Бояре при выборномъ царѣ не хотѣли удовольствоваться однимъ обычаемъ, на основаніи котораго держалось ихъ политическое значеніе при прежней династіи. Они ожидали ограниченія власти Бориса, «чтобы онъ государству по предписанной грамотѣ крестъ цѣловалъ», какъ гласило современное свидѣтельство, сохранившееся въ бумагахъ историка XVIII вѣка — Татищева. Борисъ отлично понималъ молчаливое ожиданіе бояръ и тоже молчалъ, отказываясь отъ власти, будучи увѣренъ, что его земскій соборъ изберетъ безъ всякихъ условій. Тогда онъ сдѣлалъ огромную ошибку, за которую со всей своей семьей поплатился, такъ какъ ему слѣдовало именно держаться за свое значеніе земскаго избранника, а онъ старался прилѣпиться къ старой династіи, вымышляя съ патріархомъ Іовомъ различныя завѣщательныя распоряженія, о которыхъ соборное опредѣленіе увѣряетъ даже, что Грозный, поручая Борису сына Ѳеодора, сказалъ: «по его преставленіи тебѣ приказываю и царствіе сіе».
Въ февралѣ 1598 г. съѣхались земскіе изъ городовъ, всего не болѣе 50 человѣкъ, а москвичей было болѣе 400 лицъ, и открылся соборъ, въ которомъ духовныхъ лицъ было до 100, бояръ до 15, придворныхъ и тяглыхъ людей (но не крестьянъ) до 50 человѣкъ. 17 февраля соборъ избралъ царемъ Бориса, котораго предложилъ самъ патріархъ. Три дня служили молебны, чтобы Богъ помогъ смягчить сердце Годунова, а 20 февраля опять пошли просить Бориса на царство, но онъ снова отказался. Тогда 21 числа патріархъ, взявъ чудотворную икону Божіей Матери и при несмѣтномъ стеченіи народа, отправился съ крестнымъ ходомъ въ Новодѣвичій монастырь, гдѣ, совершивъ литургію, патріархъ съ боярствомъ вошелъ въ келлію Ирины и началъ находившагося тамъ Бориса уговаривать, при чемъ сказалъ, что если онъ откажется, то его отлучитъ отъ Церкви, а стоявшій народъ въ монастырской оградѣ и за стѣнами монастыря крикомъ просилъ Бориса сѣсть на престолъ, и «пронырь лукавый» далъ свое согласіе, перехитривъ самого себя, такъ какъ ему «слѣдовало земскій соборъ изъ случайнаго должностного собранія, говоритъ В. Ключевскій, превратить въ постоянное народное представительство, идея котораго уже бродила въ московскихъ умахъ при Грозномъ и созыва котораго требовалъ самъ Борисъ».
Бояре, увидавшіе, что Годуновъ желаетъ править такъ же самовластно, какъ правилъ Иванъ Грозный, рѣшились дѣйствовать противъ него тайно, и современники объясняютъ несчастіе Бориса негодованіемъ чиноначальниковъ всей земли Русской, отъ которыхъ много напастныхъ золъ на него возстало. Борисъ, для огражденія себя отъ козней бояръ, поощрялъ боярскихъ холоповъ къ доносамъ и клеветѣ. «Ни при одномъ государѣ такихъ бѣдъ не бывало», говорили современники, такъ какъ доносы сопровождались опалами и казнями. Такъ, Борисъ по доносу подвергъ тѣлесному наказанію Богдана Бѣльскаго и заключилъ его въ темницу. Съ особымъ озлобленіемъ отнесся Борисъ къ дому Романовыхъ, предокъ которыхъ, по преданію, выѣхалъ въ XIV вѣкѣ изъ «Пруссъ». Его потомки были впослѣдствіи извѣстны подъ фамиліями Кошкиныхъ, Захарьиныхъ и, съ половины XVI вѣка, Романовыхъ (отъ имени Романа Юрьевича Захарьина). Дочь этого Романа Юрьевича, въ 1547 году вышла замужъ за Ивана Грознаго, и такимъ образомъ Романовы стали въ родствѣ съ царемъ. Братъ царицы оставилъ по себѣ добрую память въ народѣ, его имя сохранила даже былина, представивъ въ пѣсняхъ о Грозномъ добрымъ посредникомъ между народомъ и Царемъ. Въ моментъ кончины Царя Ѳеодора было нѣсколько Романовыхъ, сыновей Никиты Юрьевича Романова, и всѣ братья эти были тогда извѣстны подъ именемъ Никитичей. Изъ нихъ самымъ выдающимся слылъ Ѳеодоръ Никитичъ Романовъ, которому передъ смертью будто бы Царь Ѳеодоръ готовъ былъ передать свой престолъ. Вотъ въ этихъ-то двоюродныхъ братьяхъ Царя Ѳеодора видѣлъ Борисъ своихъ соперниковъ.