными арьергардами и нанося контрудары, стал отходить на заранее подготовленные рубежи обороны и эвакуировать тылы 17-й А в Крым.
В связи с этим Ставка ВГК 22 февраля приказала войскам Северо-Кавказского фронта выйти на пути отхода основных сил 17-й А, окружить и уничтожить их. В течение 23 и 24 февраля 58-я и 9-я А пытались прорвать оборону противника, но успеха не достигли. Безуспешным было также наступление 47-й и 18-й десантной А на левом фланге Черноморск. группы войск. Войска 56-й А сломили упорное сопротивление нем. 44-го армейского корпуса и к 25 февраля продвинулись на запад до 30 км. Используя успех 56-й А, пошла вперед вдоль левого берега р. Кубань 46-я А. Это вынудило нем. командование начать отвод войск и севернее реки. Выполняя требование командующего фронтом о более активных действиях, командующий 58-й А решил нанести удар вдоль приазовских плавней, чтобы отрезать противнику пути отхода на Таманский полуостров.
Для этого на правом фланге армии создавалась ударная группировка из трех дивизий под общим руководством начальника штаба армии генерал-майора М.С. Филипповского. Однако к назначенному времени в район сосредоточения вышли только две из них. Тем не менее генерал К.С. Мельник 26 февраля начал наступление. Войска успешно продвигались вперед, однако плохое управление ими, слабое обеспечение флангов и отставание вторых эшелонов позволили противнику нанести удар под основание прорыва и окружить ударную группировку. Ведя непрерывные бои с контрактовавшим врагом, сов. дивизии израсходовали боеприпасы и продовольствие и удержать занимаемые позиции не смогли. В связи с этим командир группировки, не имевший в течение двух суток связи со штабом армии, принял решение на отход через плавни. 3 марта войска, уничтожив материальную часть, начали отходить отдельными группами и к исходу следующего дня вышли в указанный им район.
Заметного успеха добилась 37-я А, которая, разгромив части противостоявших ей двух немецких пехотных дивизий, продвинулась на 10–12 км и к 6 марта вышла к р. Протоке в районе Славянской. Однако захватить этот крупный узел немецкой обороны не смогла. С 6 по 8 марта на фронте установилось затишье. Лишь на некоторых участках продолжались бои местного значения.