За выдающиеся успехи в организации и руководстве вооруженной борьбой на фронтах Великой Отечественной войны советские военачальники А. И. Антонов, Л. А. Говоров, И. С. Конев, Р. Я. Малиновский, К. А. Мерецков, К. К. Рокоссовский, С. К. Тимошенко и Ф. И. Толбухин награждены высшим военным орденом нашей страны «Победа». Дважды этой награды удостоены А. М. Василевский, Г. К. Жуков и И. В. Сталин. В знак особого отличия для награжденных высшим военным орденом в Большом Кремлевском дворце учреждена мемориальная доска.
Высокое искусство в подготовке и проведении фронтовых и армейских операций, руководстве войсками фронтов, флотов, армий и флотилий показали И. Х. Баграмян, И. И. Батов, А. П. Белобородов, Н. Э. Берзарин, С. С. Бирюзов, С. И. Богданов, Н. Ф. Ватутин, К. А. Вершинин, А. В. Ворожейкин, В. В. Глаголев, Ф. И. Голиков, А. Г. Головко, А. В. Горбатов, С. Г. Горшков, А. А. Гречко, А. И. Еременко, М. Г. Ефремов, А. С. Жадов, Г. Ф. Захаров, М. В. Захаров, С. П. Иванов, И. С. Исаков, М. И. Казаков, М. Е. Катуков, С. А. Красовский, Я. Г. Крейзер, Н. И. Крылов, В. В. Курасов, П. А. Курочкин, Д. Д. Лелюшенко, А. А. Лучинский, И. И. Людников, Г. К. Маландин, М. С. Малинин, К. С. Москаленко, Ф. С. Октябрьский, И. Е. Петров, И. А. Плиев, А. П. Покровский, М. М. Попов, М. А. Пуркаев, Н. П. Пухов, А. И. Радзиевский, П. А. Ротмистров, С. И. Руденко, П. С. Рыбалко, Л. М. Сандалов, В. Д. Соколовский, В. А. Судец, В. Ф. Трибуц, Ф. Я. Фалалеев, И. И. Федюнинский, И. Д. Черняховский, И. М. Чистяков, В. И. Чуйков, М. Н. Шарохин, М. С. Шумилов, И. С. Юмашев и др. Многие из них за героизм, мужество, огромную организаторскую и творческую работу в подготовке операций и руководство войсками удостоены звания Героя Советского Союза, награждены орденами Суворова, Кутузова, Ушакова и другими, а некоторые дважды удостоены звания Героя Советского Союза.
Выдающуюся роль в войне сыграли военные советы фронтов, флотов, армий и флотилий. Это были органы коллективного руководства войсками, не ограничивавшие, однако, единоначалия командующих в принятии оперативных решений. Главным в деятельности военных советов было руководство боевыми операциями, обучение и воспитание личного состава, материально-техническое обеспечение войск. Выступая от имени партии и правительства, военные советы направляли работу местных партийных и советских органов по укреплению ближайшего тыла страны, сосредоточивали всю его жизнь на оказании помощи фронту.
Исключительно плодотворной была деятельность высшего органа стратегического руководства Вооруженными Силами — Ставки Верховного главнокомандования во главе с И. В. Сталиным и ее рабочего органа — Генерального штаба. Глубокий анализ обстановки на фронтах, всесторонняя обоснованность планов кампаний и операций, широкое привлечение к разработке этих планов командующих и военных советов фронтов, командующих всеми видами вооруженных сил — характерные черты работы Ставки. Ее представители и работники Генерального штаба непосредственно на местах вместе с командованием фронтов участвовали в подготовке и осуществлении операций, в повышении организованности и четкости в работе военных советов и штабов фронтов и армий.
Одним из важнейших средств влияния партии на армию и флот была партийно-политическая работа. Партия помнила завет В. И. Ленина, который во время ожесточенных боев на фронтах гражданской войны настойчиво требовал: «... следите за политработой», «не ослабляйте политработы».
Война в корне изменила обстановку партийно-политической работы в армии и на флоте, выдвинула перед ней чрезвычайно сложные задачи. Значительно усложнилась работа командиров. Они нуждались в помощи не только в деле воспитания личного состава, но и во всей организаторской работе по управлению войсками, их материально-техническому обеспечению и т. д.
В связи с этим партия перестроила и постепенно совершенствовала формы и методы работы политических органов Вооруженных Сил. 16 июля 1941 г. Президиум Верховного Совета СССР своим Указом преобразовал органы политической пропаганды Советской Армии в политические управления и отделы. Одновременно в войсках и военных учреждениях был введен институт комиссаров. 20 июля Указ был распространен на Военно-Морской Флот.